| Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 9,946,573 – 9,946,693 |
| Length | 120 |
| Max. P | 0.513264 |
| Location | 9,946,573 – 9,946,693 |
|---|---|
| Length | 120 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 84.61 |
| Mean single sequence MFE | -54.20 |
| Consensus MFE | -40.07 |
| Energy contribution | -40.27 |
| Covariance contribution | 0.20 |
| Combinations/Pair | 1.27 |
| Mean z-score | -1.83 |
| Structure conservation index | 0.74 |
| SVM decision value | -0.04 |
| SVM RNA-class probability | 0.513264 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 9946573 120 + 27905053 AUGCUGCUGCGAUCGUCGUACGUAGUGGGCGGCGGUGGUGGCAGCGAUUGCAUCAUGCCCGCGGAGGGCAGGUUUACAUGUGUGGCUAUCUGCUGGCUGGGUGGCAUCGGAAGUGCACUG .((((((..(.(((((((..(.....)..))))))).)..))))))..((((((((((((.(((..(((((((...((....))...)))))))..))).).))))).)...)))))... ( -54.60) >DroVir_CAF1 41859 120 + 1 AUGCUGCUCCGGUCGUCAUAAGUGGUGGGCGGCGGCGGUGGUAGCGACUGCAUCAUGCCCGCCGAGGGCAGAUUCACAUGCGUGGCAAUUUGCUGACUGGGUGGCAUGGGCAGCGCGCUG ..(((((((((.((..((....))..)).))).))))))(((.(((.((((.(((((((.(((.(((((((((((((....))))..)))))))..)).)))))))))))))))))))). ( -56.40) >DroGri_CAF1 34956 120 + 1 AUGCUGCUCCUGUCAUCGUAAGUCGUUGGCGGCGGUGGCGGCAGCGAUUGCAUCAUGCCCGCCGACGGUAGAUUCACAUGCGUCGCAAUUUGCUGGCUAGGCGGCAUGGGAAGCGCACUG .((((((..(((((..((........))..)))))..))))))(((......(((((((.(((..((((((((((((....)).).)))))))))....))))))))))....))).... ( -49.20) >DroMoj_CAF1 38015 120 + 1 AUGCUGCUCCUGUCGUCGUAGGUGGUAGGCGGCGGCGGUGGCAGCGACUGCAUCAUGCCCGCCGAGGGCAGAUUUACGUGCGUGGCAAUCUGCUGGCUAGGCGGCAUGGGCAGCGCACUG ..(((((..((((((((((.........))))))))))..)))))(.((((.(((((((.(((.(((((((((((((....)))..))))))))..)).)))))))))))))))...... ( -61.20) >DroAna_CAF1 35280 120 + 1 AUGCUGCUGCGAUCAUCGUACGUUGUGGGCGGCGGUGGAGGCAACGAUUGCAUCAUUCCCGCUGACGGCAAGUUAACAUGGGUGGCGAUUUGCUGACUCGGCGGCAUGGGAAGGGCACUA .((((..((((((((((((.(((.....))))))))...(....))))))))((((..((((((((((((((((..((....))..)))))))))..))))))).))))....))))... ( -44.80) >DroPer_CAF1 28456 120 + 1 AUACUGCUCCUGUCGUCGUAGGUGGUAGGCGGCGGCGGUGGCAGAGAUUGCAUCAUGCCCGCCGAGGGUAGAUUCACAUGCGUGGCUAUCUGCUGGCUUGGGGGCAUGGGCAGCGCACUG ...((((..((((((((((.........))))))))))..)))).(.((((.((((((((.((((((((((((((((....))))..)))))))..))))))))))))))))))...... ( -59.00) >consensus AUGCUGCUCCGGUCGUCGUAAGUGGUGGGCGGCGGCGGUGGCAGCGAUUGCAUCAUGCCCGCCGAGGGCAGAUUCACAUGCGUGGCAAUCUGCUGGCUAGGCGGCAUGGGAAGCGCACUG .((((((..(.((((((((.........)))))))).)..))))))..(((.(((((((.(((.(((((((((((((....))))..)))))))..)).)))))))))).....)))... (-40.07 = -40.27 + 0.20)
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