Locus 4108

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	11,212,408 – 11,212,528
Length	120
Max. P	0.650155

overview

Window 7

Location	11,212,408 – 11,212,528
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	87.04
Mean single sequence MFE	-47.60
Consensus MFE	-40.52
Energy contribution	-41.22
Covariance contribution	0.70
Combinations/Pair	1.11
Mean z-score	-1.68
Structure conservation index	0.85
SVM decision value	0.24
SVM RNA-class probability	0.650155
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 11212408 120 + 27905053
UGUAUCUGUAUCUGUAUCUGUAUCUGCUAGGCGACGACCUCCUGGAGUUCCACCAGGCGGUGCUGUCGACGCUGCGCGAUGCCGAGGACGGAUCGAUGCAGUGCGACACCACGUCGCUGC
.............................((((((((((.(((((.......))))).)))(.(((((.(((((((((((.(((....))))))).)))))))))))).).))))))).. ( -51.10)
>DroGri_CAF1 15251 109 + 1
-----------UUGAUUUUGCGACGAUUAGGCGACGAUUUGCUGGAGUUCCAUCAGGCGGUGCUAUCGACGCUACGCGACGCCGAAGAUGGCUCCAUGCAGUGCGACACAACGUCGCUGC
-----------..................(((((((...((((((((..(((((.((((.(((............))).))))...)))))))))).)))(((...)))..))))))).. ( -39.10)
>DroSec_CAF1 14432 109 + 1
-----------CUGUAUCUGUAUCUGCUAGGCGACGACCUCCUGGAGUUCCACCAGGCGGUGCUGUCGACGCUGCGCGAUGCCGAGGACGGAUCGAUGCAGUGCGACACCACGUCGCUGC
-----------..................((((((((((.(((((.......))))).)))(.(((((.(((((((((((.(((....))))))).)))))))))))).).))))))).. ( -51.10)
>DroEre_CAF1 19605 109 + 1
-----------CUGUAUCUGUAUCUGCUAGGCGACGACCUGCUGGAGUUCCACCAGGCGGUGCUGUCGACGCUGCGCGAUGCCGAGGACGGAUCGAUGCAGUGCGACACCACGUCGCUGC
-----------..................(((((((.((((.(((....))).))))).(((.(((((.(((((((((((.(((....))))))).)))))))))))).))))))))).. ( -51.20)
>DroYak_CAF1 15066 109 + 1
-----------CUGUAUCUGUAUCUGCUAGGCGACGACCUGCUGGAGUUCCACCAGGCGGUGCUGUCGACGCUGCGCGAUGCCGAGGACGGAUCGAUGCAGUGCGACACCACGUCGCUGC
-----------..................(((((((.((((.(((....))).))))).(((.(((((.(((((((((((.(((....))))))).)))))))))))).))))))))).. ( -51.20)
>DroAna_CAF1 14940 109 + 1
-----------CUCUACUGCUAUUUGCUAGGCGACGACCUCCUGGAGUUCCACCAGGCGGUGCUGUCGACUCUGCGAGACGCCGAGGACGGGUCGAUGCAGUGCGACACCACUUCGCUGC
-----------.......((.....))..(((((.((((.(((((.......))))).)))(.(((((.(.(((((.(((.(((....))))))..))))).)))))).).).))))).. ( -41.90)
>consensus
___________CUGUAUCUGUAUCUGCUAGGCGACGACCUCCUGGAGUUCCACCAGGCGGUGCUGUCGACGCUGCGCGAUGCCGAGGACGGAUCGAUGCAGUGCGACACCACGUCGCUGC
.............................(((((((.(((..(((....)))..)))).(((.(((((.(((((((((((.(((....))))))).)))))))))))).))))))))).. (-40.52 = -41.22 +   0.70)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	11,212,408 – 11,212,528
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	87.04
Mean single sequence MFE	-45.92
Consensus MFE	-36.77
Energy contribution	-37.63
Covariance contribution	0.86
Combinations/Pair	1.12
Mean z-score	-1.90
Structure conservation index	0.80
SVM decision value	0.03
SVM RNA-class probability	0.546888
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 11212408 120 - 27905053
GCAGCGACGUGGUGUCGCACUGCAUCGAUCCGUCCUCGGCAUCGCGCAGCGUCGACAGCACCGCCUGGUGGAACUCCAGGAGGUCGUCGCCUAGCAGAUACAGAUACAGAUACAGAUACA
((.((((((.(.((((((.((((..(((((((....))).)))).)))).).))))).)(((.(((((.......))))).)))))))))...))......................... ( -46.50)
>DroGri_CAF1 15251 109 - 1
GCAGCGACGUUGUGUCGCACUGCAUGGAGCCAUCUUCGGCGUCGCGUAGCGUCGAUAGCACCGCCUGAUGGAACUCCAGCAAAUCGUCGCCUAAUCGUCGCAAAAUCAA-----------
...((((((..(((.((...(((.((((((((((...((((..((............))..)))).)))))..))))))))...)).))).....))))))........----------- ( -41.30)
>DroSec_CAF1 14432 109 - 1
GCAGCGACGUGGUGUCGCACUGCAUCGAUCCGUCCUCGGCAUCGCGCAGCGUCGACAGCACCGCCUGGUGGAACUCCAGGAGGUCGUCGCCUAGCAGAUACAGAUACAG-----------
((.((((((.(.((((((.((((..(((((((....))).)))).)))).).))))).)(((.(((((.......))))).)))))))))...))..............----------- ( -46.50)
>DroEre_CAF1 19605 109 - 1
GCAGCGACGUGGUGUCGCACUGCAUCGAUCCGUCCUCGGCAUCGCGCAGCGUCGACAGCACCGCCUGGUGGAACUCCAGCAGGUCGUCGCCUAGCAGAUACAGAUACAG-----------
((.((((((((.((((((.((((..(((((((....))).)))).)))).).))))).))).(((((.(((....))).))))).)))))...))..............----------- ( -50.00)
>DroYak_CAF1 15066 109 - 1
GCAGCGACGUGGUGUCGCACUGCAUCGAUCCGUCCUCGGCAUCGCGCAGCGUCGACAGCACCGCCUGGUGGAACUCCAGCAGGUCGUCGCCUAGCAGAUACAGAUACAG-----------
((.((((((((.((((((.((((..(((((((....))).)))).)))).).))))).))).(((((.(((....))).))))).)))))...))..............----------- ( -50.00)
>DroAna_CAF1 14940 109 - 1
GCAGCGAAGUGGUGUCGCACUGCAUCGACCCGUCCUCGGCGUCUCGCAGAGUCGACAGCACCGCCUGGUGGAACUCCAGGAGGUCGUCGCCUAGCAAAUAGCAGUAGAG-----------
((.((((.(((.((((((.((((...((((((....))).)))..)))).).))))).)))(.(((((.......))))).).)))).))...((.....)).......----------- ( -41.20)
>consensus
GCAGCGACGUGGUGUCGCACUGCAUCGAUCCGUCCUCGGCAUCGCGCAGCGUCGACAGCACCGCCUGGUGGAACUCCAGCAGGUCGUCGCCUAGCAGAUACAGAUACAG___________
((.((((((((.((((((.((((..(((((((....))).)))).)))).).))))).))).((((..(((....)))..)))).)))))...))......................... (-36.77 = -37.63 +   0.86)

alignment

secondary structure

dotplot

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