Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 1,463,759 – 1,463,879 |
Length | 120 |
Max. P | 0.816049 |
Location | 1,463,759 – 1,463,879 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 94.00 |
Mean single sequence MFE | -48.12 |
Consensus MFE | -44.82 |
Energy contribution | -44.98 |
Covariance contribution | 0.16 |
Combinations/Pair | 1.08 |
Mean z-score | -1.24 |
Structure conservation index | 0.93 |
SVM decision value | 0.66 |
SVM RNA-class probability | 0.816049 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 1463759 120 + 27905053 AGGGCGCAGCUGUGCUCUUGCUGGAAGAACUGGAGCACGCCCGCGCUCGGGGAGCUCCCAUUCUAGCUGAGAUUCUGGGCUACGGCUUGUCCGGCGAUGCCUAUCACAUAACGUCGCCCA .(((((.((((((((((..(((((((.....(((((.(.((((....))))).)))))..))))))).........)))).)))))))))))(((((((............))))))).. ( -53.00) >DroSec_CAF1 36270 120 + 1 AGGGCGCAGCUGUGCUCUUGCUAGAGGAACUGGAGCACGCCCGCGCUCGGGGAGCUCCUAUUCUAGCCGAGAUUCUGGGCUACGGCUUGUCCGGAGAUGCCUAUCACAUAACGUCGCCCA .((((((...(((((((..(((((((.....(((((.(.((((....))))).)))))..))))))).))).((((((((........))))))))........))))....).))))). ( -50.70) >DroSim_CAF1 34554 120 + 1 AGGGCGCAGCUGUGCUCUUGCUAGAGGAACUGGAGCACGCCCGCGCUCGGGGAGCUCCCAUUCUAGCCGAGAUUCUGGGCUACGGCUUGUCCGGAGAUGCCUACCACAUAACGUCGCCCA .((((((...(((((((..(((((((.....(((((.(.((((....))))).)))))..))))))).))).((((((((........))))))))........))))....).))))). ( -50.20) >DroEre_CAF1 38166 120 + 1 AGGGCGCAGCUGUGCUCCUGCUGGAAGAACUGGAGCACGCCCGCGCUCGGGGAGCUCCUAUUCUAGCCGAGAUUCUGGGCUACGGAUUGUCCGGCGAUGCCUACCACAUAACCUCGCCAA ..((((.((.(((((((..(((((((.....(((((.(.((((....))))).)))))..))))))).)))....(((((..(((.....))).....))))).))))....)))))).. ( -47.30) >DroYak_CAF1 36542 120 + 1 AGGGCGCAGCUGUCCUUUUGCUGGAAGAACUAGAGCACGCCCGCGCUCGGGGAGCUCCUAUUCUAGCCGAGAUUCUGGGCUACGGAUUAUCCGGCGAUGCCUAUCACAUAACCUCGCCAA ..((((.((..........((((((.......((((.(.((((....))))).))))..(((((((((.((...)).))))).))))..))))))(((....))).......)))))).. ( -39.40) >consensus AGGGCGCAGCUGUGCUCUUGCUGGAAGAACUGGAGCACGCCCGCGCUCGGGGAGCUCCUAUUCUAGCCGAGAUUCUGGGCUACGGCUUGUCCGGCGAUGCCUAUCACAUAACGUCGCCCA .(((((..(.(((((((..(((((((.....(((((.(.((((....))))).)))))..))))))).)))....(((((..(((.....))).....)))))...)))).)..))))). (-44.82 = -44.98 + 0.16)
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