Locus 4111

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 11,214,061 – 11,214,221
Length 160
Max. P 0.993846
window6584 window6585 window6586 window6587

overview

Window 4

Location 11,214,061 – 11,214,181
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 88.50
Mean single sequence MFE -54.28
Consensus MFE -47.69
Energy contribution -48.55
Covariance contribution 0.86
Combinations/Pair 1.12
Mean z-score -3.08
Structure conservation index 0.88
SVM decision value 2.43
SVM RNA-class probability 0.993846
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 11214061 120 + 27905053
GCAGGAGAUUCAGCUAGAGGCCGGUCCGCAGGAUGGUACCAUUCUGGUGACAUGGCAGCCGGUUAACAGGCCCACCUCGACGGGGCCUGUAACCGGCUAUGCUGUGUACGCCGAUGGUAA
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>DroVir_CAF1 14954 120 + 1
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......(((((.....((((.....)))).)))))..((((((..((((((((((((((((((((.(((.(((.((....))))).)))))))))))..)))))))).)))))))))).. ( -51.20)
>DroPse_CAF1 24088 120 + 1
GCAGGAGAUUCAGCUUGAGGCUGGCCCACAGGAUGGUACCAUUCUGGUGACAUGGCAGCCGGUCGCCAGGCCCACCGCGACUGGGCCUGUUACCGGCUAUGCUGUGUACGCCGAUGGUAA
..........((((.....))))(((...((((((....))))))((((((((((((((((((.((.(((((((.......))))))))).))))))..)))))))).))))...))).. ( -56.40)
>DroWil_CAF1 18661 120 + 1
GCAGGAAAUCCAGCUUGAGGCUGGCCCUCAAGAUGGUACCAUUCUGGUGACAUGGCAGCCGGUUAACAGGCCCACCUCAACGGGGCCAGUAACCGGCUAUGCUGUGUAUGCCGAUGGUAA
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>DroMoj_CAF1 15458 120 + 1
ACAAGACAUCCAAUUGGAGGCUGGUCCUCAGGAUGGCACCAUUCUGGUGACAUGGCAGCCGGUUAACCGACCCACGUCCACGGGGCCCGUAACCGGCUACGCUGUGUACGCCGAUGGUAA
......(((((.....((((.....)))).)))))..((((((..((((((((((((((((((((...(.(((.((....))))))...)))))))))..))))))).)))))))))).. ( -52.80)
>DroPer_CAF1 24934 120 + 1
GCAGGAGAUUCAGCUUGAGGCUGGCCCACAGGAUGGUACCAUUCUGGUGACAUGGCAGCCGGUCGCCAGGCCCACCGCGACUGAGCCUGUUACCGGCUAUGCUGUGUACGCCGAUGGUAA
..........((((.....))))(((...((((((....))))))((((((((((((((((((.((.((((.((.......)).)))))).))))))..)))))))).))))...))).. ( -49.50)
>consensus
GCAGGAGAUCCAGCUUGAGGCUGGCCCUCAGGAUGGUACCAUUCUGGUGACAUGGCAGCCGGUUAACAGGCCCACCUCGACGGGGCCUGUAACCGGCUAUGCUGUGUACGCCGAUGGUAA
.........(((((.....))))).((..((((((....))))))((((((((((((((((((((.(((((((.........))))))))))))))))..))))))).))))...))... (-47.69 = -48.55 +   0.86)

