Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 10,041,706 – 10,041,816 |
Length | 110 |
Max. P | 0.500000 |
Location | 10,041,706 – 10,041,816 |
---|---|
Length | 110 |
Sequences | 6 |
Columns | 112 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 80.60 |
Mean single sequence MFE | -27.82 |
Consensus MFE | -18.93 |
Energy contribution | -18.72 |
Covariance contribution | -0.22 |
Combinations/Pair | 1.39 |
Mean z-score | -1.21 |
Structure conservation index | 0.68 |
SVM decision value | -0.06 |
SVM RNA-class probability | 0.500000 |
Prediction | OTHER |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 10041706 110 + 27905053 AAUUAAUCAAUAAAU--GUACUUACUCAACGUGAUUAGACAACUGGAGCAGUGCUAAAUCCGCAUCGGUGUAUACAUUGGGAUUGUACUGUUCGUGGAUUAAUAGUCGCGCU ...............--............((((((((.....((((((((((((..(((((....(((((....))))))))))))))))))).))).....)))))))).. ( -28.80) >DroSec_CAF1 110205 112 + 1 AAUUAAUCAAUAAAUAAAUACUUACUCAACGUGAUUAGCCAACUGGAGCAGUGCUAAAUCCGCAUCGGUGUAUACAUUGGGAUUGUACUGUUCGUGGAUUAAUAGUCGCGCU .............................((((((((.(((....(((((((((..(((((....(((((....))))))))))))))))))).))).....)))))))).. ( -30.80) >DroSim_CAF1 111512 110 + 1 AAUUAAUCCAUAAAU--GUACUUACUCAACGUGAUUAGCCAACUGGAGCAGUGCUAAAUCCGCAUCGGUGUAUACAUUGGGAUUGUACUGUUCGUGGAUCAAUAGUCGCGCU ...............--............((((((((.(((....(((((((((..(((((....(((((....))))))))))))))))))).))).....)))))))).. ( -30.80) >DroEre_CAF1 115013 110 + 1 AGUGAAUCAUUAAAU--GUACUUACUCAGCGUGAUUGGCCAACUGCAGCAGUGCCAAAUCCGCAUCGGUAUAUAUAUUGGGGUUGUACUGUUCGUGGAUUAACAGUCGCGAC ((((((((....(((--(((..((((..(((.(((((((..((((...))))))).)))))))...))))..))))))..)))).))))..((((((........)))))). ( -29.40) >DroYak_CAF1 115988 110 + 1 AAUCAAUGAUUAAAU--GCACUUACUCAACGUGAUUAGACAACUGCAGCAGGGCCAAAUCUGCGUCGGUAUAUAAAUUGGGAUUGUACUGUUCGUGGAUUAAAAGUCGCGAC ......(((.(((..--....))).))).(((((((......(((...))).....((((..((.(((((((...........)))))))..))..))))...))))))).. ( -23.60) >DroAna_CAF1 124846 107 + 1 AAUGAAUGA---AUU--UUACUUACACCACAUGCUCCGAUAAUUGAAGCAAAGCCAAGUCCGCGUCCGUAUAGACGGCGGGAUUAUACUGAUCAUGAAGAACAAGGAGUGAG .........---...--...(((((.((...((((.(((...))).))))......(((((.((.((((....)))))))))))....................)).))))) ( -23.50) >consensus AAUUAAUCAAUAAAU__GUACUUACUCAACGUGAUUAGACAACUGGAGCAGUGCCAAAUCCGCAUCGGUAUAUACAUUGGGAUUGUACUGUUCGUGGAUUAAUAGUCGCGAU .............................((((((((.....(((.((((((((..(((((.((...((....))..))))))))))))))))).)......)))))))).. (-18.93 = -18.72 + -0.22)
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