Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 10,666,608 – 10,666,718 |
Length | 110 |
Max. P | 0.792342 |
Location | 10,666,608 – 10,666,718 |
---|---|
Length | 110 |
Sequences | 4 |
Columns | 112 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 96.85 |
Mean single sequence MFE | -38.60 |
Consensus MFE | -34.94 |
Energy contribution | -35.50 |
Covariance contribution | 0.56 |
Combinations/Pair | 1.03 |
Mean z-score | -1.95 |
Structure conservation index | 0.91 |
SVM decision value | 0.59 |
SVM RNA-class probability | 0.792342 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 10666608 110 - 27905053 UGGGUCAGGUUGGCUGUCUGUUGGCCAAAACUGUUGCCCGAUUGAAAAUUGGCCUCAACAGGUGCA--GCUCAGCGCUCAAUUAUGGUUGACAGGGGCCAGAUAAUUUAGUG (((((....((((((.(((((..((((...((((((.(((((.....)))))...))))))((((.--.....)))).......))))..)))))))))))...)))))... ( -38.50) >DroSec_CAF1 8227 110 - 1 UGGGUCAGGUUGGCUGUCUGUUGGCCAAAACUGUUGCCCGAUUGAAAAUUGGCCUCAACAGGUGCA--GCUCAGCGCUCAAUUAUGGUUGACAGGGGCCAGAUAAUUUACUG ..(((.((.((((((.(((((..((((...((((((.(((((.....)))))...))))))((((.--.....)))).......))))..)))))))))))....)).))). ( -39.10) >DroSim_CAF1 8340 110 - 1 UGGGUCAGGUUGGCUGUCUGUUGGCCAAAACUGUUGCCCGAUUGAAAAUUGGCCUCAACAGGUGCA--GCUCAGCGCUCAAUUAUGGUUGACAGGGGCCAGAUAAUUUACUG ..(((.((.((((((.(((((..((((...((((((.(((((.....)))))...))))))((((.--.....)))).......))))..)))))))))))....)).))). ( -39.10) >DroEre_CAF1 5137 112 - 1 UGGGUCAGGUUAGCUGCCUGUUGGCCAAAACUGCUGCCAGAUUGAAAAUUGGCCUCAACAGGUGCAGAGCUCAGCGCUCAAUUAUGGUUGACAGGGGCCAGAUAAUUUACUG ..((((..((((((((((((((((((((..(((....)))..(....)))))))..)))))))...((((.....))))......)))))))...))))............. ( -37.70) >consensus UGGGUCAGGUUGGCUGUCUGUUGGCCAAAACUGUUGCCCGAUUGAAAAUUGGCCUCAACAGGUGCA__GCUCAGCGCUCAAUUAUGGUUGACAGGGGCCAGAUAAUUUACUG .........((((((.(((((..((((...((((((.(((((.....)))))...))))))((((........)))).......))))..)))))))))))........... (-34.94 = -35.50 + 0.56)
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