Locus 4036

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 11,028,064 – 11,028,176
Length 112
Max. P 0.602892
window6464

overview

Window 4

Location 11,028,064 – 11,028,176
Length 112
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 77.28
Mean single sequence MFE -36.74
Consensus MFE -18.76
Energy contribution -19.32
Covariance contribution 0.56
Combinations/Pair 1.23
Mean z-score -1.84
Structure conservation index 0.51
SVM decision value 0.14
SVM RNA-class probability 0.602892
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 11028064 112 + 27905053
CGUGGCUUCCAAAAUCUCAGUGCGCACUGUCACCAUUGUGGGUGGCAUUGUGUUCAUCGGAUUCGCCAUCUACGCUGUCGCCAUACCUCCGGAUGACAUUUAGGCG--------AAGCCU
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>DroVir_CAF1 3087 118 + 1
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>DroGri_CAF1 5759 118 + 1
CGUGGCUUCCAAAAUCUCGGUGCGCACUGUUACCAUUGUGGGUGGCAUUGUAUUUAUUGGCUUUGCCAUUUAUGCGGUUGUCAUGCCACCAGAUGAUCUAUAGAUCUACUCA--CAUGAU
.((((........((((.((((.(((.((..(((...((((((((((..((........))..))))))))))..)))...)))))))))))))((((....))))...)))--)..... ( -36.90)
>DroWil_CAF1 3296 118 + 1
GGUGGCUUCCAAAAUCUCUGUGCGCACUGUCACCAUUGUUGGUGGCAUUGUAUUCAUUGGCUUUGCUGUCUAUGCGGUUCUUAUGCCGCCCGAUGACUUGCAACAGAACUAA--AAGCAC
....((((........((((((((((.((((((((....)))))))).)))..(((((((.............(((((......))))))))))))...)).))))).....--)))).. ( -38.33)
>DroMoj_CAF1 7079 116 + 1
GGUGGCCUCCAAAAUCUCGGUGCGCACUGUCACCAUUGUGGGCGGCAUUGUAUUCAUUGGCUUUGCGAUUUAUGCGGUGCUCAUGCCGCCAGAUGAUCUAGUUACCAAC--U--AAUCAU
((((((.............((.((((.((....)).)))).))((((((((((..((((......))))..))))))))))...))))))..(((((.((((.....))--)--)))))) ( -36.10)
>DroAna_CAF1 3335 120 + 1
CGUGGCUUCCAAAAUCUCCGUGCGCACUGUCACCAUCGUUGGUGGCAUUGUAUUCAUUGGCUUCGCCAUCUAUGAAAUCGCCAUGCCACCGGACGACUUGUAAAUAAAAUAAGCAAGCCA
..((((((......((((((((.(((.((((((((....)))))))).....(((((((((...))))...))))).......))))).)))).))(((((.......))))).)))))) ( -35.50)
>consensus
CGUGGCUUCCAAAAUCUCGGUGCGCACUGUCACCAUUGUGGGUGGCAUUGUAUUCAUUGGCUUUGCCAUCUAUGCGGUCGCCAUGCCACCAGAUGACCUAUAAAUCAACU_A__AAGCAU
.(((((.................(((.(((((((......))))))).)))......(((..((((.......))))...))).)))))............................... (-18.76 = -19.32 +   0.56)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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