Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 10,441,732 – 10,441,934 |
Length | 202 |
Max. P | 0.909835 |
Location | 10,441,732 – 10,441,822 |
---|---|
Length | 90 |
Sequences | 6 |
Columns | 103 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 76.35 |
Mean single sequence MFE | -35.20 |
Consensus MFE | -18.71 |
Energy contribution | -18.88 |
Covariance contribution | 0.17 |
Combinations/Pair | 1.38 |
Mean z-score | -1.70 |
Structure conservation index | 0.53 |
SVM decision value | 0.15 |
SVM RNA-class probability | 0.608113 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 10441732 90 - 27905053 AUGCGGAAGUGGGCAGACCGGAAGCGGAAGCUGCGGC---UGCGGCAGCAGCUCCGUUCAUUAUGUUUAUGUUGUUAGCUGUGGCCAUCA-----GGG----- ..((....))..((((.(((..(((....))).))))---)))(((.((((((.....(((.......))).....)))))).)))....-----...----- ( -36.00) >DroVir_CAF1 80 90 - 1 AGGCGGAUGUGGGCAGCGUGGCGGCUGCUGCGGCAGCUGCAACAGCCGCGGCGCCAUUCAUAAUAUUUAUAUUAUUUGCCGUGUUCAU--------GG----- .((((((((((((..((((.(((((((.(((((...))))).))))))).))))..)))))((((....)))))))))))........--------..----- ( -39.50) >DroPse_CAF1 175 100 - 1 AAGCGGAAGUUGGCAGAGUGGACGCCGAUGCAGCUGC---AGCAGCGGCGGCUCCGUUCAUUAUGUUUAUGUUAUUUGCUGUGGCCAACGUUGUGGGGCAGCC .(((....)))((((.((((((((..((.((.(((((---....))))).)))))))))))).))))..........(((((..(((......))).))))). ( -33.20) >DroSim_CAF1 6872 90 - 1 AAGCGGAAGUGGGCAGACCGGAAGCGGAAGCUGCGGC---UGCAGCGGCAGCUCCGUUCAUUAUGUUUAUGUUGUUAGCUGUGGCCAUUA-----GGG----- ..((....))..((((.(((....)))...))))(((---..((((((((((..(((.....))).....)))))).))))..)))....-----...----- ( -34.80) >DroEre_CAF1 155 90 - 1 AAGCGGAAGUGGGCAGACCGGAAGCGGAAGCUGCGGC---UGCGGCGGCAGCCCCGUUCAUUAUGUUUAUGUUGUUAGCUGUGGCCAUCA-----GGG----- ..((....))..((((.(((..(((....))).))))---)))(((.(((((......(((.......)))......))))).)))....-----...----- ( -36.60) >DroAna_CAF1 131 87 - 1 AAGCGGAAGUGGGUAGACCGGAAACGGAAGCAGCGGC---CGCAGCAGCAGCUUCGUUCAUUAUGCUUAUGUUGUUUGUGGCGGCCAU--------GG----- ..((....)).......(((....)))...((..(((---(((.((((((((...((.......))....)))).)))).)))))).)--------).----- ( -31.10) >consensus AAGCGGAAGUGGGCAGACCGGAAGCGGAAGCUGCGGC___UGCAGCGGCAGCUCCGUUCAUUAUGUUUAUGUUGUUAGCUGUGGCCAUCA_____GGG_____ .(((..(.(((((((((.((((.((....(((((.((....)).))))).)))))).))....)))))))....)..)))....................... (-18.71 = -18.88 + 0.17)
Location | 10,441,822 – 10,441,934 |
---|---|
Length | 112 |
Sequences | 6 |
Columns | 117 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 76.98 |
Mean single sequence MFE | -35.70 |
Consensus MFE | -27.70 |
Energy contribution | -27.82 |
Covariance contribution | 0.11 |
Combinations/Pair | 1.27 |
Mean z-score | -1.43 |
Structure conservation index | 0.78 |
SVM decision value | 1.07 |
SVM RNA-class probability | 0.909835 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 10441822 112 - 27905053 AGGACUUGGUGAACCUA-A--AAUG--UUUUUACCUCGGCUAGAAACUCAGUGGGCGCGGAUACGCUCUCGUCGGCAUCUGUGUACUCGGACAGGCUUUGGCUGAGGUCCUCGCUGG (((((..((....))..-.--....--.......((((((((((..((..(.(..(((((((..(((......))))))))))..).)....))..)))))))))))))))...... ( -36.00) >DroPse_CAF1 275 99 - 1 -------------UCUGUA--UAUG--C-AUUACCUCAGCGAGAAACUCAGUGGGGGCGGAUAUACUCUCGUCCGCAUCUGUGUACUCGGACAGGCUCUGGCUGAGGUCCUCGCUGG -------------......--....--.-.......(((((((...((((((.(((((((((........))))....((((........))))))))).))))))...))))))). ( -39.50) >DroGri_CAF1 173 112 - 1 UAUAUUUGUA---UAUAUAUUUAUG--GAUUUACCUCGGCGAGAAAUUCAGUGGGUGCUGAUAUGCUCUCAUCGGCAUCUGUAUACUCGGACAGGCUCUGGCUGAGAUCUUCGCUGG ...(((..((---........))..--)))......((((((((......(..(((((((((........)))))))))..)...(((((.(((...))).))))).)).)))))). ( -32.70) >DroWil_CAF1 13161 112 - 1 GAGAUUUGAU---UGUAUA--UAUUAAGUCUUACCUCUGCGAGAAAUUCUGUGGGUGCCGAUAUGCUUUCAUCGGCAUCUGUGUACUCGGACAGGCUUUGGCUGAGAUCCUCACUGG ((((((((((---......--.)))))))))).((...(.(((.......(..(((((((((........)))))))))..)...(((((.(((...))).)))))...))).).)) ( -32.90) >DroMoj_CAF1 188 88 - 1 -----------------------------CUUACCUCGGCGAGAAACUCUGUGGGCGCUGAUAUGCUCUCAUCGGCAUCUGUGUACUCGGAGAGGCUCUGGCUGAGGUCCUCGCUGG -----------------------------...((((((((.(((..((((.((((..(....(((((......)))))....)..)))).))))..))).))))))))......... ( -37.20) >DroPer_CAF1 62 99 - 1 -------------UCUGUA--UAUG--C-AUUACCUCAGCGAGAAACUCAGUGGGGGCGGAUAUACUCUCGUCAGCAUCUGUGUACUCGGACAGGCUCUGGCUGAGGUCCUCGCUGG -------------......--....--.-.......(((((((...((((((.(((((.(((........))).....((((........))))))))).))))))...))))))). ( -35.90) >consensus _____________UCUAUA__UAUG__C_AUUACCUCGGCGAGAAACUCAGUGGGCGCGGAUAUGCUCUCAUCGGCAUCUGUGUACUCGGACAGGCUCUGGCUGAGGUCCUCGCUGG ....................................(((((((...((((((.((.((((((........)))))).(((((........)))))..)).))))))...))))))). (-27.70 = -27.82 + 0.11)
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