Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 9,870,229 – 9,870,328 |
Length | 99 |
Max. P | 0.892362 |
Location | 9,870,229 – 9,870,328 |
---|---|
Length | 99 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 81.95 |
Mean single sequence MFE | -28.82 |
Consensus MFE | -27.60 |
Energy contribution | -27.60 |
Covariance contribution | -0.00 |
Combinations/Pair | 1.00 |
Mean z-score | -1.25 |
Structure conservation index | 0.96 |
SVM decision value | 0.20 |
SVM RNA-class probability | 0.631284 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 9870229 99 + 27905053 A-----------------AC--AAAAAA--AUUCCACUCGACGAGGAUGGGAUUCGAACCCACGCGUGCAGAGCACAUUGGAUUAGCAGUCCAACGCCUUAACCUCUCGGCCACCUCGUC .-----------------..--......--.........(((((((.((((.......)))).((((((...)))).((((((.....)))))).))................))))))) ( -27.60) >DroVir_CAF1 84847 113 + 1 GCAAAAAAUAU------AAU-AAAACAAAAAACACGCUCGACGAGGAUGGGAUUCGAACCCACGCGUGCAGAGCACAUUGGAUUAGCAGUCCAACGCCUUAACCUCUCGGCCACCUCGUC ...........------...-..................(((((((.((((.......)))).((((((...)))).((((((.....)))))).))................))))))) ( -27.60) >DroPse_CAF1 88262 110 + 1 G-----AUCAUAAUACAUAUUAAAAACG--AUU---UUCGACGAGGAUGGGAUUCGAACCCACGCGUGCAGAGCACAUUGGAUUAGCAGUCCAACGCCUUAACCUCUCGGCCACCUCGUC .-----......................--...---...(((((((.((((.......)))).((((((...)))).((((((.....)))))).))................))))))) ( -27.60) >DroGri_CAF1 77251 110 + 1 AAAGAAAACCA------AAU-GAAAUAG--GAUUC-GUCGACGAGGAUGGGAUUCGAACCCACGCGUGCAGAGCACAUUGGAUUAGCAGUCCAACGCCUUAACCUCUCGGCCACCUCGUC ...........------...-.....((--(....-(((((.((((.((((.......)))).((((((...)))).((((((.....)))))).)).....)))))))))..))).... ( -29.60) >DroWil_CAF1 98185 107 + 1 AAAAA----------AAAAU-GAAAAGG--ACUCUCGUCGACGAGGAUGGGAUUCGAACCCACGCGUGCAGAGCACAUUGGAUUAGCAGUCCAACGCCUUAACCUCUCGGCCACCUCGUC .....----------.....-((..(((--......(((((.((((.((((.......)))).((((((...)))).((((((.....)))))).)).....)))))))))..)))..)) ( -29.80) >DroPer_CAF1 90168 114 + 1 GCGUACAUCAUAAUACGUAU-AAAAACG--AUU---AUCGACGAGGAUGGGAUUCGAACCCACGCGUGCAGAGCACAUUGGAUUAGCAGUCCAACGCCUUAACCUCUCGGCCACCUCGUC (((((........)))))..-.......--...---...(((((((.((((.......)))).((((((...)))).((((((.....)))))).))................))))))) ( -30.70) >consensus A_A_A_A_CAU______AAU_AAAAAAG__AUU_C_CUCGACGAGGAUGGGAUUCGAACCCACGCGUGCAGAGCACAUUGGAUUAGCAGUCCAACGCCUUAACCUCUCGGCCACCUCGUC .......................................(((((((.((((.......)))).((((((...)))).((((((.....)))))).))................))))))) (-27.60 = -27.60 + -0.00)
Location | 9,870,229 – 9,870,328 |
---|---|
Length | 99 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 81.95 |
Mean single sequence MFE | -37.32 |
Consensus MFE | -35.20 |
Energy contribution | -35.20 |
Covariance contribution | -0.00 |
Combinations/Pair | 1.00 |
Mean z-score | -1.71 |
Structure conservation index | 0.94 |
SVM decision value | 0.97 |
SVM RNA-class probability | 0.892362 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 9870229 99 - 27905053 GACGAGGUGGCCGAGAGGUUAAGGCGUUGGACUGCUAAUCCAAUGUGCUCUGCACGCGUGGGUUCGAAUCCCAUCCUCGUCGAGUGGAAU--UUUUUU--GU-----------------U ((((((((((((....)))))..((((((((.......))))))((((...))))))(((((.......)))))))))))).........--......--..-----------------. ( -35.20) >DroVir_CAF1 84847 113 - 1 GACGAGGUGGCCGAGAGGUUAAGGCGUUGGACUGCUAAUCCAAUGUGCUCUGCACGCGUGGGUUCGAAUCCCAUCCUCGUCGAGCGUGUUUUUUGUUUU-AUU------AUAUUUUUUGC ((((((((((((....)))))..((((((((.......))))))((((...))))))(((((.......))))))))))))(((((.......))))).-...------........... ( -36.10) >DroPse_CAF1 88262 110 - 1 GACGAGGUGGCCGAGAGGUUAAGGCGUUGGACUGCUAAUCCAAUGUGCUCUGCACGCGUGGGUUCGAAUCCCAUCCUCGUCGAA---AAU--CGUUUUUAAUAUGUAUUAUGAU-----C ((((((((((((....)))))..((((((((.......))))))((((...))))))(((((.......))))))))))))...---.((--(((..(........)..)))))-----. ( -35.80) >DroGri_CAF1 77251 110 - 1 GACGAGGUGGCCGAGAGGUUAAGGCGUUGGACUGCUAAUCCAAUGUGCUCUGCACGCGUGGGUUCGAAUCCCAUCCUCGUCGAC-GAAUC--CUAUUUC-AUU------UGGUUUUCUUU ((((((((((((....)))))..((((((((.......))))))((((...))))))(((((.......))))))))))))...-(((..--(((....-...------)))..)))... ( -38.50) >DroWil_CAF1 98185 107 - 1 GACGAGGUGGCCGAGAGGUUAAGGCGUUGGACUGCUAAUCCAAUGUGCUCUGCACGCGUGGGUUCGAAUCCCAUCCUCGUCGACGAGAGU--CCUUUUC-AUUUU----------UUUUU ((((((((((((....)))))..((((((((.......))))))((((...))))))(((((.......))))))))))))(((....))--)......-.....----------..... ( -39.50) >DroPer_CAF1 90168 114 - 1 GACGAGGUGGCCGAGAGGUUAAGGCGUUGGACUGCUAAUCCAAUGUGCUCUGCACGCGUGGGUUCGAAUCCCAUCCUCGUCGAU---AAU--CGUUUUU-AUACGUAUUAUGAUGUACGC ((((((((((((....)))))..((((((((.......))))))((((...))))))(((((.......)))))))))))).((---(((--(((....-..))).)))))......... ( -38.80) >consensus GACGAGGUGGCCGAGAGGUUAAGGCGUUGGACUGCUAAUCCAAUGUGCUCUGCACGCGUGGGUUCGAAUCCCAUCCUCGUCGAC_G_AAU__CUUUUUU_AUU______AUG_U_U_U_C ((((((((((((....)))))..((((((((.......))))))((((...))))))(((((.......))))))))))))....................................... (-35.20 = -35.20 + -0.00)
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