Locus 3983

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	10,804,959 – 10,805,089
Length	130
Max. P	0.999848

overview

Window 6

Location	10,804,959 – 10,805,079
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	89.44
Mean single sequence MFE	-36.36
Consensus MFE	-30.36
Energy contribution	-31.42
Covariance contribution	1.06
Combinations/Pair	1.21
Mean z-score	-1.63
Structure conservation index	0.83
SVM decision value	-0.06
SVM RNA-class probability	0.500000
Prediction	OTHER

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 10804959 120 - 27905053
UGCACCUGGAAGCAAUCCGGCCGCAGCCAUGGCCGCUAUACCUCCAGCAGGAUGUUUCUCUAUGGGUGUCACAACAUUUGUGAAGCCCUGACGCAAAAUUAAAUACCGUCAAACGGCAGC
..((((((((((((.((((((((......)))))(((........))).))))))))))....)))))(((((.....))))).(((.(((((.............)))))...)))... ( -39.32)
>DroSec_CAF1 74627 120 - 1
UGCACCUGGAAGCAAUCCGGCCGCAGCCAUGGCCGCUAUACCUCCAGCAGGAUGUUUCUCUAUGGGUGUCACAACAUUUGUGAAGCCCCGACGCAAACUUAAAUACCGUCAAACGGCAGC
(((....(((((((.((((((((......)))))(((........))).))))))))))....((((.(((((.....))))).))))....)))..........(((.....))).... ( -38.80)
>DroSim_CAF1 78881 120 - 1
UGCACCUGGAAGCAAUCCGGCCGCAGCCAUGGCCGCUAUACCUCCAGCAGGAUGUUUCUCUAUGGGUGUCACAACAUUUGUGAAGCCCCGACGCAAAAUUAAAUACCGUCAAACGGCAGC
(((....(((((((.((((((((......)))))(((........))).))))))))))....((((.(((((.....))))).))))....)))..........(((.....))).... ( -38.80)
>DroEre_CAF1 76790 120 - 1
UGCACCUGGAAGCAAUCCGGCCGCAACCACCGCCGCUAUACCACCAGCAGGAUGUUUCUCUAUGGGUGUCACAACAUUUGUGAAGCCCUGACGCAAAAUUAAAUACCGUCAAACGGCAGC
..((((((((((((.((((((.(......).)))(((........))).))))))))))....)))))(((((.....))))).(((.(((((.............)))))...)))... ( -35.22)
>DroYak_CAF1 78781 120 - 1
UGCACCUGGAAGCAAUCCGGCCGCAGCCAUGGCCGCCAUACCUCCAGCAGGAUGUUUCUCUAUGGGUGUCACAACAUUUGUGAAGCCCUGACGCAAAAUUAAAUACCGUCAAACGGCAGC
..((((((((((((.((((((((......)))))((..........)).))))))))))....)))))(((((.....))))).(((.(((((.............)))))...)))... ( -37.02)
>DroAna_CAF1 76635 115 - 1
GACUCCUGGGAGCUAUCCUGCCGCAACUGUAGCUGCU--ACCUCUGGCAG---GUUUCUAUACGAGCAUCACAAUAUUUGUACAGUCUUGACGCAAAAUUAAAUACUGUCGAACGGCAGU
..(((....))).....((((((..((((((.(((((--(....))))))---((((......)))).............)))))).((((((.............)))))).)))))). ( -29.02)
>consensus
UGCACCUGGAAGCAAUCCGGCCGCAGCCAUGGCCGCUAUACCUCCAGCAGGAUGUUUCUCUAUGGGUGUCACAACAUUUGUGAAGCCCUGACGCAAAAUUAAAUACCGUCAAACGGCAGC
(((....(((((((.((((((((......)))))(((........))).))))))))))....((((.(((((.....))))).))))....)))..........(((.....))).... (-30.36 = -31.42 +   1.06)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	10,804,999 – 10,805,089
Length	90
Sequences	5
Columns	90
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	97.33
Mean single sequence MFE	-30.20
Consensus MFE	-29.60
Energy contribution	-30.04
Covariance contribution	0.44
Combinations/Pair	1.04
Mean z-score	-2.48
Structure conservation index	0.98
SVM decision value	4.24
SVM RNA-class probability	0.999848
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 10804999 90 - 27905053
CCCCAUUCCAUGCACCUGGAAGCAAUCCGGCCGCAGCCAUGGCCGCUAUACCUCCAGCAGGAUGUUUCUCUAUGGGUGUCACAACAUUUG
...........(((((((((((((.((((((((......)))))(((........))).))))))))))....))))))........... ( -28.60)
>DroSec_CAF1 74667 90 - 1
CCCCAUUCCGUGCACCUGGAAGCAAUCCGGCCGCAGCCAUGGCCGCUAUACCUCCAGCAGGAUGUUUCUCUAUGGGUGUCACAACAUUUG
.........(((((((((((((((.((((((((......)))))(((........))).))))))))))....))))).)))........ ( -32.20)
>DroSim_CAF1 78921 90 - 1
CCCCAUUCCGUGCACCUGGAAGCAAUCCGGCCGCAGCCAUGGCCGCUAUACCUCCAGCAGGAUGUUUCUCUAUGGGUGUCACAACAUUUG
.........(((((((((((((((.((((((((......)))))(((........))).))))))))))....))))).)))........ ( -32.20)
>DroEre_CAF1 76830 90 - 1
CCCCAUUCCGUGCACCUGGAAGCAAUCCGGCCGCAACCACCGCCGCUAUACCACCAGCAGGAUGUUUCUCUAUGGGUGUCACAACAUUUG
.........(((((((((((((((.((((((.(......).)))(((........))).))))))))))....))))).)))........ ( -28.10)
>DroYak_CAF1 78821 90 - 1
CCCCAUUCCGUGCACCUGGAAGCAAUCCGGCCGCAGCCAUGGCCGCCAUACCUCCAGCAGGAUGUUUCUCUAUGGGUGUCACAACAUUUG
.........(((((((((((((((.((((((((......)))))((..........)).))))))))))....))))).)))........ ( -29.90)
>consensus
CCCCAUUCCGUGCACCUGGAAGCAAUCCGGCCGCAGCCAUGGCCGCUAUACCUCCAGCAGGAUGUUUCUCUAUGGGUGUCACAACAUUUG
.........(((((((((((((((.((((((((......)))))(((........))).))))))))))....))))).)))........ (-29.60 = -30.04 +   0.44)

alignment

secondary structure

dotplot

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