Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 10,723,011 – 10,723,131 |
Length | 120 |
Max. P | 0.994774 |
Location | 10,723,011 – 10,723,131 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 91.58 |
Mean single sequence MFE | -45.12 |
Consensus MFE | -36.74 |
Energy contribution | -36.94 |
Covariance contribution | 0.20 |
Combinations/Pair | 1.15 |
Mean z-score | -2.63 |
Structure conservation index | 0.81 |
SVM decision value | 2.51 |
SVM RNA-class probability | 0.994774 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 10723011 120 - 27905053 CUAUCGUGUGUUCAUGUGCUCCCAAGUCGGUGGAUCCUAUGCCAACAACAGCUAUCAGUUGGUUGUGGCCUAUGUAAACCACCGGUUCAGAGCACAGCAGACCAUCGGACUUGUGGACAC .......((((((((((((((...(..((((((..(.((.((((.(((((((.....))).)))))))).)).)....))))))..)..))))))......((...))....)))))))) ( -40.80) >DroSec_CAF1 10745 120 - 1 CUAUCGUGUGUUCAUGUGCUCCCAAAUCGGUGGAUCCUAUGCCAGCAACAGCUAUCAGUUGGUUCUGGCCUAUGUAAACCAGCGGUUUAGAGCACAGCAGACCAUCGGACUUGUGGACAC .......((((((((((((((..((((((.(((..(.((.(((((...((((.....))))...))))).)).)....))).)))))).))))))......((...))....)))))))) ( -40.80) >DroSim_CAF1 10735 120 - 1 CUAUCGUGUGUUCAUGUGCUCCCAAACCGGUGGAUCCUAUGCCGGCAACAGCUAUCAGUUGGUUCUGGCCUAUGUAAACCAGCGGUUUAGAGCACAGCAGACCAUCGGUCUUGUGGACAC .......((((((.(((((((..((((((.(((..(.((.(((((...((((.....))))...))))).)).)....))).)))))).)))))))(((((((...)))).))))))))) ( -47.90) >DroEre_CAF1 12127 120 - 1 UUACCGUGUGUUCAUGUGCUCCCAAGUCGGUGGAUCCUAUGCCAGCAACAGCUAUCAGUUGGUGUUGGCCUAUGUAAGCCACCGGUUUAGAGCGCAGCAGACCAUCGGCCUUGUAGACAC ...(((((.(((..(((((((..((..((((((..(.((.(((((((.((((.....)))).))))))).)).)....))))))..)).)))))))...))))).)))............ ( -47.30) >DroYak_CAF1 10663 120 - 1 CUACCGCGUGUUCAUGUGCUCCCAAGUCGGUGGAUCCUAUGCCAGCAACAGCUAUCAGUUGGUGUUGGCCUUUGUUAGCCAUCGUUUUGGAGCGCAGCAGACAAUCGGACUUGUGGACAC ...(((((.((((.((((((((.(((.((((((.......(((((((.((((.....)))).))))))).........))))))))).))))))))...(.....))))).))))).... ( -48.79) >consensus CUAUCGUGUGUUCAUGUGCUCCCAAGUCGGUGGAUCCUAUGCCAGCAACAGCUAUCAGUUGGUUCUGGCCUAUGUAAACCACCGGUUUAGAGCACAGCAGACCAUCGGACUUGUGGACAC .......((((((.(((((((...(((((((((..(.((.(((((...((((.....))))...))))).)).)....)))))))))..)))))))((((.(.....).).))))))))) (-36.74 = -36.94 + 0.20)
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