Locus 3562

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>3R_DroMel_CAF1 9644742 103 + 27905053
UCUAAUGCCAA-AACACGUUGCAAUUUUCAUU-GCUUGGCACUGACUUUAGGC-----UUG-UUGGCCAAGUCCAAGUUAAC---CAAUUGCGC--AGCCAGU--GCCAUU-UGGCGAG
.....((((((-(.......(((((....)))-)).((((((((.((...(((-----(..-..))))..((.(((......---...))).))--)).))))--))))))-))))).. ( -33.30)
>DroVir_CAF1 43600 98 + 1
UCUAAUGCCAA-AACACGUUGCAAUUUUCAUU-ACUUGGCACUGACUUUAAUGC----CUC-UUGGCCAAGUCCAAGUGAAC---AAAUUGCAGCCAGCCAAA--GCCGU---------
......((...-.....((((((((((...((-((((((.(((.........((----(..-..)))..)))))))))))..---))))))))))........--))...--------- ( -25.69)
>DroGri_CAF1 50516 109 + 1
UCUAAUGCCAAAAACACGUUGCAGUUUUCAUUCACUUGGCACUGACUUUAAGCCGCUGCUG-UUGGCCAAGUCCAAGUGAACAAAAAAUUGCACUUAGCCAAAAAGACGU---------
...............(((((((((((((..(((((((((.(((..((...(((....))).-..))...))))))))))))...)))))))))(((.......)))))))--------- ( -28.20)
>DroWil_CAF1 40359 105 + 1
UCUAAUGCCAA-AACACGUUGCCAUUUUCAUU-ACUUGGCACUGACUUUAAGC-----UGGCUUGGCCAAGUCCAAGUUAAC---AAAUUGCGC--AGCCAUA--GCCACUAAAUACAU
...........-....((.(((((........-...))))).))......((.-----(((((((((...((.(((......---...))).))--.)))).)--))))))........ ( -20.90)
>DroMoj_CAF1 46519 103 + 1
UCUAAUGCCAA-AGCACGUUGCAAUUUUCAUU-GCUUGGCACUGACUUUAAAGC--GACUG-UUGGCCAAGUCCAAGUGAACAACAAAUUGCAGCUAGAUAAA--GUGCU---------
...........-((((((((((((((((((((-(((((((...(((........--....)-)).)))))))...))))).....))))))))))........--)))))--------- ( -27.50)
>DroAna_CAF1 36976 97 + 1
UCUAAUGCCAA-AACACGUUGCAAUUUUCAUG-GCUUGGCACUGACUUUAGGC-----CUG-UUGGCCAAGUCCAAGUUAAC---CAAUUGCGC--AGCC--------AUU-CAGCCCG
...........-.....((.((((((....((-((((((.(((.......(((-----(..-..)))).)))))))))))..---.))))))))--....--------...-....... ( -23.20)
>consensus
UCUAAUGCCAA_AACACGUUGCAAUUUUCAUU_ACUUGGCACUGACUUUAAGC_____CUG_UUGGCCAAGUCCAAGUGAAC___AAAUUGCAC__AGCCAAA__GCCAU_________
...................((((((((......((((((.(((..((.................))...))))))))).......)))))))).......................... (-14.34 = -14.20 +  -0.14) 

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>3R_DroMel_CAF1 9644742 103 - 27905053
CUCGCCA-AAUGGC--ACUGGCU--GCGCAAUUG---GUUAACUUGGACUUGGCCAA-CAA-----GCCUAAAGUCAGUGCCAAGC-AAUGAAAAUUGCAACGUGUU-UUGGCAUUAGA
...((((-((((((--(((((((--..((..(((---(((((.......))))))))-...-----))....))))))))))).((-(((....))))).......)-)))))...... ( -42.30)
>DroVir_CAF1 43600 98 - 1
---------ACGGC--UUUGGCUGGCUGCAAUUU---GUUCACUUGGACUUGGCCAA-GAG----GCAUUAAAGUCAGUGCCAAGU-AAUGAAAAUUGCAACGUGUU-UUGGCAUUAGA
---------.((((--(......)))))......---((((....))))...(((((-(((----(((((......))))))..((-(((....)))))......))-)))))...... ( -29.20)
>DroGri_CAF1 50516 109 - 1
---------ACGUCUUUUUGGCUAAGUGCAAUUUUUUGUUCACUUGGACUUGGCCAA-CAGCAGCGGCUUAAAGUCAGUGCCAAGUGAAUGAAAACUGCAACGUGUUUUUGGCAUUAGA
---------..(((.....(((....((((..((((..(((((((((..(((((...-.(((....)))....)))))..)))))))))..)))).))))....)))...)))...... ( -33.90)
>DroWil_CAF1 40359 105 - 1
AUGUAUUUAGUGGC--UAUGGCU--GCGCAAUUU---GUUAACUUGGACUUGGCCAAGCCA-----GCUUAAAGUCAGUGCCAAGU-AAUGAAAAUGGCAACGUGUU-UUGGCAUUAGA
...........(((--(..((((--(.((.....---(....)((((......))))))))-----)))...))))(((((((((.-.......(((....)))..)-))))))))... ( -26.70)
>DroMoj_CAF1 46519 103 - 1
---------AGCAC--UUUAUCUAGCUGCAAUUUGUUGUUCACUUGGACUUGGCCAA-CAGUC--GCUUUAAAGUCAGUGCCAAGC-AAUGAAAAUUGCAACGUGCU-UUGGCAUUAGA
---------.(.((--((((...(((.((....(((((..((........))..)))-)))).--))).)))))))((((((((((-(((....)))))........-))))))))... ( -27.40)
>DroAna_CAF1 36976 97 - 1
CGGGCUG-AAU--------GGCU--GCGCAAUUG---GUUAACUUGGACUUGGCCAA-CAG-----GCCUAAAGUCAGUGCCAAGC-CAUGAAAAUUGCAACGUGUU-UUGGCAUUAGA
..((((.-...--------((((--......(((---(((((.......))))))))-..)-----)))...))))(((((((((.-((((..........)))).)-))))))))... ( -29.20)
>consensus
_________AUGGC__UUUGGCU__GCGCAAUUU___GUUAACUUGGACUUGGCCAA_CAG_____GCUUAAAGUCAGUGCCAAGC_AAUGAAAAUUGCAACGUGUU_UUGGCAUUAGA
...........................(((((((........(((((..(((((...................)))))..))))).......)))))))...((((.....)))).... (-14.46 = -14.99 +   0.53) 

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