Locus 358

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 1,392,739 – 1,392,899
Length 160
Max. P 0.990116
window588 window589 window590 window591

overview

Window 8

Location 1,392,739 – 1,392,859
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 79.44
Mean single sequence MFE -49.48
Consensus MFE -28.52
Energy contribution -28.38
Covariance contribution -0.13
Combinations/Pair 1.41
Mean z-score -2.63
Structure conservation index 0.58
SVM decision value 1.34
SVM RNA-class probability 0.943729
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 1392739 120 + 27905053
CGGCCACACCUGGCGGCUCUGCAUCGCUGUGAUACCUCUGUUUAUCGCACUGCUGGUUGCAGUUAGUCGCACCUGCGACUACCACCACCACUGGCAGGAUGUGACCAUCGGCGGGCUGAU
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>DroVir_CAF1 8664 120 + 1
GGGCCACACUUGGCGUCUAUUCAUUGCCAUUAUGCCCCUUAUUGUGGCCGCCUUGGUAGCCGUUAGUCGCACCUGUGACUAUCAUCAUCAUUGGCAAGAUGUGGUAGUGGGCGCACUAAU
(.(((.(((((.((((((......(((((..(((...........(((..(....)..)))(.(((((((....))))))).)..)))...))))))))))).).))))))).)...... ( -42.00)
>DroPse_CAF1 9615 120 + 1
CGGCCACACCUGGCGCCUGUGCAUUGCUGUUAUUCCGCUGGUCAUUGCCACCCUGGUGGCGGUUAGUCGCACAUGCGACUACCACCAUCACUGGCAGGAUGUGACUGUGGGCGCCAUCAU
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>DroGri_CAF1 8950 120 + 1
GGGGCACACUUGGCGGCUGUGCAUUGCUGUCAUGCCGCUUAUUGUGGCCGCCUUGGUGGCAAUCAGUCGCACCUGUGACUAUCACCAUCAUUGGCAGGAUGUGGUUGUGGGUGCGCUAAU
.((.((((...((((((.(((((....)).)))))))))...)))).))(((.....)))....((.((((((((..((((((.(((....)))...)))..)))..))))))))))... ( -51.20)
>DroMoj_CAF1 8142 120 + 1
GGGCCAGACUUGGCGAAUGUGCAUCUCUGUUAUUCCUCUGAUUGUGGCCUCCUUGGUGGCCGUUAGUCGCACCUGCGACUAUCACCAUCAUUGGCAGGAUGUGACAGUGGGCUCACUCAU
..(((......)))((.((.((.((.((((((((((((..((.((((((.(....).))))(.(((((((....))))))).)...)).))..).)))).))))))).)))).)).)).. ( -47.20)
>DroPer_CAF1 11080 120 + 1
CGGCCACACCUGGCGCCUGUGCAUUGCUGUGAUUCCGCUGGUCAUUGCCACUUUGGUGGCGGUUAGUCGCACAUGCGACUACCACCAUCACUGGCAGGAUGUGACUGUGGGAGCCAUCAU
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>consensus
CGGCCACACCUGGCGCCUGUGCAUUGCUGUUAUUCCGCUGAUUAUGGCCACCUUGGUGGCAGUUAGUCGCACCUGCGACUACCACCAUCACUGGCAGGAUGUGACUGUGGGCGCACUCAU
.((.((((((((.((............................((((((((....))))))))(((((((....)))))))..........)).)))).)))).))(((((....))))) (-28.52 = -28.38 +  -0.13)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 9

