Locus 3604

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 9,728,880 – 9,728,997
Length 117
Max. P 0.844585
window5810 window5811

overview

Window 0

Location 9,728,880 – 9,728,997
Length 117
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 79.29
Mean single sequence MFE -52.05
Consensus MFE -30.80
Energy contribution -30.97
Covariance contribution 0.17
Combinations/Pair 1.32
Mean z-score -1.85
Structure conservation index 0.59
SVM decision value 0.46
SVM RNA-class probability 0.743344
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 9728880 117 + 27905053
GCUUGGUCCAGCGGCCGCCGCCGCUGCUGCCGCCGGCCUGCCGCCCCAUGCC---GCCCAGUUUAUGCCCAAUCCAGGCAUGGCCAGGGAUAGCUAUCAGCUGUACCCCUGGCUGCUCAG
((.(((....(((((.(((((.((....)).).))))..))))).))).)).---((.......(((((.......)))))(((((((((((((.....)))))..)))))))))).... ( -50.80)
>DroPse_CAF1 49572 117 + 1
CCUGGGUCCCGCUGCAGCGGCCGCUGCCGCCGCAGGACUGCCACCCCAUGCC---GCACAAUUCAUGCCAAAUCCUGGCAUGGCACGGGACAGCUACCAGCUGUAUCCCUGGCUGCUGAG
....(((((...(((.(((((....))))).))))))))((((.(((.((((---.........((((((.....)))))))))).)))(((((.....))))).....))))....... ( -49.00)
>DroGri_CAF1 39055 120 + 1
ACUGGGACCAGCAGCAGCAGCCGCUGCAGCGGCUGGUCUGCCUCCACAUGCGGCUGCCUCCUUUAUGGGCAGCCCGGGCAUGCCACGCGACAGUUAUCCGCUCUAUCCAUGGCUGCUCAG
..(((((...((((.(.(((((((....))))))).))))).))).)).(.((((((((.......)))))))))(((((.((((.(.((.((.........)).))).))))))))).. ( -53.60)
>DroMoj_CAF1 41953 120 + 1
GCUGGGUCCAGCAGCAGCUGCCGCCGCAGCCGCUGGCCUGCCCCCGCACGCCGCCGCCUCCUUCAUGGGCAAUCCGGGCAUGCCGCGCGAGAGCUACCCGCUCUACCCGUGGCUGCUCAG
((((....))))(((.(((((....))))).)))(((.(((....))).)))...((((.......)))).....(((((.((((((.((((((.....))))).).))))))))))).. ( -57.80)
>DroAna_CAF1 49244 117 + 1
CCUGGGUCCUGCUGCAGCGGCCGCUGCUGCUGCCGGACUGCCGCCACAUGCC---GCUCCCUUCAUGCCCAAUCCGGGCAUGCCCAGGGAAAGCUACCAGUUGUACCCCUGGCUGCUCAG
.((((((((.((.(((((((...))))))).)).)))))((.((.....)).---))(((((.(((((((.....)))))))...))))).(((..((((........))))..)))))) ( -52.60)
>DroPer_CAF1 49614 117 + 1
CCUGGGUCCCGCUGCAGCGGCCGCUGCCGCCGCAGGACUGCCACCCCAUGCC---GCACAAUUCAUGCCAAAUCCUGGCAUGGCACGGGACAGCUACCAGCUCUAUCCCUGGCUGCUGAG
....(((((...(((.(((((....))))).)))))))).....(((.((((---.........((((((.....)))))))))).))).((((..((((........))))..)))).. ( -48.50)
>consensus
CCUGGGUCCAGCUGCAGCGGCCGCUGCAGCCGCAGGACUGCCACCCCAUGCC___GCCCACUUCAUGCCCAAUCCGGGCAUGCCACGGGACAGCUACCAGCUCUACCCCUGGCUGCUCAG
....(((((...(((.(((((....))))).))))))))(((..(((..((....))......(((((((.....)))))))....)))..(((.....)))........)))....... (-30.80 = -30.97 +   0.17)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 1

