Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 10,729,208 – 10,729,325 |
Length | 117 |
Max. P | 0.741679 |
Location | 10,729,208 – 10,729,325 |
---|---|
Length | 117 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 79.21 |
Mean single sequence MFE | -39.88 |
Consensus MFE | -25.48 |
Energy contribution | -24.15 |
Covariance contribution | -1.33 |
Combinations/Pair | 1.34 |
Mean z-score | -1.63 |
Structure conservation index | 0.64 |
SVM decision value | 0.45 |
SVM RNA-class probability | 0.741679 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 10729208 117 - 27905053 CAAGAAUCUGAUCUCGGUCAUCUUCUGCGAGGCCGUGGCCAUCUACGGCCUGAUCACCGCCAUCGUUCUGUCCGGCCAGCUGGAGCAGUUCUCGAUGGAGACGGCCCUUU---CGCAGGC .((((...((((....))))))))((((((((((((((((......)))).......(.((((((..((((((((....))))).)))....)))))).)))))))...)---))))).. ( -50.90) >DroVir_CAF1 254 117 - 1 CAAGAAUCUGAUUUCGGUCAUCUUCUGUGAGGCCGUCGCCAUCUACGGCCUGAUCACGGCCAUUGUGCUCUCCGGCCAGCUGGAGCAGUUCAAAAUGGAAUCGGCGCUAG---CCAGCGA .......((((((((((((.......((.(((((((........))))))).))...)))).(((.(((((((((....)))))).))).)))...))))))))((((..---..)))). ( -43.00) >DroGri_CAF1 252 119 - 1 CAAGAAUCUGAUUUCGGUCAUUUUCUGUGAGGCUGUCGCCAUCUAUGGCCUGAUCACGGCCAUUGUGCUCUCCGGCCAGCUGGAGCAGUUCCAAAUGGAAUCGGCGCUCGAAUCCAGCG- ..((((..((((....))))..)))).((((((((...((((...(((((.......)))))(((.(((((((((....)))))).)))..)))))))...)))).)))).........- ( -40.20) >DroWil_CAF1 4001 117 - 1 CAAGAAUUUGAUCUCCGUCAUUUUCUGCGAAGCUGUGGCCAUUUACGGUUUGAUCACUGCCAUUGUAUUGUCCGGACAACUGGAACAGUUCCAAAUGGAGGUGGCCUUGA---GCUCAAC ..((((..((((....))))..))))..((.(((..((((((((.((((......))))(((((..(((((((((....)))).)))))....)))))))))))))...)---))))... ( -36.80) >DroMoj_CAF1 254 117 - 1 CAAGAAUUUGAUUUCGGUUAUUUUCUGUGAGGCUGUCGCCAUUUACGGCCUCAUUACUGCCAUCGUGCUCUCUGGUCAGCUGGAGCAGUUCAAUAUGGAAAAUGCGCUCG---CCAGCGA ..((((..((((....))))..))))((((((((((........)))))))))).....((((...((((((..(....)..))).))).....))))......((((..---..)))). ( -34.60) >DroAna_CAF1 254 117 - 1 CAAGAACUUGAUCUCCGUCAUUUUCUGCGAGGCUGUCGCCAUCUACGGUCUGAUCACAGCCAUUGUCCUCUCCGGCCAGCUGGAACAGUUCCAAAUGGAAACUGCCUUGA---ACUCUCC ..((((..((((....))))..)))).((((((.((..((((....((.(((.((.((((...((.((.....)).)))))))).)))..))..))))..)).)))))).---....... ( -33.80) >consensus CAAGAAUCUGAUCUCGGUCAUUUUCUGCGAGGCUGUCGCCAUCUACGGCCUGAUCACGGCCAUUGUGCUCUCCGGCCAGCUGGAGCAGUUCCAAAUGGAAACGGCCCUCG___CCAGCGC ..((((..((((....))))..))))((.(((((((........)))))))........(((((..((..(((((....)))))...))....))))).....))............... (-25.48 = -24.15 + -1.33)
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