Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 10,654,387 – 10,654,482 |
Length | 95 |
Max. P | 0.582757 |
Location | 10,654,387 – 10,654,482 |
---|---|
Length | 95 |
Sequences | 6 |
Columns | 114 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 80.42 |
Mean single sequence MFE | -37.48 |
Consensus MFE | -25.34 |
Energy contribution | -25.20 |
Covariance contribution | -0.14 |
Combinations/Pair | 1.23 |
Mean z-score | -1.34 |
Structure conservation index | 0.68 |
SVM decision value | 0.10 |
SVM RNA-class probability | 0.582757 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 10654387 95 + 27905053 GGCUGGGUCCAUCGUGGUAGUCAUCAUGUGGCAUUCAUAA-----UUAUCCACCAGCUGCAGCAGACGCAGCCAAAUUUGGUG----UCAUGCGUGUUGACAGG---------- ((.((((((((.((((((....))))))))).........-----..)))))))..(((((((..(((((((((....)))).----...))))))))).))).---------- ( -27.80) >DroPse_CAF1 3022 112 + 1 GGUUGGGCUCAUCGCCGUCAUCGCCAU--GGCUGCCAUGACGCUGUUAUCCAGCUGCUGCAGCAGACGCAGCCAAAUUUGGUGUGCGUCAUCCGUGUUGACAGUCGAUUGGCUC ....(((((.(((((.((((.(((...--.(((((...(..((((.....))))..).))))).((((((((((....)))).))))))....))).)))).).)))).))))) ( -45.60) >DroSec_CAF1 3423 99 + 1 GGCUGGGUCCAUCGUGGUAAUCAUCAUGUGGCAUUCAUAA-----UUAUCCAGCAGCUGCAGCAGACGCGGCCAAAUUUGGUGUGCGUCAUGCGUGUUGACAGG---------- .((((((((((.((((((....))))))))).........-----..)))))))..((((((((((((((((((....)))).)))))).....))))).))).---------- ( -35.50) >DroEre_CAF1 3356 98 + 1 GGCUGGGC-CAUCGCAGCCGUCAUCAUGUGGCAUUCAUAA-----UUAUCCAGCAGCUGCAGCAGACGCGGCCAAAUUUGGUGUGCGUCAUGCGUGUUGACAGG---------- (((((.(.-...).)))))((((.((((..((........-----..........))..).(((((((((((((....)))).)))))).)))))).))))...---------- ( -36.97) >DroYak_CAF1 3425 99 + 1 GGCUGGGCCCAUCGUAGCCAUCAUCGUGUGGCAUUCAUAA-----UUAUCCAGCAGCUGCAGCAGACGCGGCCAAAUUUGGUGUGCGUCAUGCGUGUUGACAGG---------- .(((((((.....)).(((((......)))))........-----....)))))..((((((((((((((((((....)))).)))))).....))))).))).---------- ( -33.70) >DroPer_CAF1 3012 111 + 1 GGUUGGGCUCAUCGCCGUCAUCGCCAU--GGCUGCCAUGACGCUGUUAUCCAGCUGCUGCAGCAGACGCAGCCAAAUUUGGUGUGCGUCAUCCGUGUUGACAGUCGAUUGGC-C .....((((.(((((.((((.(((...--.(((((...(..((((.....))))..).))))).((((((((((....)))).))))))....))).)))).).)))).)))-) ( -45.30) >consensus GGCUGGGCCCAUCGCAGUCAUCAUCAUGUGGCAUUCAUAA_____UUAUCCAGCAGCUGCAGCAGACGCAGCCAAAUUUGGUGUGCGUCAUGCGUGUUGACAGG__________ .(((((((((((.((.......)).))).)))....((((.....)))))))))..((((((((((((((((((....)))).)))))).....))))).)))........... (-25.34 = -25.20 + -0.14)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:13:08 2006