Locus 4113

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	11,225,141 – 11,225,329
Length	188
Max. P	0.907386

overview

Window 1

Location	11,225,141 – 11,225,261
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	93.94
Mean single sequence MFE	-43.80
Consensus MFE	-37.31
Energy contribution	-37.23
Covariance contribution	-0.08
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-1.54
Structure conservation index	0.85
SVM decision value	0.07
SVM RNA-class probability	0.571000
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 11225141 120 + 27905053
GCGCGACUAGCCUGCUCUCUGGUGCUACCUCGGCUGCCACCGGUGGUCUAUUUGGGUCGAAGCAACCGCCCAAGACGGAUCCAAUGCAACCACAAGGUGGUGUGCAGCCAGCGCAGCAAC
((((((.((((((.......)).))))..))((((((((((..((((((.((((((.((.......))))))))..))).))).....(((....))))))).)))))).))))...... ( -47.10)
>DroVir_CAF1 26231 120 + 1
GCGCAACUAGCCUGCUCUCUGGUGCUACUUCGGCUGCCACCGGUGGUCUAUUUGGUUCAAAGCAACCACCCAAAACGGAUCCAAUGCAACCACCUGGCGGUGUGCAGCCAACGCAGCAAC
(((((.((((........)))))))......((((((((((((((((.....(((((......))))).((.....))..........))))))....)))).))))))...))...... ( -40.20)
>DroGri_CAF1 28624 120 + 1
GCGCGACUAGCCUGCUUUCUGGUGCUACUUCGGCUGCCACCGGUGGUCUAUUUGGUUCAAAGCAACCGCCCAAAACGGAUCCAAUGCAACCACCUGGCGGUGUGCAGCCAACGCAGCAAC
(((((..((((..(((....)))))))....((((((((((((((((....((((......((....))((.....))..))))....))))))....)))).))))))..))).))... ( -43.10)
>DroSec_CAF1 26993 120 + 1
GCGCGACUAGCCUGCUCUCUGGUGCUACCUCGGCUGCCACCGGUGGUCUAUUUGGGUCGAAGCAACCGCCUAAGACGGAUCCAAUGCAACCACAAGUUGGUGUGCAGCCAGCGCAGCAAC
((((((.((((((.......)).))))..))((((((((((((((((....(((((((...((....))(......))))))))....)))))....))))).)))))).))))...... ( -45.90)
>DroWil_CAF1 31906 120 + 1
GCGCGACUAGCCUGCUCUCUGGUGCUACUUCGGCUGCCACCGGUGGUCUAUUUGGUUCGAAACAACCACCCAAAACGGAUCCAAUGCAACCACCCGGUGGUGUGCAGCCAACGCAGCAAC
(((((..((((((.......)).))))....((((((((((((((((....((((((((................)))).))))....))))))....)))).))))))..))).))... ( -43.69)
>DroMoj_CAF1 26929 120 + 1
GGGCAACUAGCCUGCUCUCUGGUGCUACUUCGGCUGCCACCGGUGGUCUAUUUGGUUCGAAGCAACCGCCCAAAACGGAUCCAAUGCAACCACCUGGCGGUGUGCAGCCAACGCAGCAAC
((((.....))))......((.(((......((((((((((((((((....((((((((..((....))......)))).))))....))))))....)))).))))))...))).)).. ( -42.80)
>consensus
GCGCGACUAGCCUGCUCUCUGGUGCUACUUCGGCUGCCACCGGUGGUCUAUUUGGUUCGAAGCAACCGCCCAAAACGGAUCCAAUGCAACCACCUGGCGGUGUGCAGCCAACGCAGCAAC
((((.(((((........)))))))......((((((((((((((((....((((.((...................)).))))....)))))....))))).))))))...))...... (-37.31 = -37.23 +  -0.08)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	11,225,141 – 11,225,261
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	93.94
Mean single sequence MFE	-48.60
Consensus MFE	-45.27
Energy contribution	-45.72
Covariance contribution	0.44
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-1.30
Structure conservation index	0.93
SVM decision value	1.05
SVM RNA-class probability	0.907386
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 11225141 120 - 27905053
GUUGCUGCGCUGGCUGCACACCACCUUGUGGUUGCAUUGGAUCCGUCUUGGGCGGUUGCUUCGACCCAAAUAGACCACCGGUGGCAGCCGAGGUAGCACCAGAGAGCAGGCUAGUCGCGC
(.((((((.((((((((.(((((((....))).....(((.((..(.((((((((.....))).))))))..)))))..)))))))))).)))))))).).....((.((....)))).. ( -46.10)
>DroVir_CAF1 26231 120 - 1
GUUGCUGCGUUGGCUGCACACCGCCAGGUGGUUGCAUUGGAUCCGUUUUGGGUGGUUGCUUUGAACCAAAUAGACCACCGGUGGCAGCCGAAGUAGCACCAGAGAGCAGGCUAGUUGCGC
(.((((((.((((((((.((((.((((((....)).))))..........(((((((..((((...))))..))))))))))))))))))).)))))).).....((((.....)))).. ( -49.90)
>DroGri_CAF1 28624 120 - 1
GUUGCUGCGUUGGCUGCACACCGCCAGGUGGUUGCAUUGGAUCCGUUUUGGGCGGUUGCUUUGAACCAAAUAGACCACCGGUGGCAGCCGAAGUAGCACCAGAAAGCAGGCUAGUCGCGC
