Locus 4026

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>3R_DroMel_CAF1 10998194 91 + 27905053
--UAUAUACAGACUAUAUACGAUCUUACCAA--------CAGCCAAUGAAAAUGGU-----UCCCCC-AAGUUUAUUACAAUUUUAGCCCCACAGUUGGUAAGACCC
--((((((.....))))))...(((((((((--------(....((((((..(((.-----....))-)..)))))).........(.....).))))))))))... ( -18.10)
>DroPse_CAF1 75209 85 + 1
--UAUAUACAGC----ACG-GGUCUUAGCAAUUCCAUAAGAACCAAAUAC-AUAAU--------CAG-AAAUUUGCUACAAGUUUG-----CUAAUUGGUAAGACCC
--..........----..(-(((((((.(((((......((.........-....)--------)((-(((((((...))))))).-----))))))).)))))))) ( -17.12)
>DroSec_CAF1 58941 91 + 1
--UAUAUACAGACUAUAUGCGAUCUUACCAA--------CAGCCAAUGAAAAUGGU-----CCCCCC-AAGUUUAUUACCAAUUUAGUCCCACAGUUGGUAAGACCC
--((((((.....))))))...(((((((((--------(....((((((..(((.-----....))-)..)))))).........(.....).))))))))))... ( -18.60)
>DroEre_CAF1 61294 86 + 1
--UAUAUACAGC----GGGCGAUCUUACCAA--------CAGCCAAUGAA-AUGGU-----CCCCCC-AUGUUCAACACAAUUUUAGCCCCACAAUUGGUAAGAUCA
--..........----....(((((((((((--------.......((((-((((.-----....))-)).))))...........(.....)..))))))))))). ( -18.80)
>DroYak_CAF1 68747 89 + 1
UGUAUAUACAGA----AGGCGAUCUUACCAA--------CAGCCAAUGAA-AUGUU-----ACCCCCAAUGUUCAAAACAAUUUGAGCCCCACAGUUGGUAAGAUCA
............----....(((((((((((--------((((.......-..)))-----.........(((((((....)))))))......)))))))))))). ( -23.10)
>DroAna_CAF1 83638 97 + 1
UAUAUUUACAGA-----GGAGAUCUUACCAAUUUUAUUAUAGCAAAUAGAAAAGUCUUAAGCCCCUU-AA---UAUGAUAA-UUUCUCCCCUCAAUUGGUAAGAUCA
............-----...(((((((((((((((((((((((....(((....)))...)).....-..---))))))))-...........))))))))))))). ( -19.41)
>consensus
__UAUAUACAGA____AGGCGAUCUUACCAA________CAGCCAAUGAA_AUGGU_____CCCCCC_AAGUUUAUUACAAUUUUAGCCCCACAAUUGGUAAGACCA
....................(((((((((((................................................................))))))))))). ( -9.70 = -10.03 +   0.33) 

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Window 7

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>3R_DroMel_CAF1 10998194 91 - 27905053
GGGUCUUACCAACUGUGGGGCUAAAAUUGUAAUAAACUU-GGGGGA-----ACCAUUUUCAUUGGCUG--------UUGGUAAGAUCGUAUAUAGUCUGUAUAUA--
.((((((((((((.....((((((....((.....))..-.((...-----.)).......)))))))--------)))))))))))((((((.....)))))).-- ( -26.50)
>DroPse_CAF1 75209 85 - 1
GGGUCUUACCAAUUAG-----CAAACUUGUAGCAAAUUU-CUG--------AUUAU-GUAUUUGGUUCUUAUGGAAUUGCUAAGACC-CGU----GCUGUAUAUA--
((((((((.(((((..-----((((..(((((((.....-.))--------.))))-)..))))..((....))))))).)))))))-)..----..........-- ( -18.40)
>DroSec_CAF1 58941 91 - 1
GGGUCUUACCAACUGUGGGACUAAAUUGGUAAUAAACUU-GGGGGG-----ACCAUUUUCAUUGGCUG--------UUGGUAAGAUCGCAUAUAGUCUGUAUAUA--
.((((((((((((.((.(((((.....))).........-.((...-----.)).......)).)).)--------)))))))))))..................-- ( -25.60)
>DroEre_CAF1 61294 86 - 1
UGAUCUUACCAAUUGUGGGGCUAAAAUUGUGUUGAACAU-GGGGGG-----ACCAU-UUCAUUGGCUG--------UUGGUAAGAUCGCCC----GCUGUAUAUA--
.((((((((((((.....((((((...(((.....))).-.((...-----.))..-....)))))))--------)))))))))))....----..........-- ( -27.50)
>DroYak_CAF1 68747 89 - 1
UGAUCUUACCAACUGUGGGGCUCAAAUUGUUUUGAACAUUGGGGGU-----AACAU-UUCAUUGGCUG--------UUGGUAAGAUCGCCU----UCUGUAUAUACA
.((((((((((((.((.....(((((....))))).((.((..(..-----....)-..)).)))).)--------)))))))))))....----............ ( -26.70)
>DroAna_CAF1 83638 97 - 1
UGAUCUUACCAAUUGAGGGGAGAAA-UUAUCAUA---UU-AAGGGGCUUAAGACUUUUCUAUUUGCUAUAAUAAAAUUGGUAAGAUCUCC-----UCUGUAAAUAUA
.(((((((((((((((...((....-)).)).((---((-(...(((...(((....)))....))).))))).)))))))))))))...-----............ ( -22.90)
>consensus
GGAUCUUACCAACUGUGGGGCUAAAAUUGUAAUAAACUU_GGGGGG_____ACCAU_UUCAUUGGCUG________UUGGUAAGAUCGCCU____UCUGUAUAUA__
.(((((((((((......((((((.....................................)))))).........))))))))))).................... (-12.34 = -12.73 +   0.39) 

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