Locus 3937

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 10,671,774 – 10,672,094
Length 320
Max. P 0.989125
window6305 window6306 window6307 window6308 window6309

overview

Window 5

Location 10,671,774 – 10,671,894
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 93.00
Mean single sequence MFE -48.02
Consensus MFE -39.22
Energy contribution -39.78
Covariance contribution 0.56
Combinations/Pair 1.11
Mean z-score -2.31
Structure conservation index 0.82
SVM decision value 2.02
SVM RNA-class probability 0.985691
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 10671774 120 + 27905053
CCCGUUACGGCGGCCUAUGUGUCAAAGGCACGGAAACGACGCCUUGAUGAGAUCGAGGCCAGGGACAUUAAUGCCGCUCGGCUGGGCUUCCAGCUCAGCCAGAUCAAGCACGAUCUGGAG
.((.....((((((....(((((.......((....))..((((((((...))))))))....)))))....)))))).((((((((.....))))))))(((((......))))))).. ( -53.10)
>DroSec_CAF1 13208 120 + 1
CCCGUUACGGCUGCCUAUGUGUCAAAGGCGCGGAAACGACGCCUUGAUGAGAUCGAGGCUAGGGACAUUAAUGCCGCUCGCCUGGGCUUCCAGCUCAGCCAGAUCAAGCACGAUCUGGAA
..((...((((.((((..((.(((((((((((....)).))))))..))).))..)))).............))))..)).((((((.....))))))(((((((......))))))).. ( -47.74)
>DroSim_CAF1 14754 120 + 1
CCCGUUACGGCUGCCUAUGUGUCUAAGGCGCGGAAACGACGCCUUGAUGAGAUCGAGGCUAGGGACAUUAAUGCCGCUCGCCUGGGCUUCCAGCUCAGCCAGAUCAAGCACGAUCUGGAA
..((...((((.....((((.((((....(((....)).)((((((((...)))))))))))).))))....))))..)).((((((.....))))))(((((((......))))))).. ( -47.80)
>DroEre_CAF1 10475 120 + 1
CCCGUUACGGCGGCCUAUGUGUCCAAGGCACGGAAACGACACCAUCAAGAGAUCGAGGCCAGGGACAUAAAUGCAGCUCGGCUGGGUUUCCAGCUCAGUCAGAUCAAGCACGAUCUGGAG
.((((....))))....(((((((..(((.((....))...(.(((....))).)..)))..)))))))......(((.((((((....)))))).)))((((((......))))))... ( -43.10)
>DroYak_CAF1 5134 120 + 1
CCCGUUACGGCGGCCUAUGUGUCCAAGGCACAGAAACGACGCCUUCAAGAAAUCGAGGCCAGGGACAUAAAUGCCGCUCGGCUGGGCUUCCAGCUCAGCCAGAUCAAGCACGAUCUGGAG
.((.....((((((...(((((((..(((...((..................))...)))..)))))))...)))))).((((((((.....))))))))(((((......))))))).. ( -48.37)
>consensus
CCCGUUACGGCGGCCUAUGUGUCAAAGGCACGGAAACGACGCCUUGAUGAGAUCGAGGCCAGGGACAUUAAUGCCGCUCGGCUGGGCUUCCAGCUCAGCCAGAUCAAGCACGAUCUGGAG
.......((((.((....((((((..(((.((....))....(((((.....))))))))..))))))....)).)).)).((((((.....))))))(((((((......))))))).. (-39.22 = -39.78 +   0.56)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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Window 6

