Locus 3960

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 10,715,577 – 10,715,697
Length 120
Max. P 0.551712
window6347

overview

Window 7

Location 10,715,577 – 10,715,697
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 81.61
Mean single sequence MFE -38.20
Consensus MFE -22.57
Energy contribution -23.18
Covariance contribution 0.62
Combinations/Pair 1.39
Mean z-score -1.90
Structure conservation index 0.59
SVM decision value 0.04
SVM RNA-class probability 0.551712
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 10715577 120 - 27905053
AUUUGUUGGCCCUUAACGAGGAUGAAUACCAAAAGGUGUUUAUUUUCUUCGCAAAUGUGAUCCAGGUGCUCGGCGAGCAGCUAAAGCUGAGGCAACAGGUCAUCGCCACGGCGACGGUUU
..(((((((((((....(((((((((((((....))))))))))))).((((....))))...))).))..(((((.((((....)))).(((.....))).))))).))))))...... ( -42.70)
>DroVir_CAF1 3027 120 - 1
AUUUGCUGGCGCUCAGCGAGGACGAGUAUCAAAAGAUAUUUAUAUUCUUUGCCAAUGUAAUUCAAGUACUUGGAGAGCAACUGAAACUGCGGCAACAAGUUAUUGCCACGGCAACUGUUU
..((((((..((((.(((((((.(((((((....)))))))....)))))))........(((((....)))))))))............(((((.......))))).))))))...... ( -33.90)
>DroGri_CAF1 3116 120 - 1
AUUUACUCGCACUCAGCGAGGAUGAGUAUCAAAAGAUAUUCAUAUUCUUUGCGAAUGUCAUCCAAGUGCUCGGCGAGCAGCUGAAACUGCGCCAGCAGGUCAUUGCCACGGCAACAGUUU
.....(((((....((((.(((((((((((....)))))))((((((.....)))))).))))...))))..))))).(((((...((((....))))....((((....))))))))). ( -39.40)
>DroWil_CAF1 3163 120 - 1
AUUUGCUUGCCCUCAGCGAGGAGGAGUAUCAAAAGGUGUUCAUCUUCUUUGCCAAUGUAAUUCAGGUGCUGGGAGAGCAACUAAAAUUGCGCCAGCAGGUUAUAGCCACAGCGACGGUGU
..((((((..((.(((((((((.(((((((....))))))).)))))...(((...........))))))))).))))))........(((((.((.(((....)))...))...))))) ( -35.90)
>DroMoj_CAF1 3018 120 - 1
AUUUGCUGGUCCUCACCGAGGAUGAGUAUCAAAAAAUAUUUAUAUUUUUUGCGAAUGUCAUUCAAGUGCUCGGGGAGCAGUUGAAGCUGCGGCAACAGGUUAUUGCCACGGCAACCGUGU
...((((.((((((...)))))).)))).(((((((((....))))))))).........(((((.(((((...))))).)))))((((.(((((.......))))).))))........ ( -41.10)
>DroAna_CAF1 3336 120 - 1
AUUUGUUGGCGUUGAACGAGGAUGAGUACCAAAAGGUGUUCAUAUUCUUUGCGAAUGUGAUUCAGGUGCUGGGAGAGCAGUUGAAGCUGAGGCAGCAGGUCAUAGCCACGGCCACCGUAU
(((..((..((.....))..))..))).......((((.((((((((.....))))))))(((((.((((.....)))).)))))((((.(((...........))).)))))))).... ( -36.20)
>consensus
AUUUGCUGGCCCUCAGCGAGGAUGAGUAUCAAAAGAUAUUCAUAUUCUUUGCGAAUGUAAUUCAAGUGCUCGGAGAGCAGCUGAAACUGCGGCAACAGGUCAUUGCCACGGCAACCGUUU
((((((((.(......((((((((((((((....))))))))...)))))).........(((((.((((.....)))).))))).....).))))))))..((((....))))...... (-22.57 = -23.18 +   0.62)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:14:30 2006