(.((((((.((((((((.((((....(((((((((.(..((.....))..)))((((......)))).....))))))))))))))))))).)))))).).....((.((....)))).. ( -49.50)
>DroSec_CAF1 26993 120 - 1
GUUGCUGCGCUGGCUGCACACCAACUUGUGGUUGCAUUGGAUCCGUCUUAGGCGGUUGCUUCGACCCAAAUAGACCACCGGUGGCAGCCGAGGUAGCACCAGAGAGCAGGCUAGUCGCGC
(.((((((.((((((((.((((.....((((((...((((....(((..((((....)))).)))))))...)))))).)))))))))).)))))))).).....((.((....)))).. ( -45.00)
>DroWil_CAF1 31906 120 - 1
GUUGCUGCGUUGGCUGCACACCACCGGGUGGUUGCAUUGGAUCCGUUUUGGGUGGUUGUUUCGAACCAAAUAGACCACCGGUGGCAGCCGAAGUAGCACCAGAGAGCAGGCUAGUCGCGC
(.((((((.((((((((.((((....(((((((...((((((((.....))))((.....))...))))...))))))))))))))))))).)))))).).....((.((....)))).. ( -48.80)
>DroMoj_CAF1 26929 120 - 1
GUUGCUGCGUUGGCUGCACACCGCCAGGUGGUUGCAUUGGAUCCGUUUUGGGCGGUUGCUUCGAACCAAAUAGACCACCGGUGGCAGCCGAAGUAGCACCAGAGAGCAGGCUAGUUGCCC
(.((((((.((((((((.((((....(((((((((.(..((.....))..)))((((......)))).....))))))))))))))))))).)))))).)........(((.....))). ( -52.30)
>consensus
GUUGCUGCGUUGGCUGCACACCACCAGGUGGUUGCAUUGGAUCCGUUUUGGGCGGUUGCUUCGAACCAAAUAGACCACCGGUGGCAGCCGAAGUAGCACCAGAGAGCAGGCUAGUCGCGC
(.((((((.((((((((.((((....(((((((...((((..((((.....))))..........))))...))))))))))))))))))).)))))).).........((.....)).. (-45.27 = -45.72 +   0.44)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	11,225,221 – 11,225,329
Length	108
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	77.50
Mean single sequence MFE	-38.90
Consensus MFE	-19.42
Energy contribution	-19.08
Covariance contribution	-0.33
Combinations/Pair	1.15
Mean z-score	-1.89
Structure conservation index	0.50
SVM decision value	0.12
SVM RNA-class probability	0.593553
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 11225221 108 + 27905053
CCAAUGCAACCACAAGGUGGUGUGCAGCCAGCGCAGCAACAAGCAAACGCCUUUGGUGCCCAGCAGCCUGGC---AUGGGCAUGCAG------CAGCAGGGGGGAAUGCAG---UCCGGA
((..(((.(((((...)))))((((.....)))).)))....(((..(.((((((.(((...(((((((...---..)))).))).)------)).)))))).)..)))..---...)). ( -41.80)
>DroVir_CAF1 26311 108 + 1
CCAAUGCAACCACCUGGCGGUGUGCAGCCAACGCAGCAACAAGCAAACGCCUUCGGUGCCCAACAAAUGCAA---CCGGGCAUGCAG------CAGCCUGG---CAUGCAACAGCCGGGC
....((((...(((.((((((((.......)))).((.....))...))))...)))((((...........---..)))).)))).------..((((((---(........))))))) ( -38.42)
>DroPse_CAF1 36913 96 + 1
CCAAUGCAACCACCUGGCGGUGUGCAGCCAACGCAGCAACAAGCAAAUGCCUUUGGUGCACAGC---CC---------GGGAUGCAA------CAGCAGGG---CAUGCAA---CAGGGU
((..((((.((.(((((.(.((((((.((((.(((((.....))...)))..)))))))))).)---))---------))).(((..------..))))).---..)))).---..)).. ( -36.40)
>DroGri_CAF1 28704 117 + 1
CCAAUGCAACCACCUGGCGGUGUGCAGCCAACGCAGCAACAAGCAAACGCCUUCGGUGCUCAGCAAAUGCAGCAGCCCGGCAUGCAGCAGCAGCAGCCGGG---UAUGCAACAGCAGGGC
((..(((...((((.((((((((.......)))).((.....))...))))...))))....)))..((((...(((((((.(((.......)))))))))---).))))......)).. ( -44.50)
>DroMoj_CAF1 27009 98 + 1
CCAAUGCAACCACCUGGCGGUGUGCAGCCAACGCAGCAACAAGCAAACGCCUUCGGUGCCCAGCAGAUGACG---CCGGGCAUGCAA------CAGCCCGG---GAUGCA----------
....((((..((((.((((((((.......)))).((.....))...))))...))))(((.((.......)---).((((......------..))))))---).))))---------- ( -33.70)
>DroPer_CAF1 37614 96 + 1
CCAAUGCAACCACCCGGCGGUGUGCAGCCAACGCAGCAACAAGCAAAUGCCUUUGGUGCACAGC---CC---------GGGAUGCAA------CAGCAGGG---CAUGCAA---CAGGGU
((..((((.((.(((((.(.((((((.((((.(((((.....))...)))..)))))))))).)---))---------))).(((..------..))))).---..)))).---..)).. ( -38.60)
>consensus
CCAAUGCAACCACCUGGCGGUGUGCAGCCAACGCAGCAACAAGCAAACGCCUUCGGUGCCCAGCA_ACG______CCGGGCAUGCAA______CAGCAGGG___CAUGCAA___CAGGGC
....((((..((((.((((((((.......)))).((.....))...))))...)))).........................((..........)).........)))).......... (-19.42 = -19.08 +  -0.33)

alignment

secondary structure

dotplot

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