Locus 4034

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 11,025,003 – 11,025,157
Length 154
Max. P 0.998228
window6459 window6460 window6461 window6462

overview

Window 9

Location 11,025,003 – 11,025,117
Length 114
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.16
Mean single sequence MFE -34.87
Consensus MFE -29.41
Energy contribution -28.88
Covariance contribution -0.52
Combinations/Pair 1.14
Mean z-score -2.88
Structure conservation index 0.84
SVM decision value 1.61
SVM RNA-class probability 0.967524
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 11025003 114 + 27905053
UGC---UGCGGACCGGC---CGAAAACGAAGGGCACCUUUAUCGAUGCGUUUACCGCAUCGAUCUCUGUUAUCUUACUAACAGAGCUAGGGGAUAAGACUUUCUUUAUCGCUGCCAUAAU
.((---.((((....((---(..........))).((((((((((((((.....)))))))).((((((((......)))))))).))))))...............)))).))...... ( -36.10)
>DroVir_CAF1 220 118 + 1
--UUGAACCGACACGGGAUACUAAGAAAAAGGGCACUUUUAUCGAUGCUUUUACAGCAUCGAUCUCUGUUAUAUUAUUAACAGAGUUAGGCGAUAAGACUUUCUUUAUUGCUGCCAUAAU
--.....(((...)))...............(((......(((((((((.....)))))))))((((((((......))))))))...(((((((((......))))))))))))..... ( -35.40)
>DroGri_CAF1 2906 118 + 1
--CGGAUAAGGAACGGGAUGUCAACAUAAAGGGAUCAUUUAUCGAUGCUUUUACAGCAUCGAUCUCUGUUAUAUUGUUAACAGAGCUAGGCGAUAAGACUUUCUUUAUUGCUGCCAUUAU
--............(((((.((........)).)))....(((((((((.....)))))))))((((((((......))))))))...(((((((((......))))))))).))..... ( -32.70)
>DroWil_CAF1 318 111 + 1
AG---------AACGUGAAGCUAAAGGCAAGGGGAAUUUUAUCGAUGCUUUUACAGCAUCGAUCUCUGUUAUCUUAUUAACGGAGCUAGGCGAUAAGACUUUCUUUAUUGCUGCCAUAAU
..---------..............(((............(((((((((.....)))))))))((((((((......))))))))...(((((((((......))))))))))))..... ( -32.90)
>DroMoj_CAF1 3922 120 + 1
UAUUGAACCGGAAAGGGAGAAGAAAAUCAAGGGCAGUUUUAUCGAUGCGUUUACCGCAUCGAUCUCUGUUAUAUUAUUAACAGAGCUAGGUGAUAAGACUUUCUUUAUUGCUGCCAUAAU
..............((.((.....(((.(((((.(((((((((((((((.....))))))...((((((((......))))))))......))))))))).)))))))).)).))..... ( -35.80)
>DroAna_CAF1 447 117 + 1
AUC---AUCGGACAGGCAGGCGAAAACGAAGGGAACCUUUAUCGAUGCGUUCACCGCAUCGAUCUCUGUUAUCCUUUUAACAGAGCUAGGCGAUAAGACUUUCUUUAUAGCUGCCAUAAU
...---........(((((.((....))(((((((..((((((((((((.....))))))...((((((((......))))))))......))))))..)))))))....)))))..... ( -36.30)
>consensus
__C___ACCGGAACGGGAGGCGAAAACAAAGGGCACUUUUAUCGAUGCGUUUACAGCAUCGAUCUCUGUUAUAUUAUUAACAGAGCUAGGCGAUAAGACUUUCUUUAUUGCUGCCAUAAU
..............................((........(((((((((.....)))))))))((((((((......))))))))...(((((((((......))))))))).))..... (-29.41 = -28.88 +  -0.52)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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Window 0

