Locus 3571

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 9,670,187 – 9,670,297
Length 110
Max. P 0.823141
window5739

overview

Window 9

Location 9,670,187 – 9,670,297
Length 110
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 91.04
Mean single sequence MFE -38.40
Consensus MFE -27.76
Energy contribution -28.00
Covariance contribution 0.24
Combinations/Pair 1.04
Mean z-score -2.46
Structure conservation index 0.72
SVM decision value 0.69
SVM RNA-class probability 0.823141
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 9670187 110 + 27905053
GCUGUUGUGCAAUUGGCCUUAU------AAGUUGGUGGGUAGAACGUACCCAUAAGAUAUGUGG----GUGCGGGGCUUUGUUAGCUUUCCGUACUCAAAGAUUGGCUCUUACAAUGGGU
.((((((((.....((((....------......(((((((.....)))))))..(((...(((----((((((((((.....))))..)))))))))...)))))))..)))))))).. ( -38.30)
>DroSec_CAF1 61997 110 + 1
GCUGUUGUGCAAUUGGCCUUAU------AAGUGGGUGGGUAGAACGUACCCAUAAGAUAUGUGG----GUGCGGGGCUUUGUUAGCUUUCCGUACUCAAAGAUUGGCUCUUACAAUGGGU
.((((((((.....((((....------..(((((((.(.....).)))))))..(((...(((----((((((((((.....))))..)))))))))...)))))))..)))))))).. ( -40.60)
>DroSim_CAF1 64899 110 + 1
GCUGUUGUGCAAUUGGCCUUAU------AAGUGGGUGGGUAGAACGUACUCAAUAGAUAUGUGG----GUGCGGGGCUUUGUUAGCUUUCCGUACUCAAAGAUUGGCUCUUACAAUGGGU
.((((((((.....((((....------...((((((.(.....).))))))...(((...(((----((((((((((.....))))..)))))))))...)))))))..)))))))).. ( -36.20)
>DroEre_CAF1 63042 109 + 1
GCUGUUGUGCAAUUGGCCUUAU------AAAUAGGUGGGUAGAACGUACCCAGCA-AUAUGUGG----GUGCGGGGCUUUGUUAGCUUUCCGUACUCACAGAUUGGCUCUUACAAUGGGU
.((((((((.....((((....------.....(.((((((.....)))))).)(-((.(((((----((((((((((.....))))..))))))))))).)))))))..)))))))).. ( -42.60)
>DroYak_CAF1 67003 117 + 1
GCUGUUGUGCAAUUGGCCUUAUACGAGUAAGUAGGUGGGUAGAACGUAGCCAGCA-UUAUGUGGGUGGGUGCGGGGCUUUGUUAGCUUUCCGUACUCAAAGAUUGGCUCUUACAAUGC--
((.((((((......((((..(((......)))...)))).....(.((((((((-(...)))..(((((((((((((.....))))..)))))))))....))))))).))))))))-- ( -34.30)
>consensus
GCUGUUGUGCAAUUGGCCUUAU______AAGUAGGUGGGUAGAACGUACCCAGAAGAUAUGUGG____GUGCGGGGCUUUGUUAGCUUUCCGUACUCAAAGAUUGGCUCUUACAAUGGGU
.((((((((.....((((.................((((((.....))))))................((((((((((.....))))..)))))).........))))..)))))))).. (-27.76 = -28.00 +   0.24)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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