Locus 4025

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 10,997,695 – 10,997,791
Length 96
Max. P 0.506495
window6445

overview

Window 5

Location 10,997,695 – 10,997,791
Length 96
Sequences 6
Columns 101
Reading direction forward
Mean pairwise identity 84.28
Mean single sequence MFE -19.52
Consensus MFE -14.08
Energy contribution -14.58
Covariance contribution 0.50
Combinations/Pair 1.11
Mean z-score -1.81
Structure conservation index 0.72
SVM decision value -0.05
SVM RNA-class probability 0.506495
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 10997695 96 + 27905053
UAUGUAAAAUUAAGUACAAAAAAAUUACAGAACUGCUAUAUGAUUUGUAUAGCGUCGCUUUGUUAUUAGAGCUAAACGAUUGU---UUGUGAUUUUGAA--
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>DroVir_CAF1 93476 94 + 1
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>DroGri_CAF1 73048 93 + 1
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>DroSec_CAF1 58412 96 + 1
UAUGUAAAAUUAAGUACAAAAAAAUUACAGAACUGCUAUAUGAUUAAUAUAGCGUCGCUUUGUUAUUAGAGCUAAACGAUUGU---UUGUGAUUUUGAA--
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>DroYak_CAF1 68201 96 + 1
UAUGUAAAAUUAAGUACAAAAAAAUUACAGAAGUGCUAUAUGAUUGAUAUAGCGUCGCUUUGUUAUUAGAGCUAAACGAUUGU---UUGUGAUUUUGAU--
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>DroMoj_CAF1 81875 95 + 1
UAUGUAAAUUAAAGUACAAAAAAAUUACAGAAGUGCUAUGUG----AUAUAGCAUCGGU-UGUUAUUAGAGCUA-ACGAUUUUGAGUUGUGAUUUGGCUUU
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>consensus
UAUGUAAAAUAAAGUACAAAAAAAUUACAGAAGUGCUAUAUG____AUAUAGCAUCGCU_UGUUAUUAGAGCUA_ACGAUUGU___UUGUGAUUUGGAU__
..((((........))))...(((((((((....(((((((.....)))))))((((....(((.....)))....))))......)))))))))...... (-14.08 = -14.58 +   0.50) 

alignment

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secondary structure

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