Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 11,206,887 – 11,206,995 |
Length | 108 |
Max. P | 0.903348 |
Location | 11,206,887 – 11,206,995 |
---|---|
Length | 108 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 85.12 |
Mean single sequence MFE | -51.52 |
Consensus MFE | -42.46 |
Energy contribution | -41.85 |
Covariance contribution | -0.61 |
Combinations/Pair | 1.21 |
Mean z-score | -2.58 |
Structure conservation index | 0.82 |
SVM decision value | 1.03 |
SVM RNA-class probability | 0.903348 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 11206887 108 + 27905053 UCC------G------AGGGGCAGCCACAGCAUGCCGUACGAGUCGAUGCACCAUCAUCAGUCGGCGGCCGCUGCCGUGGCCGCUGGCACCACCCCCAACGGAAUGCUGGACGCCCUCAG ...------(------((((...(.(.((((((.((((.......((((......)))).((((((((((((....))))))))))))..........)))).))))))).).))))).. ( -51.70) >DroVir_CAF1 8251 108 + 1 UCG------C------AAGGGCAGCCACAGCAUGCCGUACGAGUCGAUGCACCAUCAUCAGUCGGCGGCCGCUGCAGUGGCCGCCGGCGUAGCGCCAAAUAGCGUGCUGGACUCGCUCAG .(.------.------..)((((((....)).))))(..((((((((((......)))).((((((((((((....)))))))))))).(((((((.....).))))))))))))..).. ( -55.00) >DroGri_CAF1 8985 114 + 1 UCA------GUGCAGUCGGGGCAGCCACAGCAUGCCGUACGAGUCGAUGCACCAUCAUCAGUCGGCGGCCGCUGCCGUGGCCGCCGGCGUAGCGCCAAAUAGCAUGCUGGAUGCGCUCAG ..(------(((((.((((.....)).(((((((((((((.....((((......)))).((((((((((((....)))))))))))))).))).......))))))))))))))))... ( -54.31) >DroWil_CAF1 12504 114 + 1 UUAGUUAGUG------AGAGGCAGCCACAGCAUGCCGUACGAGUCGAUGCAUCAUCAUCAGUCGGCGGCCGCUGCCGUGGCCGCUGCCAGUGCCCCAAAUAGCAUGUUGGACGCCCUUAG ........((------((.(((..(((..((((((.((((.....((((......)))).(.((((((((((....)))))))))).).))))........)))))))))..))))))). ( -44.20) >DroMoj_CAF1 8648 108 + 1 UCA------G------AAGGGCAGCCACAGCAUGCCGUACGAGUCGAUGCACCAUCAUCAGUCGGCGGCCGCUGCCGUGGCCGCCGGCGUAGCGCCAAAUAGCAUGCUGGACUCGCUUAG ...------.------(((((((((....)).))))...((((((((((......)))).((((((((((((....))))))))))))(((((........)).)))..))))))))).. ( -50.30) >DroPer_CAF1 14093 108 + 1 UCA------U------AGGGGCAGCCACAGCAUGCCGUACGAGUCGAUGCACCACCAUCAGUCGGCGGCCGCUGCCGUGGCCGCUGGCACCGCUCCCAACGGAAUGCUGGACUCCCUCAG ...------.------.((((.((.(.((((((.((((..((((.((((......)))).((((((((((((....))))))))))))...))))...)))).))))))).)).)))).. ( -53.60) >consensus UCA______G______AGGGGCAGCCACAGCAUGCCGUACGAGUCGAUGCACCAUCAUCAGUCGGCGGCCGCUGCCGUGGCCGCCGGCAUAGCGCCAAAUAGCAUGCUGGACGCCCUCAG ..................(((......((((((((.((.......((((......)))).((((((((((((....))))))))))))..........)).))))))))......))).. (-42.46 = -41.85 + -0.61)
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