Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 11,212,939 – 11,213,059 |
Length | 120 |
Max. P | 0.661776 |
Location | 11,212,939 – 11,213,059 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 89.44 |
Mean single sequence MFE | -43.99 |
Consensus MFE | -36.33 |
Energy contribution | -35.12 |
Covariance contribution | -1.22 |
Combinations/Pair | 1.30 |
Mean z-score | -1.97 |
Structure conservation index | 0.83 |
SVM decision value | 0.27 |
SVM RNA-class probability | 0.661776 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 11212939 120 + 27905053 AACAAGAGCGUGCUCAUUGGCUGGUCGCCGCCGGAGCCAGUGGGCUACAACCUCAUCGACAGCUACCACGUCUACGUGGACGGCGUGCUCAAGGUCACCGUGAAGGCCAACGAACGCACA .....((((((((((((((((((((....)))..))))))))))).)).............(((.(((((....)))))..)))..))))..((((........))))............ ( -44.20) >DroPse_CAF1 23467 120 + 1 AAUAAGAGCGUGCUCAUUGGCUGGUCACCACCGGAGCCAGUGGGCUACAAUCUCAUCGAGAGCUAUCAUGUCUAUGUGGAUCGUGUGCUGAAGGUCUCUGUGAAGGCUAAUGAACGCACA .......((((((((((((((((((....)))..))))))))))).......((((.((((.((.(((.((.((((.....)))).))))))).)))).))))..........))))... ( -41.30) >DroGri_CAF1 15731 120 + 1 AAUAAGAGCGUGCUCAUUGGCUGGUCACCACCGGAGCCGGUGGGCUACAAUUUGAUCGACAGCUAUCACGUCUAUGUCGAUGGUGUGCUCAAGGUUACGGUGAAGGCCAACGAACGCACA .........((((...(((..(((((..(((((.((((..(((((.(((...(.(((((((.............))))))).))))))))).)))).)))))..))))).)))..)))). ( -45.22) >DroWil_CAF1 18032 120 + 1 AACAAGAGCGUGCUCAUUGGUUGGUCACCGCCGGAGCCUGUGGGCUAUAAUCUAAUUGAAAGCUAUCACGUCUAUGUGGACGGCGUGCUCAAGGUUACGGUGAAGGCCAACGAACGCACA .........((((...((.(((((((..(((((.(((((.(((((...........(((......)))(((((....)))))....)))))))))).)))))..))))))).)).)))). ( -44.80) >DroMoj_CAF1 14821 120 + 1 AACAAGAGCGUGCUCAUUGGCUGGUCGCCACCGGAGCCGGUGGGCUACAAUCUGAUUGACAGUUAUCACGUCUAUGUAGAUGGUGUGCUCAAGGUCACGGUGAAGGCCAACGAACGCACA .........((((...(((..(((((..(((((..(((..((((((((.(((((...(((.((....)))))....))))).))).))))).)))..)))))..))))).)))..)))). ( -46.00) >DroPer_CAF1 24311 120 + 1 AAUAAGAGCGUGCUCAUUGGCUGGUCACCACCGGAGCCAGUGGGCUACAAUCUCAUCGAGAGCUAUCAUGUCUAUGUGGAUCGUGUGCUCAAGGUCUCUGUGAAGGCUAAUGAACGCACA .........(((((((((((((..((((....((((((..((((((((.(((.(((..(((.(......))))..)))))).))).))))).)).)))))))).)))))))))..)))). ( -42.40) >consensus AACAAGAGCGUGCUCAUUGGCUGGUCACCACCGGAGCCAGUGGGCUACAAUCUCAUCGACAGCUAUCACGUCUAUGUGGAUGGUGUGCUCAAGGUCACGGUGAAGGCCAACGAACGCACA .......((((((((((((((((((....)))..)))))))))))..........(((..(((.....(((((....)))))....)))...((((........))))..)))))))... (-36.33 = -35.12 + -1.22)
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