Location 9,728,880 – 9,728,997
Length 117
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 79.29
Mean single sequence MFE -59.12
Consensus MFE -38.15
Energy contribution -38.46
Covariance contribution 0.31
Combinations/Pair 1.38
Mean z-score -1.85
Structure conservation index 0.65
SVM decision value 0.76
SVM RNA-class probability 0.844585
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 9728880 117 - 27905053
CUGAGCAGCCAGGGGUACAGCUGAUAGCUAUCCCUGGCCAUGCCUGGAUUGGGCAUAAACUGGGC---GGCAUGGGGCGGCAGGCCGGCGGCAGCAGCGGCGGCGGCCGCUGGACCAAGC
....((.(((((((((..(((.....)))))))))))).((((((.....)))))).......))---.((.(((..((((.(((((.((.(......).)).)))))))))..))).)) ( -58.40)
>DroPse_CAF1 49572 117 - 1
CUCAGCAGCCAGGGAUACAGCUGGUAGCUGUCCCGUGCCAUGCCAGGAUUUGGCAUGAAUUGUGC---GGCAUGGGGUGGCAGUCCUGCGGCGGCAGCGGCCGCUGCAGCGGGACCCAGG
...(((.(((((........))))).)))((((((((((((.(((.....(.((((.....))))---.)..))).))))))...((((((((((....))))))))))))))))..... ( -59.60)
>DroGri_CAF1 39055 120 - 1
CUGAGCAGCCAUGGAUAGAGCGGAUAACUGUCGCGUGGCAUGCCCGGGCUGCCCAUAAAGGAGGCAGCCGCAUGUGGAGGCAGACCAGCCGCUGCAGCGGCUGCUGCUGCUGGUCCCAGU
.((.((((((((((((((.........))))).)))))).))).))((((((((......).)))))))...((.((((((((..(((((((....)))))))...)))))..))))).. ( -58.20)
>DroMoj_CAF1 41953 120 - 1
CUGAGCAGCCACGGGUAGAGCGGGUAGCUCUCGCGCGGCAUGCCCGGAUUGCCCAUGAAGGAGGCGGCGGCGUGCGGGGGCAGGCCAGCGGCUGCGGCGGCAGCUGCUGCUGGACCCAGC
(((.((((((.((.(.(((((.....)))))).)).))).))).))).((((((......).))))).(((.(((....))).)))(((((((((....)))))))))((((....)))) ( -61.50)
>DroAna_CAF1 49244 117 - 1
CUGAGCAGCCAGGGGUACAACUGGUAGCUUUCCCUGGGCAUGCCCGGAUUGGGCAUGAAGGGAGC---GGCAUGUGGCGGCAGUCCGGCAGCAGCAGCGGCCGCUGCAGCAGGACCCAGG
((((((.(((((........))))).))).(((((...(((((((.....))))))).)))))((---.((.....)).)).((((.(((((.((....)).)))))....)))).))). ( -57.40)
>DroPer_CAF1 49614 117 - 1
CUCAGCAGCCAGGGAUAGAGCUGGUAGCUGUCCCGUGCCAUGCCAGGAUUUGGCAUGAAUUGUGC---GGCAUGGGGUGGCAGUCCUGCGGCGGCAGCGGCCGCUGCAGCGGGACCCAGG
...(((.(((((........))))).)))((((((((((((.(((.....(.((((.....))))---.)..))).))))))...((((((((((....))))))))))))))))..... ( -59.60)
>consensus
CUGAGCAGCCAGGGAUACAGCUGGUAGCUGUCCCGUGCCAUGCCCGGAUUGGGCAUGAAGGGGGC___GGCAUGGGGCGGCAGUCCAGCGGCAGCAGCGGCCGCUGCAGCUGGACCCAGG
....((.(((.(((((..(((.....))))))))...(((((((.......((......)).......)))))))))).)).(((((((....(((((....))))).)))))))..... (-38.15 = -38.46 +   0.31)

alignment

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