Location 1,392,739 – 1,392,859
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 79.44
Mean single sequence MFE -45.00
Consensus MFE -23.03
Energy contribution -24.73
Covariance contribution 1.70
Combinations/Pair 1.21
Mean z-score -2.20
Structure conservation index 0.51
SVM decision value 0.40
SVM RNA-class probability 0.719191
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 1392739 120 - 27905053
AUCAGCCCGCCGAUGGUCACAUCCUGCCAGUGGUGGUGGUAGUCGCAGGUGCGACUAACUGCAACCAGCAGUGCGAUAAACAGAGGUAUCACAGCGAUGCAGAGCCGCCAGGUGUGGCCG
....(((((((((((....)))).......(((((((..(((((((....))))))).(((((....((..((.((((........)))).))))..))))).))))))))))).))).. ( -48.00)
>DroVir_CAF1 8664 120 - 1
AUUAGUGCGCCCACUACCACAUCUUGCCAAUGAUGAUGAUAGUCACAGGUGCGACUAACGGCUACCAAGGCGGCCACAAUAAGGGGCAUAAUGGCAAUGAAUAGACGCCAAGUGUGGCCC
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>DroPse_CAF1 9615 120 - 1
AUGAUGGCGCCCACAGUCACAUCCUGCCAGUGAUGGUGGUAGUCGCAUGUGCGACUAACCGCCACCAGGGUGGCAAUGACCAGCGGAAUAACAGCAAUGCACAGGCGCCAGGUGUGGCCG
....(((((((....((((....(..((..((.(((((((((((((....)))))).))))))).)).))..)...))))..((.........))........)))))))((.....)). ( -50.20)
>DroGri_CAF1 8950 120 - 1
AUUAGCGCACCCACAACCACAUCCUGCCAAUGAUGGUGAUAGUCACAGGUGCGACUGAUUGCCACCAAGGCGGCCACAAUAAGCGGCAUGACAGCAAUGCACAGCCGCCAAGUGUGCCCC
(((((((((((........((((........))))(((.....))).)))))).))))).(((.....)))(((.(((....(((((.((.((....))))..)))))....)))))).. ( -42.80)
>DroMoj_CAF1 8142 120 - 1
AUGAGUGAGCCCACUGUCACAUCCUGCCAAUGAUGGUGAUAGUCGCAGGUGCGACUAACGGCCACCAAGGAGGCCACAAUCAGAGGAAUAACAGAGAUGCACAUUCGCCAAGUCUGGCCC
..(((((.((.(.((((....((((((((....))))(((((((((....)))))))..((((.(....).))))....))..))))...)))).)..)).)))))((((....)))).. ( -41.90)
>DroPer_CAF1 11080 120 - 1
AUGAUGGCUCCCACAGUCACAUCCUGCCAGUGAUGGUGGUAGUCGCAUGUGCGACUAACCGCCACCAAAGUGGCAAUGACCAGCGGAAUCACAGCAAUGCACAGGCGCCAGGUGUGGCCG
.((.(((...)))))((((((((.((((.(((.(((((((((((((....)))))).)))(((((....)))))....))))((.........))....))).))))...)))))))).. ( -46.80)
>consensus
AUGAGCGCGCCCACAGUCACAUCCUGCCAAUGAUGGUGAUAGUCGCAGGUGCGACUAACCGCCACCAAGGCGGCCACAAUCAGCGGAAUAACAGCAAUGCACAGCCGCCAAGUGUGGCCC
...............((((((.((((((..((.(((((((((((((....))))))).)))))).))....)))..........((.....................))))))))))).. (-23.03 = -24.73 +   1.70)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 0

Location 1,392,779 – 1,392,899
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 79.06
Mean single sequence MFE -47.62
Consensus MFE -26.02
Energy contribution -26.28
Covariance contribution 0.26
Combinations/Pair 1.48
Mean z-score -3.61
Structure conservation index 0.55
SVM decision value 2.20
SVM RNA-class probability 0.990116
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 1392779 120 + 27905053
UUUAUCGCACUGCUGGUUGCAGUUAGUCGCACCUGCGACUACCACCACCACUGGCAGGAUGUGACCAUCGGCGGGCUGAUUGGCCUGUUUGCAGGCUAUAUAAGCUACACACAAUACUAU
.....(((.((((..((.(..(((((((((....)))))))..))..).))..))))((((....)))).)))((((...(((((((....)))))))....)))).............. ( -45.60)
>DroVir_CAF1 8704 120 + 1
AUUGUGGCCGCCUUGGUAGCCGUUAGUCGCACCUGUGACUAUCAUCAUCAUUGGCAAGAUGUGGUAGUGGGCGCACUAAUCGGCCUGGCCACCGGAUACAUUAGCUACCGACAAUAUUAU
...((((((((....)).(((((((((.((.(((...(((((((.((((........)))))))))))))).))))))).))))..))))))(((............))).......... ( -42.80)
>DroPse_CAF1 9655 120 + 1
GUCAUUGCCACCCUGGUGGCGGUUAGUCGCACAUGCGACUACCACCAUCACUGGCAGGAUGUGACUGUGGGCGCCAUCAUUGGCCUGCUCACGGGCUAUAUCAGCUACAGACAAUAUUAU
(((.((((((...((((((.(((.((((((....))))))))).)))))).))))))((((((.((((((((((((....))))..))))))))..)))))).......)))........ ( -57.60)
>DroGri_CAF1 8990 120 + 1
AUUGUGGCCGCCUUGGUGGCAAUCAGUCGCACCUGUGACUAUCACCAUCAUUGGCAGGAUGUGGUUGUGGGUGCGCUAAUUGGCCUCGUCAGCGGAUACUUUAGCUACAGGCAAUAUUAU
((((..(((((....)))))...))))((((((((..((((((.(((....)))...)))..)))..)))))))).((((..((((.((.(((..........)))))))))...)))). ( -42.90)
>DroMoj_CAF1 8182 120 + 1
AUUGUGGCCUCCUUGGUGGCCGUUAGUCGCACCUGCGACUAUCACCAUCAUUGGCAGGAUGUGACAGUGGGCUCACUCAUUGGUCUAUUCAGUGGAUACAUCAGUUAUAGACAAUAUUAU
(((((.(((....((((((..(.(((((((....))))))).).))))))..)))..(((((..(((((((....)))))))((((((...)))))))))))........)))))..... ( -41.40)
>DroPer_CAF1 11120 120 + 1
GUCAUUGCCACUUUGGUGGCGGUUAGUCGCACAUGCGACUACCACCAUCACUGGCAGGAUGUGACUGUGGGAGCCAUCAUUGGCCUGCUCACGGGCUAUAUCAGCUACAGACAAUAUUAU
(((.((((((...((((((.(((.((((((....))))))))).)))))).))))))((((((.(((((((.((((....))))...)))))))..)))))).......)))........ ( -55.40)
>consensus
AUUAUGGCCACCUUGGUGGCAGUUAGUCGCACCUGCGACUACCACCAUCACUGGCAGGAUGUGACUGUGGGCGCACUCAUUGGCCUGCUCACCGGAUACAUCAGCUACAGACAAUAUUAU
......((((...((((((....(((((((....)))))))))))))....)))).....((((..((((((..........))))))))))............................ (-26.02 = -26.28 +   0.26)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 1