Location 10,671,814 – 10,671,934
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 92.67
Mean single sequence MFE -45.52
Consensus MFE -37.10
Energy contribution -38.70
Covariance contribution 1.60
Combinations/Pair 1.07
Mean z-score -2.18
Structure conservation index 0.82
SVM decision value 1.77
SVM RNA-class probability 0.976665
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 10671814 120 + 27905053
GCCUUGAUGAGAUCGAGGCCAGGGACAUUAAUGCCGCUCGGCUGGGCUUCCAGCUCAGCCAGAUCAAGCACGAUCUGGAGUCCCGAGAUCAAGUCAUCACCAGUCUGCUAAUCCGCGAGC
((((((((...))))))))..(((((.........(((.((((((....)))))).)))((((((......))))))..)))))(((((...))).))....(..(((......)))..) ( -43.80)
>DroSec_CAF1 13248 120 + 1
GCCUUGAUGAGAUCGAGGCUAGGGACAUUAAUGCCGCUCGCCUGGGCUUCCAGCUCAGCCAGAUCAAGCACGAUCUGGAAUCCCGAGAUCAAUUGAUCACCAGUCUGCUGAUCCGCGAGC
((((((((...))))))))...((.((....))))((((((((((((.....))))))...(((((.(((.((.((((..(....)((((....)))).)))))))))))))).)))))) ( -46.50)
>DroSim_CAF1 14794 120 + 1
GCCUUGAUGAGAUCGAGGCUAGGGACAUUAAUGCCGCUCGCCUGGGCUUCCAGCUCAGCCAGAUCAAGCACGAUCUGGAAUCCCGAGAUCAAUUGAUCACCAGUCUGCUGAUCCGCGAGC
((((((((...))))))))...((.((....))))((((((((((((.....))))))...(((((.(((.((.((((..(....)((((....)))).)))))))))))))).)))))) ( -46.50)
>DroEre_CAF1 10515 120 + 1
ACCAUCAAGAGAUCGAGGCCAGGGACAUAAAUGCAGCUCGGCUGGGUUUCCAGCUCAGUCAGAUCAAGCACGAUCUGGAGUCCCGAGAUAAACUGAUCACCAGUCUGCUGAUCCGCGAGC
....((..(.(((((((((..(((((.........(((.((((((....)))))).)))((((((......))))))..)))))..(((......)))....))))..))))))..)).. ( -37.90)
>DroYak_CAF1 5174 120 + 1
GCCUUCAAGAAAUCGAGGCCAGGGACAUAAAUGCCGCUCGGCUGGGCUUCCAGCUCAGCCAGAUCAAGCACGAUCUGGAGUCCCGGGAUCAGCUGAUCACCAGUCUGCUGAUCCGCGAGC
(((((..(....).)))))..(((((.........(((.((((((....)))))).)))((((((......))))))..))))).((((((((.(((.....))).))))))))...... ( -52.90)
>consensus
GCCUUGAUGAGAUCGAGGCCAGGGACAUUAAUGCCGCUCGGCUGGGCUUCCAGCUCAGCCAGAUCAAGCACGAUCUGGAGUCCCGAGAUCAACUGAUCACCAGUCUGCUGAUCCGCGAGC
(((((((.....)))))))...((.((....))))((((((((((((.....)))))))).(((((.(((.((.((((..(....)((((....)))).))))))))))))))...)))) (-37.10 = -38.70 +   1.60)

