Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 10,923,382 – 10,923,502 |
Length | 120 |
Max. P | 0.500000 |
Location | 10,923,382 – 10,923,502 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 81.72 |
Mean single sequence MFE | -51.43 |
Consensus MFE | -31.10 |
Energy contribution | -31.33 |
Covariance contribution | 0.23 |
Combinations/Pair | 1.28 |
Mean z-score | -1.73 |
Structure conservation index | 0.60 |
SVM decision value | -0.06 |
SVM RNA-class probability | 0.500000 |
Prediction | OTHER |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 10923382 120 - 27905053 GUGCUCAAAGUACACGAUGUAGCGAGUAGUUUCAGGGAGCUGGUAGGCGUGGAGAUCGGACCCAUUGGCGCAGGACAAUUGGCCCUGCAGGCCGAGUGUCUGGCCAAUGUCCUGGCUACU ((((.....)))).....(((((.....(((((.....(((....)))...))))).((((..((((((.(((.(((.((((((.....)))))).))))))))))))))))..))))). ( -45.90) >DroVir_CAF1 34 120 - 1 GUGCUCAAGGUGCACGAUGUGGCAAGCAGUUUCCGCGAGCUGGUCAGCGUACAGAUCGGACCCAUUGGCGCUGGUCAGCUGGCGCUGCAAGCGGAAUGCCUGGCCAAUGUUCUGGCCACG ((((.......))))...(((((..((((....(((.(((((..((((((...(((.(....)))).))))))..))))).)))))))...((((((...........))))))))))). ( -54.20) >DroGri_CAF1 34 120 - 1 GUGCUGAAGGUGCACGAUGUGGCCAGCAGUUUCCGGGAGCUAGUUGGCGUCCAGAUUGGUCCGAUCGGUGCUGGCCAAUUGGCGUUGCAGGCCGAAUGUUUGGCCAAUGUGCUGGCCACG ((((.......))))...((((((((((......(.((((((((((((((((.(((((...))))))).))..)))))))))).)).).((((((....))))))....)))))))))). ( -57.00) >DroWil_CAF1 34 120 - 1 GUACUCAAGGUGCACGAUGUGGCCAGCAGUUUUCGUGAACUUGUUGGAGUGCCGAUUGGCCCGAUCGGUGCCGGACAAUUGGCCCUGCAGGCCGAGUGUCUGGCCAAUGUUUUGGCCACC ((((.....)))).....((((((((.(((((....))))).(((((.(..(((((((...)))))))..)((((((.((((((.....)))))).)))))).)))))...)))))))). ( -53.70) >DroMoj_CAF1 34 120 - 1 GUGCUCAAGGUGCACGAUGUGGCGAGUAGUUUCCGUGAACUGGUUGGCGUGCAGAUCGGACCCAUCGGAGCGGGCCAGCUGGCCCUGCAGGCAGAGUGUCUGGCCAAUGUGCUGGCCACC ((((.......))))...(((((.((((...((((((..((((((.(....).))))))...)).))))(((((((....))))).)).(((((.....)).)))....)))).))))). ( -48.50) >DroAna_CAF1 34 120 - 1 GUGCUAAAAGUGCACGAUGUGGCGAGCAGUUUCAGGGAGCUGGUUGGCGUGGAAAUAGGUCCUGUCGGAGCCGGCCAGCUGGCAUUGCAUGCGGAGUGUCUGGCCAAUGUCCUGGCCACU ((((.......))))...((((((((....))).((((((((((((((((....))...(((....)))))))))))))((((...((((.....))))...))))...)))).))))). ( -49.30) >consensus GUGCUCAAGGUGCACGAUGUGGCGAGCAGUUUCCGGGAGCUGGUUGGCGUGCAGAUCGGACCCAUCGGAGCCGGCCAACUGGCCCUGCAGGCCGAGUGUCUGGCCAAUGUCCUGGCCACC ((((.......))))...(((((.((((((((....))))))((((((.................(((.(((((....))))).)))(((((.....)))))))))))...)).))))). (-31.10 = -31.33 + 0.23)
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