Locus 3539

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	9,571,367 – 9,571,502
Length	135
Max. P	0.979790

overview

Window 0

Location	9,571,367 – 9,571,481
Length	114
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	80.84
Mean single sequence MFE	-50.43
Consensus MFE	-35.53
Energy contribution	-34.23
Covariance contribution	-1.30
Combinations/Pair	1.40
Mean z-score	-2.19
Structure conservation index	0.70
SVM decision value	0.94
SVM RNA-class probability	0.885721
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 9571367 114 - 27905053
UCGUCUGGUAGGCCAGCGGCAACUUCUUCUGCUGCUGCGCCAGGAUCGCUGCCUCCUG------CAGCUGCUGCAGCUUCUUGGCGUCCAUGGUGCCGGCGGUGAAGAGGGGCGGCGCCU
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>DroVir_CAF1 62425 111 - 1
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>DroGri_CAF1 59614 108 - 1
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>DroWil_CAF1 53906 114 - 1
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>DroMoj_CAF1 56823 114 - 1
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>DroPer_CAF1 46599 114 - 1
UCGUUUGGUAGGCCAGCGGCAGCUUUUUCUGCUGCUGGGCGAGUAUGGCCGCCUCCUG------CAGCUGCUGCAACUUCUUGGCGUCCAUGGUGCCGGCCGUGAAGAGCGGUGGCGCCU
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>consensus
UCGUUUGAUAGGCCAGCGGCAGCUUCUUCUGCUGCUGGGC_A___CCGCUGCCGCCUG______CAACUGCUGCAGCUUCUUGGCGUCCAUGGUGCCGGCCGUGAAGAGCGGUGGCGCCU
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alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	9,571,407 – 9,571,502
Length	95
Sequences	6
Columns	114
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	75.97
Mean single sequence MFE	-41.97
Consensus MFE	-27.70
Energy contribution	-27.40
Covariance contribution	-0.30
Combinations/Pair	1.28
Mean z-score	-2.18
Structure conservation index	0.66
SVM decision value	1.85
SVM RNA-class probability	0.979790
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 9571407 95 - 27905053
-------------------CCGUUCGGUAGUCCACGAGAUUCGUCUGGUAGGCCAGCGGCAACUUCUUCUGCUGCUGCGCCAGGAUCGCUGCCUCCUGCAGCUGCUGCAGCUUC
-------------------..((((((((((((((.(((....))).)).(((((((((((........)))))))).))).)))).(((((.....)))))))))).)))... ( -40.80)
>DroVir_CAF1 62465 105 - 1
G------GCGAAUGUGUUGCCGUGCGAUAAUCAAUCAGAUUUGUUUGAUAGGCCAGCGGCAGUUUCUUCUGCUGCUGGGCUG---CCGUUGCCGCCUGUAACUGUUGCAGCUUC
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>DroPse_CAF1 46538 108 - 1
G------GCGAAUGUGUGGCCGUGCGGUAGUCCAUGAGAUUCGUUUGGUACGCCAGCGGCAGCUUUUUCUGCUGCUGGGCCAGUAUGGCCGCCUCCUGCAGCUGCUGCAACUUC
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>DroWil_CAF1 53946 108 - 1
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>DroAna_CAF1 56151 95 - 1
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>DroPer_CAF1 46639 108 - 1
G------GCGAAUGUGUGGCCGUGCGGUAGUCCAUGAGAUUCGUUUGGUAGGCCAGCGGCAGCUUUUUCUGCUGCUGGGCGAGUAUGGCCGCCUCCUGCAGCUGCUGCAACUUC
(------(((..(((((((((((((((....)).................(.((((((((((......)))))))))).)..)))))))))).....)))..))))........ ( -45.60)
>consensus
G______GCGAAUG_____CCGUGCGGUAGUCCAUGAGAUUCGUUUGGUAGGCCAGCGGCAGCUUUUUCUGCUGCUGGGCCAGUAUGGCCGCCUCCUGCAGCUGCUGCAGCUUC
......................(((((((((..((.(((....))).)).((((((((((((......)))))))))(((.......)))))).......)))))))))..... (-27.70 = -27.40 +  -0.30)

alignment

secondary structure

dotplot

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