alignment

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secondary structure

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dotplot

Postscript

Window 7

Location 10,671,814 – 10,671,934
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 92.67
Mean single sequence MFE -45.82
Consensus MFE -37.96
Energy contribution -39.28
Covariance contribution 1.32
Combinations/Pair 1.07
Mean z-score -1.45
Structure conservation index 0.83
SVM decision value 0.39
SVM RNA-class probability 0.717208
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 10671814 120 - 27905053
GCUCGCGGAUUAGCAGACUGGUGAUGACUUGAUCUCGGGACUCCAGAUCGUGCUUGAUCUGGCUGAGCUGGAAGCCCAGCCGAGCGGCAUUAAUGUCCCUGGCCUCGAUCUCAUCAAGGC
(((.((......))....((((((.((.((((.((.(((((..(((((((....)))))))((((.(((((....)))))....))))......))))).))..)))))))))))).))) ( -43.60)
>DroSec_CAF1 13248 120 - 1
GCUCGCGGAUCAGCAGACUGGUGAUCAAUUGAUCUCGGGAUUCCAGAUCGUGCUUGAUCUGGCUGAGCUGGAAGCCCAGGCGAGCGGCAUUAAUGUCCCUAGCCUCGAUCUCAUCAAGGC
((((((...(((((...((((.((((....)))))))).....(((((((....)))))))))))).((((....))))))))))((((....))))....((((.(((...))).)))) ( -48.00)
>DroSim_CAF1 14794 120 - 1
GCUCGCGGAUCAGCAGACUGGUGAUCAAUUGAUCUCGGGAUUCCAGAUCGUGCUUGAUCUGGCUGAGCUGGAAGCCCAGGCGAGCGGCAUUAAUGUCCCUAGCCUCGAUCUCAUCAAGGC
((((((...(((((...((((.((((....)))))))).....(((((((....)))))))))))).((((....))))))))))((((....))))....((((.(((...))).)))) ( -48.00)
>DroEre_CAF1 10515 120 - 1
GCUCGCGGAUCAGCAGACUGGUGAUCAGUUUAUCUCGGGACUCCAGAUCGUGCUUGAUCUGACUGAGCUGGAAACCCAGCCGAGCUGCAUUUAUGUCCCUGGCCUCGAUCUCUUGAUGGU
(((((((((((((((((((((.....(((((......))))))))).)).))).))))))).....(((((....))))))))))................(((((((....)))).))) ( -39.20)
>DroYak_CAF1 5174 120 - 1
GCUCGCGGAUCAGCAGACUGGUGAUCAGCUGAUCCCGGGACUCCAGAUCGUGCUUGAUCUGGCUGAGCUGGAAGCCCAGCCGAGCGGCAUUUAUGUCCCUGGCCUCGAUUUCUUGAAGGC
....(.((((((((.(((....).)).)))))))))(((((..(((((((....)))))))((((.(((((....)))))....))))......)))))..(((((((....))).)))) ( -50.30)
>consensus
GCUCGCGGAUCAGCAGACUGGUGAUCAAUUGAUCUCGGGACUCCAGAUCGUGCUUGAUCUGGCUGAGCUGGAAGCCCAGCCGAGCGGCAUUAAUGUCCCUGGCCUCGAUCUCAUCAAGGC
(((((....(((((...((((.((((....)))))))).....(((((((....))))))))))))(((((....))))))))))((((....))))....((((.((.....)).)))) (-37.96 = -39.28 +   1.32)

alignment

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secondary structure

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dotplot

Postscript

Window 8

Location 10,671,854 – 10,671,974
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 93.42
Mean single sequence MFE -44.82
Consensus MFE -38.86
Energy contribution -38.90
Covariance contribution 0.04
Combinations/Pair 1.12
Mean z-score -1.71
Structure conservation index 0.87
SVM decision value 1.53
SVM RNA-class probability 0.961466
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 10671854 120 + 27905053
GCUGGGCUUCCAGCUCAGCCAGAUCAAGCACGAUCUGGAGUCCCGAGAUCAAGUCAUCACCAGUCUGCUAAUCCGCGAGCACAAGGCCAAGGAGAACGCGAAGGCCUUGGAACAGGCUAG
(((((((.....)))))))((((((......))))))..............((((.......(..(((......)))..).(((((((..............))))))).....)))).. ( -38.64)
>DroSec_CAF1 13288 120 + 1
CCUGGGCUUCCAGCUCAGCCAGAUCAAGCACGAUCUGGAAUCCCGAGAUCAAUUGAUCACCAGUCUGCUGAUCCGCGAGCACAAGGCCAAGGAGAACGCGAAGGCCUUGGAACAGGCCAG
.((((.(((((.((((.((..(((((.(((.((.((((..(....)((((....)))).)))))))))))))).))))))..((((((..............)))))))))..)).)))) ( -44.34)
>DroSim_CAF1 14834 120 + 1
CCUGGGCUUCCAGCUCAGCCAGAUCAAGCACGAUCUGGAAUCCCGAGAUCAAUUGAUCACCAGUCUGCUGAUCCGCGAGCACAAGGCCAAGGAGAACGCGAAGGCCUUGGAACAGGCCAG
.((((.(((((.((((.((..(((((.(((.((.((((..(....)((((....)))).)))))))))))))).))))))..((((((..............)))))))))..)).)))) ( -44.34)
>DroEre_CAF1 10555 120 + 1
GCUGGGUUUCCAGCUCAGUCAGAUCAAGCACGAUCUGGAGUCCCGAGAUAAACUGAUCACCAGUCUGCUGAUCCGCGAGCACAAGGCCAAGGAGAACGCGAUGGCCUUGGAGCAGGCGAG
(((((....)))))(((((((((((......))))))..(((....)))..)))))......(((((((....(....)..((((((((..(......)..)))))))).)))))))... ( -43.80)
>DroYak_CAF1 5214 120 + 1
GCUGGGCUUCCAGCUCAGCCAGAUCAAGCACGAUCUGGAGUCCCGGGAUCAGCUGAUCACCAGUCUGCUGAUCCGCGAGCAGAAGGCCAAGGAGAACGCGCUGGCUUUGGAGCAGGCCAG
(((((.((((..((((..(((((((......))))))).......((((((((.(((.....))).))))))))..)))).)))).))).(.....))).(((((((......))))))) ( -53.00)
>consensus
GCUGGGCUUCCAGCUCAGCCAGAUCAAGCACGAUCUGGAGUCCCGAGAUCAACUGAUCACCAGUCUGCUGAUCCGCGAGCACAAGGCCAAGGAGAACGCGAAGGCCUUGGAACAGGCCAG
.((((.(((((.((((.((..(((((.(((.((.((((..(....)((((....)))).)))))))))))))).))))))..((((((..............)))))))))..)).)))) (-38.86 = -38.90 +   0.04)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 9

