Locus 3601

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 9,708,556 – 9,708,716
Length 160
Max. P 0.921405
window5804 window5805 window5806

overview

Window 4

Location 9,708,556 – 9,708,648
Length 92
Sequences 5
Columns 104
Reading direction forward
Mean pairwise identity 83.86
Mean single sequence MFE -33.52
Consensus MFE -21.54
Energy contribution -22.02
Covariance contribution 0.48
Combinations/Pair 1.08
Mean z-score -2.49
Structure conservation index 0.64
SVM decision value 0.98
SVM RNA-class probability 0.893337
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 9708556 92 + 27905053
CAGCCACUGGUUGGCCAUCGGCCCGACUUGGCCAUGCAACGCCAGUGGUCUCAGAUCUCAGAUCGCAGAU-------CUCCGAUCUUGGG-----UCUCCCAUU
..(((((((((..((.((.((((......))))))))...)))))))))...((((((.((((((.....-------...)))))).)))-----)))...... ( -37.80)
>DroSec_CAF1 32517 97 + 1
CAGCCACUGGUUGGCCAUCGGUUCGACUUGGCCAUGCAACGUCAGUGGUCUCAGAUCUCAGGUCUCAGAUCGCAGAU-------CUUGGAUCCGAUCUCCCAUC
..((((((((.(((((((((...)))..)))))).......))))))))...(((((...(((((.(((((...)))-------)).))))).)))))...... ( -32.40)
>DroSim_CAF1 32245 104 + 1
CAGCCACUGGUUGGCCAUCGGUUCGACUUGGCCAUGCAACGUCAGUGGUCUCAGAUCUCAGAUCUCAGAUCGCAGAUCUCCGAUCUUGGAUCCGAUCUCCCAUC
..((((((((.(((((((((...)))..)))))).......))))))))...(((((...(((((.((((((........)))))).))))).)))))...... ( -36.20)
>DroEre_CAF1 33896 92 + 1
CAGCCACUGGUUGGCCAUCGCUUCGUCUUGGCCAUGCAACGUCAGUGGUCUCAGAUCUCAGGUCUCAGAU-------CUGUGAUCUUGGA-----UCUCCCAUC
..((((((((.((((((..((...))..)))))).......))))))))((.(((((.((((((...)))-------))).))))).)).-----......... ( -32.70)
>DroYak_CAF1 33731 92 + 1
CAGCCACUGGUUGGCCAUCGCUUCGACUUGGCCAUGCAACGUCAGUGGUCUCAGAAAUCAGAUCUCUGAU-------CUUGGAUCUUGGA-----UCUCCCAUC
..((((((((.(((((((((...)))..)))))).......))))))))..........((((((..(((-------(...))))..)))-----)))...... ( -28.50)
>consensus
CAGCCACUGGUUGGCCAUCGGUUCGACUUGGCCAUGCAACGUCAGUGGUCUCAGAUCUCAGAUCUCAGAU_______CUCCGAUCUUGGA_____UCUCCCAUC
..((((((((.(((((((((...)))..)))))).......))))))))((.((((.....)))).))..................(((..........))).. (-21.54 = -22.02 +   0.48)

alignment

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secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 5

Location 9,708,581 – 9,708,683
Length 102
Sequences 6
Columns 114
Reading direction forward
Mean pairwise identity 75.82
Mean single sequence MFE -32.95
Consensus MFE -13.77
Energy contribution -15.23
Covariance contribution 1.46
Combinations/Pair 1.29
Mean z-score -2.44
Structure conservation index 0.42
SVM decision value 1.14
SVM RNA-class probability 0.921405
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 9708581 102 + 27905053
ACUUGGCCAUGCAACGCCAGUGGUCUCAGAUCUCAGAUCGCAGAU-------CUCCGAUCUUGGG-----UCUCCCAUUCCGGGUCCAUCUCAUCUGGUCCAAAUUGGAGCGGC
...((((........))))((((.((((((((..(((((...)))-------))..)))))((((-----...))))....))).)))).....(((.(((.....))).))). ( -31.30)
>DroSec_CAF1 32542 107 + 1
ACUUGGCCAUGCAACGUCAGUGGUCUCAGAUCUCAGGUCUCAGAUCGCAGAU-------CUUGGAUCCGAUCUCCCAUCCCGGGUCCAUCUCAUCCUGUCCAAAUUGGAGCGGC
.....(((..((.......(((((((.((((.....)))).))))))).((.-------..((((((((...........))))))))..))......(((.....)))))))) ( -32.70)
>DroSim_CAF1 32270 114 + 1
ACUUGGCCAUGCAACGUCAGUGGUCUCAGAUCUCAGAUCUCAGAUCGCAGAUCUCCGAUCUUGGAUCCGAUCUCCCAUCCCGGGUCCAUCUCAUCUGGUCCAAAUUGGAGCGGC
.....(((.......(((.(((((((.(((((...))))).))))))).)))(((((((.(((((((.(((..(((.....)))........))).)))))))))))))).))) ( -39.50)
>DroEre_CAF1 33921 102 + 1
UCUUGGCCAUGCAACGUCAGUGGUCUCAGAUCUCAGGUCUCAGAU-------CUGUGAUCUUGGA-----UCUCCCAUCCCAGAUCCAUCUCAUCUGGUCCAAAUUGGAGCGGC
....((((((.........))))))..(((((.((((((...)))-------))).)))))((((-----(((........)))))))......(((.(((.....))).))). ( -33.50)
>DroYak_CAF1 33756 102 + 1
ACUUGGCCAUGCAACGUCAGUGGUCUCAGAAAUCAGAUCUCUGAU-------CUUGGAUCUUGGA-----UCUCCCAUCCCAGAUCCAUCUCAUCUGGUCCAAAUUGGAGCGGC
.....(((.......(((((.(((((.(....).))))).)))))-------..(((((((.(((-----(.....)))).)))))))........(.(((.....))).)))) ( -33.60)
>DroAna_CAF1 30057 80 + 1
AGC--AACAUGCAACAUG-----------------CAUCUCUGAU-------CUCCGAU-UUGGA-----U-UCAGAU-UCAGAUUCAACUCAUCUGGUCCAAAUUGGAGCUGC
.((--(..((((.....)-----------------))).......-------(((((((-(((((-----(-.(((((-..((......)).)))))))))))))))))).))) ( -27.10)
>consensus
ACUUGGCCAUGCAACGUCAGUGGUCUCAGAUCUCAGAUCUCAGAU_______CUCCGAUCUUGGA_____UCUCCCAUCCCAGAUCCAUCUCAUCUGGUCCAAAUUGGAGCGGC
....((((((.........))))))...........................(((((((.(((((..............((((((.......)))))))))))))))))).... (-13.77 = -15.23 +   1.46)