Location 1,392,779 – 1,392,899
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 79.06
Mean single sequence MFE -41.78
Consensus MFE -19.32
Energy contribution -20.52
Covariance contribution 1.20
Combinations/Pair 1.33
Mean z-score -2.45
Structure conservation index 0.46
SVM decision value 0.56
SVM RNA-class probability 0.782874
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 1392779 120 - 27905053
AUAGUAUUGUGUGUAGCUUAUAUAGCCUGCAAACAGGCCAAUCAGCCCGCCGAUGGUCACAUCCUGCCAGUGGUGGUGGUAGUCGCAGGUGCGACUAACUGCAACCAGCAGUGCGAUAAA
...(((((((.(((((........(((((....))))).......(((((((.((((........)))).)))))).).(((((((....))))))).)))))....)))))))...... ( -44.50)
>DroVir_CAF1 8704 120 - 1
AUAAUAUUGUCGGUAGCUAAUGUAUCCGGUGGCCAGGCCGAUUAGUGCGCCCACUACCACAUCUUGCCAAUGAUGAUGAUAGUCACAGGUGCGACUAACGGCUACCAAGGCGGCCACAAU
..........(((..((....))..)))((((((.(((((.((((((((((.((((.((((((........)))).)).))))....))))).)))))))))).(....).))))))... ( -44.00)
>DroPse_CAF1 9655 120 - 1
AUAAUAUUGUCUGUAGCUGAUAUAGCCCGUGAGCAGGCCAAUGAUGGCGCCCACAGUCACAUCCUGCCAGUGAUGGUGGUAGUCGCAUGUGCGACUAACCGCCACCAGGGUGGCAAUGAC
....(((((((((((.....))))((((.((.(((((...(((.((((.......)))))))))))))).((.(((((((((((((....)))))).))))))).))))))))))))).. ( -48.60)
>DroGri_CAF1 8990 120 - 1
AUAAUAUUGCCUGUAGCUAAAGUAUCCGCUGACGAGGCCAAUUAGCGCACCCACAACCACAUCCUGCCAAUGAUGGUGAUAGUCACAGGUGCGACUGAUUGCCACCAAGGCGGCCACAAU
.....................((..(((((...(.(((.((((((((((((........((((........))))(((.....))).)))))).))))))))).)...)))))..))... ( -37.30)
>DroMoj_CAF1 8182 120 - 1
AUAAUAUUGUCUAUAACUGAUGUAUCCACUGAAUAGACCAAUGAGUGAGCCCACUGUCACAUCCUGCCAAUGAUGGUGAUAGUCGCAGGUGCGACUAACGGCCACCAAGGAGGCCACAAU
....((((((((((...((.......))....))))).)))))((((....))))((((((((........))).)))))((((((....))))))...((((.(....).))))..... ( -31.00)
>DroPer_CAF1 11120 120 - 1
AUAAUAUUGUCUGUAGCUGAUAUAGCCCGUGAGCAGGCCAAUGAUGGCUCCCACAGUCACAUCCUGCCAGUGAUGGUGGUAGUCGCAUGUGCGACUAACCGCCACCAAAGUGGCAAUGAC
.......((.((((.(((.((.......)).))).(((((....)))))...)))).))(((..(((((.((.(((((((((((((....)))))).))))))).))...)))))))).. ( -45.30)
>consensus
AUAAUAUUGUCUGUAGCUGAUAUAGCCCGUGAACAGGCCAAUGAGCGCGCCCACAGUCACAUCCUGCCAAUGAUGGUGAUAGUCGCAGGUGCGACUAACCGCCACCAAGGCGGCCACAAU
........((((((..................))))))...........................(((..((.(((((((((((((....))))))).)))))).))....)))...... (-19.32 = -20.52 +   1.20)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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