Location 11,025,003 – 11,025,117
Length 114
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 80.16
Mean single sequence MFE -32.70
Consensus MFE -23.77
Energy contribution -23.43
Covariance contribution -0.33
Combinations/Pair 1.05
Mean z-score -2.93
Structure conservation index 0.73
SVM decision value 1.53
SVM RNA-class probability 0.961487
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 11025003 114 - 27905053
AUUAUGGCAGCGAUAAAGAAAGUCUUAUCCCCUAGCUCUGUUAGUAAGAUAACAGAGAUCGAUGCGGUAAACGCAUCGAUAAAGGUGCCCUUCGUUUUCG---GCCGGUCCGCA---GCA
......((.(((..................(((..((((((((......))))))))(((((((((.....)))))))))..))).(((..(((....))---)..))).))).---)). ( -37.10)
>DroVir_CAF1 220 118 - 1
AUUAUGGCAGCAAUAAAGAAAGUCUUAUCGCCUAACUCUGUUAAUAAUAUAACAGAGAUCGAUGCUGUAAAAGCAUCGAUAAAAGUGCCCUUUUUCUUAGUAUCCCGUGUCGGUUCAA--
....((((((..((((((((((......(((....((((((((......))))))))(((((((((.....)))))))))....)))....)))))))..)))..).)))))......-- ( -31.20)
>DroGri_CAF1 2906 118 - 1
AUAAUGGCAGCAAUAAAGAAAGUCUUAUCGCCUAGCUCUGUUAACAAUAUAACAGAGAUCGAUGCUGUAAAAGCAUCGAUAAAUGAUCCCUUUAUGUUGACAUCCCGUUCCUUAUCCG--
..((((((((((.(((((...(((...........((((((((......))))))))(((((((((.....)))))))))....)))..)))))))))).....))))).........-- ( -32.70)
>DroWil_CAF1 318 111 - 1
AUUAUGGCAGCAAUAAAGAAAGUCUUAUCGCCUAGCUCCGUUAAUAAGAUAACAGAGAUCGAUGCUGUAAAAGCAUCGAUAAAAUUCCCCUUGCCUUUAGCUUCACGUU---------CU
.....((((((.((((........)))).))....(((.((((......)))).)))(((((((((.....)))))))))...........))))..............---------.. ( -25.10)
>DroMoj_CAF1 3922 120 - 1
AUUAUGGCAGCAAUAAAGAAAGUCUUAUCACCUAGCUCUGUUAAUAAUAUAACAGAGAUCGAUGCGGUAAACGCAUCGAUAAAACUGCCCUUGAUUUUCUUCUCCCUUUCCGGUUCAAUA
....(((........(((((((((...........((((((((......))))))))(((((((((.....)))))))))............)))))))))........)))........ ( -33.79)
>DroAna_CAF1 447 117 - 1
AUUAUGGCAGCUAUAAAGAAAGUCUUAUCGCCUAGCUCUGUUAAAAGGAUAACAGAGAUCGAUGCGGUGAACGCAUCGAUAAAGGUUCCCUUCGUUUUCGCCUGCCUGUCCGAU---GAU
.....((((((....(((.....)))...((((..((((((((......))))))))(((((((((.....)))))))))..)))).............).)))))........---... ( -36.30)
>consensus
AUUAUGGCAGCAAUAAAGAAAGUCUUAUCGCCUAGCUCUGUUAAUAAGAUAACAGAGAUCGAUGCGGUAAAAGCAUCGAUAAAAGUGCCCUUCAUUUUCGCAUCCCGUUCCGGU___G__
.....((............................((((((((......))))))))(((((((((.....)))))))))........)).............................. (-23.77 = -23.43 +  -0.33)

alignment

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secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 1

Location 11,025,037 – 11,025,157
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 90.50
Mean single sequence MFE -39.40
Consensus MFE -34.50
Energy contribution -34.58
Covariance contribution 0.09
Combinations/Pair 1.15
Mean z-score -3.49
Structure conservation index 0.88
SVM decision value 3.04
SVM RNA-class probability 0.998228
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 11025037 120 + 27905053
AUCGAUGCGUUUACCGCAUCGAUCUCUGUUAUCUUACUAACAGAGCUAGGGGAUAAGACUUUCUUUAUCGCUGCCAUAAUGGCCAUGCGCCAUCCGCGUUUGAUUGUCUUUGGCGGUGCC
(((((((((.....)))))))))((((((((......)))))))).(((((((.......))))))).((((((((....(((((.((((.....)))).))...)))..)))))))).. ( -42.70)
>DroVir_CAF1 258 120 + 1
AUCGAUGCUUUUACAGCAUCGAUCUCUGUUAUAUUAUUAACAGAGUUAGGCGAUAAGACUUUCUUUAUUGCUGCCAUAAUGGCAAUGCGCCACCCGCGUUUGAUAGUCUUUGGCGGUGCC
(((((((((.....)))))))))((((((((......))))))))...(((((((((......)))))))))(((.....)))...(((((.((.((........))....)).))))). ( -43.10)
>DroPse_CAF1 352 120 + 1
AUCGAUGCGUUCACAGCAUCGAUAUCUGUUAUACUUUUAACAGAACUAGGCGAUAAGACAUUCUUUAUUGCUGCCAUAAUGGCCAUGCGCCAUCCCCGUUUGAUUGUCUUUGGCGGUGCU
((((((((.......)))))))).(((((((......)))))))....(((((((((......)))))))))(((.....)))...(((((....(((...(.....)..))).))))). ( -38.20)
>DroWil_CAF1 349 120 + 1
AUCGAUGCUUUUACAGCAUCGAUCUCUGUUAUCUUAUUAACGGAGCUAGGCGAUAAGACUUUCUUUAUUGCUGCCAUAAUGGCCAUGCGUCAUCCCCGUUUAAUUGUCUUUGGCGGUGCA
(((((((((.....)))))))))((((((((......))))))))...(((((((((......)))))))))(((.....)))(((.(((((....((......))....)))))))).. ( -36.30)
>DroMoj_CAF1 3962 120 + 1
AUCGAUGCGUUUACCGCAUCGAUCUCUGUUAUAUUAUUAACAGAGCUAGGUGAUAAGACUUUCUUUAUUGCUGCCAUAAUGGCAAUGCGCCAUCCUCGUCUGAUUGUCUUCCUCGGUGCU
(((((((((.....)))))))))((((((((......))))))))...((..(((((......)))))..))(((.....)))...(((((......(.(.....).)......))))). ( -37.90)
>DroPer_CAF1 352 120 + 1
AUCGAUGCGUUCACAGCAUCGAUAUCUGUUAUACUUUUAACAGAACUAGGCGAUAAGACAUUCUUUAUUGCUGCCAUAAUGGCCAUGCGCCAUCCCCGUUUGAUUGUCUUUGGCGGUGCU
((((((((.......)))))))).(((((((......)))))))....(((((((((......)))))))))(((.....)))...(((((....(((...(.....)..))).))))). ( -38.20)
>consensus
AUCGAUGCGUUUACAGCAUCGAUCUCUGUUAUAUUAUUAACAGAGCUAGGCGAUAAGACUUUCUUUAUUGCUGCCAUAAUGGCCAUGCGCCAUCCCCGUUUGAUUGUCUUUGGCGGUGCU
(((((((((.....)))))))))((((((((......))))))))...(((((((((......)))))))))(((.....)))...(((((.......................))))). (-34.50 = -34.58 +   0.09)

