Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 10,239,870 – 10,240,056 |
Length | 186 |
Max. P | 0.998991 |
Location | 10,239,870 – 10,239,964 |
---|---|
Length | 94 |
Sequences | 6 |
Columns | 99 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 77.46 |
Mean single sequence MFE | -29.05 |
Consensus MFE | -15.08 |
Energy contribution | -15.81 |
Covariance contribution | 0.73 |
Combinations/Pair | 1.28 |
Mean z-score | -2.04 |
Structure conservation index | 0.52 |
SVM decision value | 0.61 |
SVM RNA-class probability | 0.798264 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 10239870 94 + 27905053 GGGCACGCACUUGU--GCCCUCGAUACAAAUGGCCGAUUUUGUUGCCUUUGAUUUAUGCUGCCGUUGGUAGCUCAUAAAUCAUGGCCCUCAGCUCC--- (((((((....)))--)))).....(((((........))))).(((..((((((((((((((...))))))..)))))))).)))..........--- ( -31.50) >DroPse_CAF1 105753 90 + 1 AGGCACGCACUUGU--GCCCUCGAUA----AGGUUGAU---GUUGUCUUUGAUUUAUGCUGUCUUUGGUAGCUUAUAAAUCAUUGCCCGCAGAGACUGA .((((((....)))--))).......----.((((..(---((.(.(..(((((((((((..(...)..)))..))))))))..).).)))..)))).. ( -25.10) >DroEre_CAF1 98614 93 + 1 GAACACGCACUUGU--GCCCUCGAUGCAA-AGGCCGAUUUGGCUGCCUUUGAUUUAUGCUGCCGUUGGUGGCUCAUAAAUCAUGGCCCUCAGUUCC--- ((((..(((.(((.--.....))))))..-.((((.....))))(((..(((((((((..((((....)))).))))))))).))).....)))).--- ( -30.40) >DroWil_CAF1 111265 88 + 1 AGGCACGCACUUGUGUGUCCUCGAUA----AGGUUGAU---GUUGUCUUUGAUUUAUGCCACUGCUAG-AGCUGAUAAAUCAUUAACCCCAAAAUG--- .(((((((....))))))).......----.(((((((---((((((.....((((.((....)))))-)...)))))..))))))))........--- ( -22.60) >DroYak_CAF1 104022 94 + 1 GGGCACGCACUUGU--GCCCUCGAUACAAAAGGCCGAUUUUGCUGGCUUUGAUUUAUGCUGCCGUUGGUAGCUCAUAAAUCAUGGCCCUCAGUUCC--- (((((((....)))--))))...............((..(((..((((.((((((((((((((...))))))..)))))))).))))..))).)).--- ( -34.00) >DroAna_CAF1 88896 88 + 1 GGGCACGCACUUGU--GGCCUCGA---AAAAGGCCGAUCUUG---UCUCUGAUUUAUGCUGCCGUUGGUAGCUCAUAAAUCUCGGCCCUCAGACCC--- ((((..(((....(--(((((...---...))))))....))---)....(((((((((((((...))))))..)))))))...))))........--- ( -30.70) >consensus GGGCACGCACUUGU__GCCCUCGAUA_AA_AGGCCGAUUUUGUUGUCUUUGAUUUAUGCUGCCGUUGGUAGCUCAUAAAUCAUGGCCCUCAGAUCC___ ((((..((....))..))))...........(((((.............((((((((((((((...))))))..)))))))))))))............ (-15.08 = -15.81 + 0.73)
Location | 10,239,905 – 10,240,000 |
---|---|
Length | 95 |
Sequences | 6 |
Columns | 98 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 80.95 |
Mean single sequence MFE | -23.38 |
Consensus MFE | -14.32 |
Energy contribution | -15.02 |
Covariance contribution | 0.69 |
Combinations/Pair | 1.05 |
Mean z-score | -1.84 |
Structure conservation index | 0.61 |
SVM decision value | 0.25 |
SVM RNA-class probability | 0.654520 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 10239905 95 - 27905053 AAUACACUCAUUCGGUCAAUCAGUCAGUGAGACAGU---GGAGCUGAGGGCCAUGAUUUAUGAGCUACCAACGGCAGCAUAAAUCAAAGGCAACAAAA .............((((..(((((((.((...)).)---)..))))).)))).(((((((((.(((......)))..)))))))))..(....).... ( -23.50) >DroPse_CAF1 105784 85 - 1 GAUACACUC-UUCAGUCCAUCAGUCAG---------UCAGUCUCUGCGGGCAAUGAUUUAUAAGCUACCAAAGACAGCAUAAAUCAAAGACAAC---A (((..(((.-...)))..))).....