Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 10,136,253 – 10,136,348 |
Length | 95 |
Max. P | 0.604692 |
Location | 10,136,253 – 10,136,348 |
---|---|
Length | 95 |
Sequences | 6 |
Columns | 107 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 82.49 |
Mean single sequence MFE | -34.30 |
Consensus MFE | -24.42 |
Energy contribution | -25.14 |
Covariance contribution | 0.73 |
Combinations/Pair | 1.15 |
Mean z-score | -1.59 |
Structure conservation index | 0.71 |
SVM decision value | 0.13 |
SVM RNA-class probability | 0.598486 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 10136253 95 + 27905053 CAUCGGCAGAUGCGGCUGGAAAUGGCAGUGGAGCAGUGGAUG------------CAGAGCCCAAGCUCAACUAUUUCCAGAAACUGUGGCGCUAUCGCCACUAUCUG ......((((((...((((((((((.......(((.....))------------).((((....))))..)))))))))).....((((((....)))))))))))) ( -35.50) >DroSec_CAF1 11805 95 + 1 CGUCGGUGGAUGCGGCUGGAAAUGGUAGUGGAGCUGUGGAUG------------CAGAGGCCAAGCUCAACUAUUUCCAGAAACUGUGGCGCUAUCGCCACUAUCUG ....(((((..(((((((((((((((....(((((.(((...------------......)))))))).)))))))))))...))))((((....)))).))))).. ( -36.00) >DroSim_CAF1 11360 95 + 1 CGUCGGCGGAUGCGGCUGGAAAUGGCAAUGGAGCAGUGGAUG------------CAGAGGCCAAGCUCAACUAUUUCCAGAAACUAUGGCGCUAUCGCCACUAUCUG ....(((((..(((.((((((((((.....((((..(((...------------......))).))))..)))))))))).........)))..)))))........ ( -30.90) >DroEre_CAF1 12154 95 + 1 CGUCGCCGGAUGCGACUGGAAAUGGCAAUGGAGCGGCGGAUG------------CGGAGCCCAAGCUCAACUAUUUCCAGAAACUGUGGCGCUAUCGCCACUAUCUG .(((((.....)))))(((((((((.....(((((((.....------------....)))...))))..)))))))))......((((((....))))))...... ( -35.40) >DroYak_CAF1 11842 107 + 1 CGUCGGCGGAUCCGACUGGAAAUGGCAACGGAGCAGCGGAUGCGGCUGCAGCUGCGGAGCCGAAGCUCAACUAUUUCCAGAAACUGUGGCGCUAUCGCCACUAUCUG .(((((.....)))))(((((((((.....((((..(((.((((((....))))))...)))..))))..)))))))))......((((((....))))))...... ( -47.60) >DroAna_CAF1 11690 89 + 1 CG---CAAGAUGCAGCUGGCAACGGGA-CGGACCAG--ACUC------------CAGAACCCAAGCUUAAUUACUUCCAGAAAUUAUGGCGCUAUCGCCACUAUCUG .(---(.....))(((((....)(((.-.(((....--..))------------)....))).))))..........((((.....(((((....)))))...)))) ( -20.40) >consensus CGUCGGCGGAUGCGGCUGGAAAUGGCAAUGGAGCAGUGGAUG____________CAGAGCCCAAGCUCAACUAUUUCCAGAAACUGUGGCGCUAUCGCCACUAUCUG ......((((((...((((((((((.....((((..............................))))..)))))))))).....((((((....)))))))))))) (-24.42 = -25.14 + 0.73)
Location | 10,136,253 – 10,136,348 |
---|---|
Length | 95 |
Sequences | 6 |
Columns | 107 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 82.49 |
Mean single sequence MFE | -34.03 |
Consensus MFE | -22.21 |
Energy contribution | -22.52 |
Covariance contribution | 0.31 |
Combinations/Pair | 1.20 |
Mean z-score | -1.89 |
Structure conservation index | 0.65 |
SVM decision value | 0.14 |
SVM RNA-class probability | 0.604692 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 10136253 95 - 27905053 CAGAUAGUGGCGAUAGCGCCACAGUUUCUGGAAAUAGUUGAGCUUGGGCUCUG------------CAUCCACUGCUCCACUGCCAUUUCCAGCCGCAUCUGCCGAUG (((((.((((((....)))))).((..(((((((((((.((((.((((.....------------..))))..)))).)))...))))))))..)))))))...... ( -36.20) >DroSec_CAF1 11805 95 - 1 CAGAUAGUGGCGAUAGCGCCACAGUUUCUGGAAAUAGUUGAGCUUGGCCUCUG------------CAUCCACAGCUCCACUACCAUUUCCAGCCGCAUCCACCGACG ..(((.((((((....)))))).((..(((((((((((.((((((((......------------...))).))))).))))...)))))))..)))))........ ( -32.50) >DroSim_CAF1 11360 95 - 1 CAGAUAGUGGCGAUAGCGCCAUAGUUUCUGGAAAUAGUUGAGCUUGGCCUCUG------------CAUCCACUGCUCCAUUGCCAUUUCCAGCCGCAUCCGCCGACG ..(((.((((((....)))))).((..((((((((.((.((((.(((......------------...)))..))))....)).))))))))..)))))........ ( -27.90) >DroEre_CAF1 12154 95 - 1 CAGAUAGUGGCGAUAGCGCCACAGUUUCUGGAAAUAGUUGAGCUUGGGCUCCG------------CAUCCGCCGCUCCAUUGCCAUUUCCAGUCGCAUCCGGCGACG .((((.((((((....)))))).)))).(((((((.((.((((...(((....------------.....)))))))....)).)))))))(((((.....))))). ( -34.90) >DroYak_CAF1 11842 107 - 1 CAGAUAGUGGCGAUAGCGCCACAGUUUCUGGAAAUAGUUGAGCUUCGGCUCCGCAGCUGCAGCCGCAUCCGCUGCUCCGUUGCCAUUUCCAGUCGGAUCCGCCGACG .((((.((((((....)))))).)))).(((((((....((((....)))).(((((.(((((.......)))))...))))).)))))))(((((.....))))). ( -47.70) >DroAna_CAF1 11690 89 - 1 CAGAUAGUGGCGAUAGCGCCAUAAUUUCUGGAAGUAAUUAAGCUUGGGUUCUG------------GAGU--CUGGUCCG-UCCCGUUGCCAGCUGCAUCUUG---CG ((((..((((((....))))))....))))...((((...((((((((...((------------((..--....))))-.)))).....)))).....)))---). ( -25.00) >consensus CAGAUAGUGGCGAUAGCGCCACAGUUUCUGGAAAUAGUUGAGCUUGGGCUCUG____________CAUCCACUGCUCCAUUGCCAUUUCCAGCCGCAUCCGCCGACG ..(((.((((((....)))))).((..((((((((....((((....))))......................((......)).))))))))..)))))........ (-22.21 = -22.52 + 0.31)
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