alignment

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secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 2

Location 11,025,037 – 11,025,157
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 90.50
Mean single sequence MFE -36.18
Consensus MFE -29.72
Energy contribution -30.05
Covariance contribution 0.33
Combinations/Pair 1.10
Mean z-score -2.83
Structure conservation index 0.82
SVM decision value 1.21
SVM RNA-class probability 0.930805
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 11025037 120 - 27905053
GGCACCGCCAAAGACAAUCAAACGCGGAUGGCGCAUGGCCAUUAUGGCAGCGAUAAAGAAAGUCUUAUCCCCUAGCUCUGUUAGUAAGAUAACAGAGAUCGAUGCGGUAAACGCAUCGAU
(((...))).(((((..((...(((.((((((.....))))))......))).....))..))))).........((((((((......))))))))(((((((((.....))))))))) ( -41.80)
>DroVir_CAF1 258 120 - 1
GGCACCGCCAAAGACUAUCAAACGCGGGUGGCGCAUUGCCAUUAUGGCAGCAAUAAAGAAAGUCUUAUCGCCUAACUCUGUUAAUAAUAUAACAGAGAUCGAUGCUGUAAAAGCAUCGAU
(((...))).((((((.((....(((.....))).(((((.....))))).......)).)))))).........((((((((......))))))))(((((((((.....))))))))) ( -42.70)
>DroPse_CAF1 352 120 - 1
AGCACCGCCAAAGACAAUCAAACGGGGAUGGCGCAUGGCCAUUAUGGCAGCAAUAAAGAAUGUCUUAUCGCCUAGUUCUGUUAAAAGUAUAACAGAUAUCGAUGCUGUGAACGCAUCGAU
......((..((((((.((.......((((((.....)))))).((....)).....)).))))))...)).....(((((((......))))))).((((((((.(....))))))))) ( -32.70)
>DroWil_CAF1 349 120 - 1
UGCACCGCCAAAGACAAUUAAACGGGGAUGACGCAUGGCCAUUAUGGCAGCAAUAAAGAAAGUCUUAUCGCCUAGCUCCGUUAAUAAGAUAACAGAGAUCGAUGCUGUAAAAGCAUCGAU
.......................((.(((((.((...(((.....)))(....).......)).))))).))...(((.((((......)))).)))(((((((((.....))))))))) ( -29.90)
>DroMoj_CAF1 3962 120 - 1
AGCACCGAGGAAGACAAUCAGACGAGGAUGGCGCAUUGCCAUUAUGGCAGCAAUAAAGAAAGUCUUAUCACCUAGCUCUGUUAAUAAUAUAACAGAGAUCGAUGCGGUAAACGCAUCGAU
......((..(((((.(((.......)))...((..((((.....))))))..........))))).))......((((((((......))))))))(((((((((.....))))))))) ( -37.30)
>DroPer_CAF1 352 120 - 1
AGCACCGCCAAAGACAAUCAAACGGGGAUGGCGCAUGGCCAUUAUGGCAGCAAUAAAGAAUGUCUUAUCGCCUAGUUCUGUUAAAAGUAUAACAGAUAUCGAUGCUGUGAACGCAUCGAU
......((..((((((.((.......((((((.....)))))).((....)).....)).))))))...)).....(((((((......))))))).((((((((.(....))))))))) ( -32.70)
>consensus
AGCACCGCCAAAGACAAUCAAACGGGGAUGGCGCAUGGCCAUUAUGGCAGCAAUAAAGAAAGUCUUAUCGCCUAGCUCUGUUAAUAAUAUAACAGAGAUCGAUGCUGUAAACGCAUCGAU
..........(((((.(((.......)))...((...(((.....))).))..........))))).........((((((((......))))))))(((((((((.....))))))))) (-29.72 = -30.05 +   0.33)

alignment

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