alignment

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secondary structure

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Window 5

Location 11,214,061 – 11,214,181
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 88.50
Mean single sequence MFE -49.73
Consensus MFE -40.39
Energy contribution -40.50
Covariance contribution 0.11
Combinations/Pair 1.18
Mean z-score -2.54
Structure conservation index 0.81
SVM decision value 0.71
SVM RNA-class probability 0.830620
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 11214061 120 - 27905053
UUACCAUCGGCGUACACAGCAUAGCCGGUUACAGGCCCCGUCGAGGUGGGCCUGUUAACCGGCUGCCAUGUCACCAGAAUGGUACCAUCCUGCGGACCGGCCUCUAGCUGAAUCUCCUGC
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>DroVir_CAF1 14954 120 - 1
UUACCAUCGGCAUACACAGCAUAGCCGGUUACAGGCCCCGUGGACGUAGGUCUGUUAACCGGCUGCCAUGUCACCAGAAUGGUGCCAUCCUGAGGACCAGCCUCCAGUUGGAUGUCUUGC
........(((((...((((.((((((((((((((((.((....))..)))))).))))))))))..(((.((((.....)))).)))...((((.....))))..)))).))))).... ( -46.70)
>DroPse_CAF1 24088 120 - 1
UUACCAUCGGCGUACACAGCAUAGCCGGUAACAGGCCCAGUCGCGGUGGGCCUGGCGACCGGCUGCCAUGUCACCAGAAUGGUACCAUCCUGUGGGCCAGCCUCAAGCUGAAUCUCCUGC
......(((((...(((((...(((((((..((((((((.......))))))))...)))))))(((((.((....)))))))......)))))((....))....)))))......... ( -49.90)
>DroWil_CAF1 18661 120 - 1
UUACCAUCGGCAUACACAGCAUAGCCGGUUACUGGCCCCGUUGAGGUGGGCCUGUUAACCGGCUGCCAUGUCACCAGAAUGGUACCAUCUUGAGGGCCAGCCUCAAGCUGGAUUUCCUGC
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>DroMoj_CAF1 15458 120 - 1
UUACCAUCGGCGUACACAGCGUAGCCGGUUACGGGCCCCGUGGACGUGGGUCGGUUAACCGGCUGCCAUGUCACCAGAAUGGUGCCAUCCUGAGGACCAGCCUCCAAUUGGAUGUCUUGU
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>DroPer_CAF1 24934 120 - 1
UUACCAUCGGCGUACACAGCAUAGCCGGUAACAGGCUCAGUCGCGGUGGGCCUGGCGACCGGCUGCCAUGUCACCAGAAUGGUACCAUCCUGUGGGCCAGCCUCAAGCUGAAUCUCCUGC
......(((((...(((((...(((((((..((((((((.......))))))))...)))))))(((((.((....)))))))......)))))((....))....)))))......... ( -46.90)
>consensus
UUACCAUCGGCGUACACAGCAUAGCCGGUUACAGGCCCCGUCGAGGUGGGCCUGUUAACCGGCUGCCAUGUCACCAGAAUGGUACCAUCCUGAGGACCAGCCUCAAGCUGAAUCUCCUGC
......(((((.......((.(((((((((((((((((.........))))))).))))))))))....(((..(((.(((....))).)))..)))..)).....)))))......... (-40.39 = -40.50 +   0.11)

alignment

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secondary structure

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Window 6

Location 11,214,101 – 11,214,221
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 88.61
Mean single sequence MFE -49.05
Consensus MFE -37.85
Energy contribution -37.05
Covariance contribution -0.80
Combinations/Pair 1.19
Mean z-score -2.73
Structure conservation index 0.77
SVM decision value 0.26
SVM RNA-class probability 0.656393
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 11214101 120 + 27905053
AUUCUGGUGACAUGGCAGCCGGUUAACAGGCCCACCUCGACGGGGCCUGUAACCGGCUAUGCUGUGUACGCCGAUGGUAAGAAGGUCACCGACAUUAACUCGCCCACCGGCGACCACGCC
.....((((((((((((((((((((.(((((((.........)))))))))))))))..)))))))).(((((..((..((...(((...))).....))..))...)))))....)))) ( -56.60)
>DroVir_CAF1 14994 120 + 1
AUUCUGGUGACAUGGCAGCCGGUUAACAGACCUACGUCCACGGGGCCUGUAACCGGCUAUGCUGUGUAUGCCGAUGGUAAAAAGGUGACGGACAUUAAUUCCCCGACGGGCGAUCAUGCA
.....((((((((((((((((((((.(((.(((.((....))))).)))))))))))..)))))))).))))(((.((.....(....)(((.......))).......)).)))..... ( -43.00)
>DroGri_CAF1 16405 120 + 1
AUUCUGGUGACAUGGCAGCCGGUUAACAGACCCACGUCCACGGGGCCUGUAACCGGCUAUGCUGUGUAUGCCGAUGGUAAAAAGGUGACGGACAUCAAUUCACCAACGGGCGAUCACGCA
.....((((((((((((((((((((.(((.(((.((....))))).)))))))))))..)))))))).))))(((.((.....(((((..(....)...))))).....)).)))..... ( -49.70)
>DroWil_CAF1 18701 120 + 1
AUUCUGGUGACAUGGCAGCCGGUUAACAGGCCCACCUCAACGGGGCCAGUAACCGGCUAUGCUGUGUAUGCCGAUGGUAAAAAGGUCACCGACAUCAAUUCCCCCACUGGCGACCAUGCC
....(((((((((((((((((((((...(((((.........)))))..))))))))..)))))))).)))))..((((....((((.(((................))).)))).)))) ( -46.99)
>DroMoj_CAF1 15498 120 + 1
AUUCUGGUGACAUGGCAGCCGGUUAACCGACCCACGUCCACGGGGCCCGUAACCGGCUACGCUGUGUACGCCGAUGGUAAGAAGGUGACCGACAUCAACUCACCUACGGGCGAUCAUGCA
.....((((((((((((((((((((...(.(((.((....))))))...)))))))))..))))))).))))(((.((..(.((((((...........)))))).)..)).)))..... ( -50.40)
>DroPer_CAF1 24974 120 + 1
AUUCUGGUGACAUGGCAGCCGGUCGCCAGGCCCACCGCGACUGAGCCUGUUACCGGCUAUGCUGUGUACGCCGAUGGUAAGAAGGUCACCGAUAUCAAUUCGCCCACCGGCGACCAUGCC
....(((((((((((((((((((.((.((((.((.......)).)))))).))))))..)))))))).)))))..((((....((((...((.......))(((....))))))).)))) ( -47.60)
>consensus
AUUCUGGUGACAUGGCAGCCGGUUAACAGACCCACCUCCACGGGGCCUGUAACCGGCUAUGCUGUGUACGCCGAUGGUAAAAAGGUCACCGACAUCAAUUCACCCACGGGCGACCAUGCA
....((((.((((((((((((((((.(((.(((.........))).))))))))))))..))))))).((((...((..((..(((.......)))..))..))....)))))))).... (-37.85 = -37.05 +  -0.80)