alignment

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secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 6

Location 9,708,620 – 9,708,716
Length 96
Sequences 6
Columns 108
Reading direction forward
Mean pairwise identity 84.50
Mean single sequence MFE -35.95
Consensus MFE -24.13
Energy contribution -24.71
Covariance contribution 0.58
Combinations/Pair 1.23
Mean z-score -3.80
Structure conservation index 0.67
SVM decision value 0.87
SVM RNA-class probability 0.870109
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 9708620 96 + 27905053
GCAGAU-------CUCCGAUCUUGGG-----UCUCCCAUUCCGGGUCCAUCUCAUCUGGUCCAAAUUGGAGCGGCAAUUGCAGUUGCAGUUGCAAUCUGCAUGUGUAA
((((((-------(((((((.((((.-----.(.(((.....)))............)..)))))))))))..((((((((....)))))))).))))))........ ( -37.62)
>DroSec_CAF1 32581 101 + 1
UCAGAUCGCAGAU-------CUUGGAUCCGAUCUCCCAUCCCGGGUCCAUCUCAUCCUGUCCAAAUUGGAGCGGCAAUUGCAGUUGCAGUUGCAAUCUGCAUGUGUAA
.((((((((.((.-------..((((((((...........))))))))..))......(((.....))))))((((((((....)))))))).)))))......... ( -34.80)
>DroSim_CAF1 32309 108 + 1
UCAGAUCGCAGAUCUCCGAUCUUGGAUCCGAUCUCCCAUCCCGGGUCCAUCUCAUCUGGUCCAAAUUGGAGCGGCAAUUGCAGUUGCAGUUGCAAUCUGCAUGUGUAA
.((.((.(((((((((((((.(((((((.(((..(((.....)))........))).))))))))))))))..((((((((....)))))))).)))))))).))... ( -41.70)
>DroEre_CAF1 33960 96 + 1
UCAGAU-------CUGUGAUCUUGGA-----UCUCCCAUCCCAGAUCCAUCUCAUCUGGUCCAAAUUGGAGCGGCAAUUGCAGUUGCAGUUGCAAUCUGCAUGUGUAA
((((((-------.((.(((((.(((-----(.....)))).)))))))....))))))(((.....)))...(((..(((((((((....)))).)))))..))).. ( -30.50)
>DroYak_CAF1 33795 96 + 1
UCUGAU-------CUUGGAUCUUGGA-----UCUCCCAUCCCAGAUCCAUCUCAUCUGGUCCAAAUUGGAGCGGCAAUUGCAGUUGCAGUUGCAAUCUGCAUGUGUAA
..(((.-------..(((((((.(((-----(.....)))).)))))))..)))..((.(((.....))).))(((..(((((((((....)))).)))))..))).. ( -33.70)
>DroAna_CAF1 30077 93 + 1
UCUGAU-------CUCCGAU-UUGGA-----U-UCAGAU-UCAGAUUCAACUCAUCUGGUCCAAAUUGGAGCUGCAAUUGCAGUUGCAGUUGCAAUCUGCAUGUGUAA
......-------(((((((-(((((-----(-.(((((-..((......)).)))))))))))))))))).((((..(((((((((....)))).)))))..)))). ( -37.40)
>consensus
UCAGAU_______CUCCGAUCUUGGA_____UCUCCCAUCCCAGAUCCAUCUCAUCUGGUCCAAAUUGGAGCGGCAAUUGCAGUUGCAGUUGCAAUCUGCAUGUGUAA
.............(((((((.(((((..............((((((.......))))))))))))))))))..(((..(((((((((....)))).)))))..))).. (-24.13 = -24.71 +   0.58)

alignment

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