Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 10,464,008 – 10,464,128 |
Length | 120 |
Max. P | 0.500000 |
Location | 10,464,008 – 10,464,128 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 79.00 |
Mean single sequence MFE | -40.12 |
Consensus MFE | -19.10 |
Energy contribution | -19.05 |
Covariance contribution | -0.05 |
Combinations/Pair | 1.42 |
Mean z-score | -2.05 |
Structure conservation index | 0.48 |
SVM decision value | -0.06 |
SVM RNA-class probability | 0.500000 |
Prediction | OTHER |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 10464008 120 - 27905053 GCUGGCCACCACAAUUUCCCCUGUUUGCGGAUCCAGAUGCAUUAGUGAUCGGUACGUGGGAUUUCCUUCCAGGGCAUAGGUUAUGGUGCGAUUCUUGUCCACAUCUGAGGCCAGCACAUU (((((((.((.(((..........))).))...(((((((((((.(((((.((.(.(((((.....))))).)))...)))))))))))(((....)))...))))).)))))))..... ( -40.80) >DroVir_CAF1 7961 120 - 1 GUUGGCCACCACGAUUUCGCCUGUUUGUGCAUCCAAGUGCACCAGAUUGCGGUAGAUGGGAUUGCCCUCCAGUGCAUAGGUAAUGGUGCGGUUCUUGUCCACAUCGUAGGCCAGCACAUU (((((((.........((((..((((((((((....))))).))))).))))..((((((((.((((.(((.(((....))).))).).)))....)))).))))...)))))))..... ( -46.50) >DroGri_CAF1 15305 120 - 1 GUUGGCCACGACAAUUUCACCGGUUUGUGCAUCCAAAUGAACUAGAUUCCGAUAGGUAGGAUUACCCUCCAUUGCAUAGCUAAUUGUGCGAUUCUUGUCCACAUCAUAGGCCAGCACAUU (((((((..............((((..(........)..)))).(((...((((((..(((......)))(((((((((....))))))))).))))))...)))...)))))))..... ( -33.70) >DroWil_CAF1 10639 120 - 1 AUUGGCCACGACAAUUUCCCCUGUUUGGGCAUCCAAAUGAAUGAGAUUACGAUAUAUCGGAUUAACCUCUAGGGUAUAGGUUAUAGUGCGAUUUUUAUCCAAAUCGUAGGCCAAUACAUU (((((((((((.((((((...(((((((....)))))))...))))))..((((.((((.((((((((.........))))))..)).))))...))))....)))).)))))))..... ( -34.40) >DroMoj_CAF1 17525 120 - 1 AUUGGCCACCACGAUCUCGCCAGUCUGUGCAUCCAAGUGGACCAGACUGCGAUAGAUGGGAUUACCCUCCAGGGCGUAGCUAACGGUGCGAUUCUUGUCCACAUCAUAGGCCAGCACGUU .((((((.........((((.((((((.(..(((....))))))))))))))..((((((((..(((....)))((((.(....).))))......)))).))))...))))))...... ( -44.90) >DroAna_CAF1 9490 120 - 1 ACUGGCGACCACGAUCUCCCCCGUUUGGGGAUCUAAAUGCAUCAGGGAUCGGAAGAUGGGAUUCCCCUCGAGCGCAUAGGUGAUCGUGCGAUUCUUGUCCACAUCGGAGGCCAAAACAUU ..((((..((((((((..((((....))))(((((..(((.(((((((((....))).......)))).)))))..)))))))))))).).......(((.....))).))))....... ( -40.41) >consensus AUUGGCCACCACAAUUUCCCCUGUUUGUGCAUCCAAAUGCACCAGAUUGCGAUAGAUGGGAUUACCCUCCAGGGCAUAGGUAAUGGUGCGAUUCUUGUCCACAUCGUAGGCCAGCACAUU (((((((..........(((......))).........................((((((((.....((....((((........)))))).....)))).))))...)))))))..... (-19.10 = -19.05 + -0.05)
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