Location 10,671,974 – 10,672,094
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 95.50
Mean single sequence MFE -42.55
Consensus MFE -37.05
Energy contribution -37.89
Covariance contribution 0.84
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -2.01
Structure conservation index 0.87
SVM decision value 2.15
SVM RNA-class probability 0.989125
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 10671974 120 - 27905053
CACAUGGGAUCCUUGGGCAUGACCAGGGCAUCCUGCACACCCUUAUCUCGGAAGAACUUCUGCUCUUCCCGCUGGCUGAGGAGCUGUUCGCGAAUCUCCUGCUUCUUGGCCAUUUUGGUU
.....(((((((((((......)))))).)))))....(((........((((((.(....).))))))...((((..((((((................))))))..))))....))). ( -43.29)
>DroSec_CAF1 13408 120 - 1
CACAUGGGAUCCUUGGGCAUGACCAGGGCAUCCUGCACUCCUUUAUCUCGGAAGAACUUCUGCUCUUCCCGCUGGCUGAGGAGCUGUUCGCGAAUCUCCUGCUUCUUGGCCAUUUUGGUU
.....(((((((((((......)))))).))))).....((........((((((.(....).))))))...((((..((((((................))))))..))))....)).. ( -42.29)
>DroSim_CAF1 14954 120 - 1
CACAUGGGAUCCUUGGGCAUGAGCAGGGCAUCCUGCACACCCUUAUCUCGGAAGAACUUCUGCUCUUCCCGCUGGCUGAGGAGCUGUUCGCGAAUCUCCUGCUUCUUGGCCAUUUUGGUU
.....(((((....(((..((.(((((....))))).)))))..)))))((((((.(....).))))))...((((..((((((................))))))..))))........ ( -42.69)
>DroEre_CAF1 10675 120 - 1
CACAUGGGAUCCUUUGGCAUGACCAGGGCAUCCUGCACUCCCUUAUCGCGGAAGAACUUCUGCUCUUCCCGCUGGCUGAGCAGCUGUUCGCGGAUCUCCUGCUUCUUGGCCAUUUUGGUU
..........((..((((..((.(((((.((((.((..(((........))).((((..((((((..((....))..))))))..)))))))))).)))))..))...))))....)).. ( -41.70)
>DroYak_CAF1 5334 120 - 1
CACAUGGGAUCCUUGGGCAUGACCAGGGCAUCCUUCACUGCCUUGUCUCGGAAGAACUUCUGCUCCUCCCGCUGGCUGAGCAGCUGUUCGCGGAUCUCCUGCUUCUUGGCCAUCUUGGUU
.....(((((((((((......)))))).))))).....(((.((.((.((((((((..((((((..((....))..))))))..))))((((.....)))))))).)).))....))). ( -42.80)
>consensus
CACAUGGGAUCCUUGGGCAUGACCAGGGCAUCCUGCACUCCCUUAUCUCGGAAGAACUUCUGCUCUUCCCGCUGGCUGAGGAGCUGUUCGCGAAUCUCCUGCUUCUUGGCCAUUUUGGUU
.....(((((((((((......)))))).)))))......((.......((((((.(....).))))))...((((..((((((................))))))..))))....)).. (-37.05 = -37.89 +   0.84)

alignment

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