(---------((.((((....))))..((((((((..(((.........)))))))))))..)))...---. ( -14.00) >DroSim_CAF1 96244 95 - 1 AAUACACUCAUUCGGUCAAUCAGUCAGUGAGACAGU---GGAGCUGAGGGCCAUGAUUUAUGAGCUACCAACGGCAGCAUAAAUCAAAGGCAACAAAA .............((((..(((((((.((...)).)---)..))))).)))).(((((((((.(((......)))..)))))))))..(....).... ( -23.50) >DroEre_CAF1 98648 85 - 1 ----------UUCGGUCAAUCAGUCAGUGAGACAGU---GGAACUGAGGGCCAUGAUUUAUGAGCCACCAACGGCAGCAUAAAUCAAAGGCAGCCAAA ----------...(((...(((((((.((...)).)---)..)))))..(((.(((((((((.(((......)))..)))))))))..))).)))... ( -25.90) >DroYak_CAF1 104057 95 - 1 AAUACACUCAUUCGGUCAAUCAGUCAGUGCGACAGU---GGAACUGAGGGCCAUGAUUUAUGAGCUACCAACGGCAGCAUAAAUCAAAGCCAGCAAAA ..........(((((((...(.(((.....))).).---.).))))))(((..(((((((((.(((......)))..)))))))))..)))....... ( -23.50) >DroAna_CAF1 88928 91 - 1 -ACACUCUCUUUCGGUCAAUCAGUCAGCGAGACAGU---GGGUCUGAGGGCCGAGAUUUAUGAGCUACCAACGGCAGCAUAAAUCAGAGA---CAAGA -....(((((.((((((..((((.(.((......))---..).)))).))))))((((((((.(((......)))..)))))))))))))---..... ( -29.90) >consensus AAUACACUCAUUCGGUCAAUCAGUCAGUGAGACAGU___GGAACUGAGGGCCAUGAUUUAUGAGCUACCAACGGCAGCAUAAAUCAAAGGCAACAAAA .............((((..((((....................)))).)))).(((((((((.(((......)))..)))))))))............ (-14.32 = -15.02 + 0.69)
Location | 10,239,964 – 10,240,056 |
---|---|
Length | 92 |
Sequences | 5 |
Columns | 92 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 90.33 |
Mean single sequence MFE | -31.38 |
Consensus MFE | -27.04 |
Energy contribution | -29.04 |
Covariance contribution | 2.00 |
Combinations/Pair | 1.00 |
Mean z-score | -2.64 |
Structure conservation index | 0.86 |
SVM decision value | 3.32 |
SVM RNA-class probability | 0.998991 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 10239964 92 + 27905053 ACUGUCUCACUGACUGAUUGACCGAAUGAGUGUAUUGCUCAGCUGGCAACUGGCAAGUCGGCCACAUUCUUUGGCUUAAUUAGUGCAGUGGG .....(((((((((((((((((((((.((((((.(((((.....)))))..(((......)))))))))))))).))))))))).))))))) ( -37.50) >DroSec_CAF1 97839 92 + 1 ACUGUCUCACUGACUGAUUGACCGAAUGAGUGUAUUGCUCAGCUGGCAACUGGCAAGUCGGCCACAUUCUUUGGCUUAAUUAGUGCAUUGGG .....((((.((((((((((((((((.((((((.(((((.....)))))..(((......)))))))))))))).))))))))).)).)))) ( -31.50) >DroSim_CAF1 96303 92 + 1 ACUGUCUCACUGACUGAUUGACCGAAUGAGUGUAUUGUUCAGCUGGCAACUGGCAAGUCGGCCACAUUCUUUGGCUUAAUUAGUGCAUUGGG .....((((.((((((((((((((((.((((((.(((((.....)))))..(((......)))))))))))))).))))))))).)).)))) ( -29.00) >DroEre_CAF1 98707 76 + 1 ACUGUCUCACUGACUGAUUGACCGAA----------------CUGGCAACUGGCAAGUCGGCCGCAUUCUUUGGCUUAAUUAGUGCAGUGGG .....(((((((((((((((((((((----------------...((..((((....))))..))....))))).))))))))).))))))) ( -27.50) >DroYak_CAF1 104116 91 + 1 ACUGUCGCACUGACUGAUUGACCGAAUGAGUGUAUUGCUCAGCUGGCAACUGG-AAGUCGACCACAUUCUUUGGCUUAAUUAGUGCAGUGGG .....(.(((((((((((((((((((.((((((.(((((.....)))))..((-.......))))))))))))).))))))))).))))).) ( -31.40) >consensus ACUGUCUCACUGACUGAUUGACCGAAUGAGUGUAUUGCUCAGCUGGCAACUGGCAAGUCGGCCACAUUCUUUGGCUUAAUUAGUGCAGUGGG .....(((((((((((((((((((((.((((((...........(....).(((......)))))))))))))).))))))))).))))))) (-27.04 = -29.04 + 2.00)
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