Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 10,046,571 – 10,046,691 |
Length | 120 |
Max. P | 0.545977 |
Location | 10,046,571 – 10,046,691 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 76.00 |
Mean single sequence MFE | -38.95 |
Consensus MFE | -24.05 |
Energy contribution | -25.06 |
Covariance contribution | 1.01 |
Combinations/Pair | 1.50 |
Mean z-score | -1.29 |
Structure conservation index | 0.62 |
SVM decision value | 0.02 |
SVM RNA-class probability | 0.545977 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 10046571 120 - 27905053 AUCCAACGGAGCACUUGAUCGAUGUCACUGAAGGCUGUUCCAGCGUUAAGCCAAAAAAGUGCCGGCGGAACGUCAGAAGAGCUAUCGAUGGCAUCCAGAAUGCUCCACAGAAUUUGCUGA .......((((((.((....(((((((.(((.((((.(((..(((((..(((...........)))..)))))..))).)))).))).)))))))..)).)))))).(((......))). ( -45.50) >DroSec_CAF1 115014 120 - 1 AUCCAACGGGGCAGUUGAUCGAUGUCACUGAGGGCUGUUCCAGAGUCAAGCCAAGAACAUGCCGCCGGGACGUCAGAAGAGCUAUCAAUGGCAUCCAGAAUGCUCCACAGAAUCUGCAGA .......((((((.((....(((((((.(((.((((.(((....(((..((............))...)))....))).)))).))).)))))))..)).)))))).............. ( -35.30) >DroSim_CAF1 116401 120 - 1 AUCAAACGGGGCAGUUGAUCGAUGUCACUGAAGGCUGUUCCAGAGUCAAGCCGAGAACAUGCCGCCGGGACGUCAGAAGAGCUAUCGAUGGCAUCCAGAAUGCUCCACAGAAUCUGCUGA .......((((((.(((...((((((.(((..((((((((..(.(.....))..))))).)))..)))))))))......((((....))))...)))..)))))).(((......))). ( -38.10) >DroEre_CAF1 119965 120 - 1 UUUCAACUGGGCAGCUGAUCGAUGCCUCUGAAGGCUGUUCCAGCGUCAAGCCAAAAACGUGCCGCCGGGACGUGAGAAGAGCUAUCGAUGGCAUCCAGAAUGCUCCACAGAAUCUGCUGA .......((((((.(((...((((((..(((.((((.(((..(((((..((............))...)))))..))).)))).)))..)))))))))..))).)))(((......))). ( -40.40) >DroYak_CAF1 121207 120 - 1 AUCCAACGGGGCAGCUGAUCGAUGCCACUGAAGGCUGUUCCAGCGUUAAGGCAAAAACGUGUCGCCGGGACGUGAGAAGGGUUAUUGAUGGCCUCCAGAAUGCUCCACAGAAUCUGCUGA .......((((((.(((...((.((((..((..(((.(((..(((((..(((...........)))..)))))..))).)))..))..)))).)))))..)))))).(((......))). ( -41.40) >DroPer_CAF1 118203 117 - 1 ACUCAACCGAUGUCUUGAUCCAAGCUACGGUAAAUUGUCAAGUUGUUGGG---GACGAGUGCCGCAAUGCCGUAAGAAAAGCUCUCAAGGGUCUCAUAGAGGUGCCUGUGCAGCUUGACA .....((((.((.((((...)))).))))))....(((((((((((((((---.(((((.((.((...))(....)....)).)))......(((...))))).)))).))))))))))) ( -33.00) >consensus AUCCAACGGGGCAGUUGAUCGAUGCCACUGAAGGCUGUUCCAGCGUCAAGCCAAAAACGUGCCGCCGGGACGUCAGAAGAGCUAUCGAUGGCAUCCAGAAUGCUCCACAGAAUCUGCUGA .......((((((.......(((((((.(((.((((.(((..(((((..(...............)..)))))..))).)))).))).))))))).....)))))).(((......))). (-24.05 = -25.06 + 1.01)
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