Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 1,419,726 – 1,419,837 |
Length | 111 |
Max. P | 0.910763 |
Location | 1,419,726 – 1,419,837 |
---|---|
Length | 111 |
Sequences | 6 |
Columns | 111 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 82.58 |
Mean single sequence MFE | -38.75 |
Consensus MFE | -30.29 |
Energy contribution | -29.47 |
Covariance contribution | -0.82 |
Combinations/Pair | 1.39 |
Mean z-score | -2.40 |
Structure conservation index | 0.78 |
SVM decision value | 0.91 |
SVM RNA-class probability | 0.880435 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 1419726 111 + 27905053 CGCAUGCGACCACACAGCAUUGUUGCUCAGCGAAGCACCGAAAUGGACCUAAACCCCCGAUUUCGCUUCUUCGAGGGCAACGGACGCUUGUGCAACUGCCACUGGCUCAAC .((..(((..((((.(((.(((((((((..(((((...((((((((..........)).))))))...))))).)))))))))..)))))))....))).....))..... ( -31.50) >DroGri_CAF1 1495 109 + 1 CACGGGCGCACAAUCAGCAUUAUUGCCA-GCUUGCCACCGAAAUGUGUGAAU-GCAAUCAUUUCGCUGACUCGCUGGCAAAGUGCGUCUGUGCACUUGCAACUGGCACAUU ((((((((((((((....))).((((((-((..(.((.((((((((((....-)))..))))))).)).)..)))))))).)))))))))))....(((.....))).... ( -42.30) >DroSec_CAF1 1441 111 + 1 CGCAUGCGACCACACAGCAUUGUUGCCCAGCGAAGCACCGAAAUGGACAUAAACCCCCGAUUUCGCUGCUUCGAGGGCAACGGACGCUUGUGCAACUGUCACUGGCUCAAC .((..(.(((((((.(((.(((((((((..(((((((.((((((((..........)).)))))).))))))).)))))))))..))))))).....))).)..))..... ( -42.10) >DroSim_CAF1 1438 111 + 1 CGCAUGCGACCACACAGCAUUGUUGCCCAGCGAAGCACCGAAAUGGACCUAAACCCCCGAUUUCGCUGCUUCGAGGGCAACGGACGCGUGUGCAACUGUCACUGGCUCAAC .((..(.((((((((.((.(((((((((..(((((((.((((((((..........)).)))))).))))))).)))))))))..))))))).....))).)..))..... ( -43.70) >DroEre_CAF1 1423 111 + 1 CGCAUGCUACCACUCAGCAUUGUUGCCCAGCGAAACACCGAAAUGGUCAUCAACCACCGAUUUCGCUGCUUCGAUGGCAACGGACGCGUGUGCAGCUGCCACUGGCUCAAC .(((.(((..(((...((.((((((((...((((.((.(((((((((........))).)))))).)).))))..))))))))..))..))).))))))............ ( -35.80) >DroYak_CAF1 1424 111 + 1 CGCAUGUUACCACACAGCAUUGUUGCCCAGCGAAACACCGAAAUGGACCUAAACCACCGAUUUCGCUGCUUCGUGGGCAACGGACGCAUGUGCAGCUGCCACCGGCUCAAC ............((((((.((((((((((.((((.((.((((((((..........)).)))))).)).))))))))))))))..)).)))).(((((....))))).... ( -37.10) >consensus CGCAUGCGACCACACAGCAUUGUUGCCCAGCGAAGCACCGAAAUGGACCUAAACCACCGAUUUCGCUGCUUCGAGGGCAACGGACGCGUGUGCAACUGCCACUGGCUCAAC ((((((((.((..........(((((((..((((.((.((((((((..........)).)))))).)).)))).))))))))).)))))))).....((.....))..... (-30.29 = -29.47 + -0.82)
Location | 1,419,726 – 1,419,837 |
---|---|
Length | 111 |
Sequences | 6 |
Columns | 111 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 82.58 |
Mean single sequence MFE | -48.75 |
Consensus MFE | -35.01 |
Energy contribution | -35.73 |
Covariance contribution | 0.73 |
Combinations/Pair | 1.26 |
Mean z-score | -3.15 |
Structure conservation index | 0.72 |
SVM decision value | 1.07 |
SVM RNA-class probability | 0.910763 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 1419726 111 - 27905053 GUUGAGCCAGUGGCAGUUGCACAAGCGUCCGUUGCCCUCGAAGAAGCGAAAUCGGGGGUUUAGGUCCAUUUCGGUGCUUCGCUGAGCAACAAUGCUGUGUGGUCGCAUGCG .....((..(((((....(((((.((((..((((((..(((((.(.((((((.(((........))))))))).).)))))..).))))).))))))))).)))))..)). ( -39.40) >DroGri_CAF1 1495 109 - 1 AAUGUGCCAGUUGCAAGUGCACAGACGCACUUUGCCAGCGAGUCAGCGAAAUGAUUGC-AUUCACACAUUUCGGUGGCAAGC-UGGCAAUAAUGCUGAUUGUGCGCCCGUG ...(((((((((((((((((......)))))((((((((..((((.(((((((..((.-...))..))))))).))))..))-))))))...))).))))).))))..... ( -46.70) >DroSec_CAF1 1441 111 - 1 GUUGAGCCAGUGACAGUUGCACAAGCGUCCGUUGCCCUCGAAGCAGCGAAAUCGGGGGUUUAUGUCCAUUUCGGUGCUUCGCUGGGCAACAAUGCUGUGUGGUCGCAUGCG .....((..(((((....(((((.((((..(((((((.(((((((.((((((.(((.(....).))))))))).)))))))..))))))).))))))))).)))))..)). ( -53.80) >DroSim_CAF1 1438 111 - 1 GUUGAGCCAGUGACAGUUGCACACGCGUCCGUUGCCCUCGAAGCAGCGAAAUCGGGGGUUUAGGUCCAUUUCGGUGCUUCGCUGGGCAACAAUGCUGUGUGGUCGCAUGCG .....((..(((((....(((((.((((..(((((((.(((((((.((((((.(((........))))))))).)))))))..))))))).))))))))).)))))..)). ( -53.40) >DroEre_CAF1 1423 111 - 1 GUUGAGCCAGUGGCAGCUGCACACGCGUCCGUUGCCAUCGAAGCAGCGAAAUCGGUGGUUGAUGACCAUUUCGGUGUUUCGCUGGGCAACAAUGCUGAGUGGUAGCAUGCG ............((((((((.(((((((..((((((..(((((((.((((((.(((........))))))))).)))))))...)))))).))))...)))))))).))). ( -48.00) >DroYak_CAF1 1424 111 - 1 GUUGAGCCGGUGGCAGCUGCACAUGCGUCCGUUGCCCACGAAGCAGCGAAAUCGGUGGUUUAGGUCCAUUUCGGUGUUUCGCUGGGCAACAAUGCUGUGUGGUAACAUGCG (((..(((...))).((..((((.((((..(((((((((((((((.((((((.((..........)))))))).))))))).)))))))).))))))))..)))))..... ( -51.20) >consensus GUUGAGCCAGUGGCAGUUGCACAAGCGUCCGUUGCCCUCGAAGCAGCGAAAUCGGGGGUUUAGGUCCAUUUCGGUGCUUCGCUGGGCAACAAUGCUGUGUGGUCGCAUGCG .....((..(((.(..(..((((.((((..(((((((.(((((((.((((((.(((........))))))))).)))))))..))))))).))))))))..)..)))))). (-35.01 = -35.73 + 0.73)
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