alignment

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Window 7

Location 11,214,101 – 11,214,221
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 88.61
Mean single sequence MFE -52.02
Consensus MFE -39.32
Energy contribution -40.02
Covariance contribution 0.70
Combinations/Pair 1.14
Mean z-score -2.81
Structure conservation index 0.76
SVM decision value 0.10
SVM RNA-class probability 0.583259
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 11214101 120 - 27905053
GGCGUGGUCGCCGGUGGGCGAGUUAAUGUCGGUGACCUUCUUACCAUCGGCGUACACAGCAUAGCCGGUUACAGGCCCCGUCGAGGUGGGCCUGUUAACCGGCUGCCAUGUCACCAGAAU
(((((((((((((((((..(((.....(((...)))...))).)))))))))..........(((((((((((((((((......).))))))).)))))))))))))))))........ ( -61.30)
>DroVir_CAF1 14994 120 - 1
UGCAUGAUCGCCCGUCGGGGAAUUAAUGUCCGUCACCUUUUUACCAUCGGCAUACACAGCAUAGCCGGUUACAGGCCCCGUGGACGUAGGUCUGUUAACCGGCUGCCAUGUCACCAGAAU
.(((((...(((.(..((..((....((.....))....))..))..))))..........((((((((((((((((.((....))..)))))).)))))))))).)))))......... ( -38.10)
>DroGri_CAF1 16405 120 - 1
UGCGUGAUCGCCCGUUGGUGAAUUGAUGUCCGUCACCUUUUUACCAUCGGCAUACACAGCAUAGCCGGUUACAGGCCCCGUGGACGUGGGUCUGUUAACCGGCUGCCAUGUCACCAGAAU
((.(((((.(((...(((((((.((((....))))....)))))))..)))..........(((((((((((((((((((....)).))))))).))))))))))....))))))).... ( -51.50)
>DroWil_CAF1 18701 120 - 1
GGCAUGGUCGCCAGUGGGGGAAUUGAUGUCGGUGACCUUUUUACCAUCGGCAUACACAGCAUAGCCGGUUACUGGCCCCGUUGAGGUGGGCCUGUUAACCGGCUGCCAUGUCACCAGAAU
((((((((.(((.((((((..((((....))))..))......)))).)))...........((((((((((.((((((......).))))).).)))))))))))))))))........ ( -52.30)
>DroMoj_CAF1 15498 120 - 1
UGCAUGAUCGCCCGUAGGUGAGUUGAUGUCGGUCACCUUCUUACCAUCGGCGUACACAGCGUAGCCGGUUACGGGCCCCGUGGACGUGGGUCGGUUAACCGGCUGCCAUGUCACCAGAAU
..((((...(((((((((((((.((((....))))....))))))((((((.(((.....))))))))))))))))..))))((((((((((((....)))))..)))))))........ ( -52.30)
>DroPer_CAF1 24974 120 - 1
GGCAUGGUCGCCGGUGGGCGAAUUGAUAUCGGUGACCUUCUUACCAUCGGCGUACACAGCAUAGCCGGUAACAGGCUCAGUCGCGGUGGGCCUGGCGACCGGCUGCCAUGUCACCAGAAU
(((((((((((((((((..((.......))(....).......)))))))))..........(((((((..((((((((.......))))))))...)))))))))))))))........ ( -56.60)
>consensus
GGCAUGAUCGCCCGUGGGCGAAUUGAUGUCGGUCACCUUCUUACCAUCGGCAUACACAGCAUAGCCGGUUACAGGCCCCGUGGACGUGGGCCUGUUAACCGGCUGCCAUGUCACCAGAAU
.(((((.(((((....)))))....((((((((............))))))))........(((((((((((((((((.........))))))).)))))))))).)))))......... (-39.32 = -40.02 +   0.70)

alignment

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