Locus 3525

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 9,523,622 – 9,523,803
Length 181
Max. P 0.986015
window5666 window5667 window5668

overview

Window 6

Location 9,523,622 – 9,523,742
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 79.56
Mean single sequence MFE -51.63
Consensus MFE -31.50
Energy contribution -31.67
Covariance contribution 0.17
Combinations/Pair 1.33
Mean z-score -3.67
Structure conservation index 0.61
SVM decision value 2.03
SVM RNA-class probability 0.986015
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 9523622 120 + 27905053
GUUGAGGUGCCGCAGCUCCGGUAGACUGUACAUCGCACGCGGCAGCUGGCUGAGUUUGUUGUGGCUCACAUUAAGGCGCACUAGCUUUUCCAGCUUGCCGAUCUCCGGUGGUAACUCCAC
((.(((.(((((.....((((.(((.(((.....)))..((((((((((..(((((.((.(((.((.......)).))))).)))))..))))).))))).)))))))))))).))).)) ( -44.30)
>DroPse_CAF1 569 120 + 1
AUUCAGAUGCCGCAGCUCCGGCAGGCUGUACAGCUCUCGCGGCAAAUCGCUGAGCUUGUUGCGACUCACAUUCAGGCGCAUAAGCUUCUCCAGCUUACCGAUCUCCGCCGGCAGAGCAAC
...(((.(((((......)))))..)))....((((((.((((.....(((((((((((.(((.((........))))))))))))....)))).....(.....)))))).)))))... ( -40.90)
>DroWil_CAF1 592 120 + 1
AUUGAGAUGCCUCAGGACCGGCAAACUGAAGAGCUCACGCGGCAAUUGACUUAGCUUAUUGUGGCUAAGAUUCAGCCGCGUGAGCUUCUCUAGUUUGCCGAUCUGGGGUGGCAACUCAAC
.(((((.((((.(.(((.(((((((((((..((((((((((((...((((((((((......)))))))..)))))))))))))))..)).))))))))).)))...).)))).))))). ( -70.20)
>DroMoj_CAF1 557 120 + 1
GUUCAGAUGCCGCAGCUCUGGCAAGCUGUAGAGGUCGGGCGGUAAUUCCUUUAGCUUAUUGUGGCUAAGAUUCAGGCGCACCAGCUUCUCCAGCUUGCCAAUCUGCGGCGGCAGCUCGAC
(((.((.((((((.((..((((((((((.((((((.(((((.(......(((((((......))))))).....).))).)).)))))).))))))))))....)).)))))).)).))) ( -57.30)
>DroAna_CAF1 549 120 + 1
GUUGAGAUGCCGCAGGUCCGGCAAACUGUAGAUCUCACGCGGCAGGUGACUGAGCUUAUUGUGGCUCACAUUCAGGCGCAUGAGCUUCUCCAGUUUGCCGAUCUCUGGCGGCAGCUCCAC
((.(((.(((((((((((.(((((((((.(((.((((.(((.(((....))(((((......))))).......).))).))))..))).))))))))))))))...)))))).))).)) ( -59.90)
>DroPer_CAF1 568 120 + 1
AUUCAGAUGCCGCAGCUCCGGCAGGCUGUACAGCUCUCGCGGCAAAUCGCAGAGCUUGUUGCGACUCACAUUCAGACGCAUAAGCUUCUCCAGCUUACCGAUCUCCGCCGGCAGAUCAAC
...(((.(((((......)))))..))).((((((((.((((....))))))))).)))((((.((.......)).))))((((((.....))))))..(((((((...)).)))))... ( -37.20)
>consensus
AUUCAGAUGCCGCAGCUCCGGCAAACUGUACAGCUCACGCGGCAAAUCGCUGAGCUUAUUGUGGCUCACAUUCAGGCGCAUAAGCUUCUCCAGCUUGCCGAUCUCCGGCGGCAGCUCAAC
.......((((((.....((((((((((...((((...(((.(.......((((((......))))))......).)))...))))....)))))))))).......))))))....... (-31.50 = -31.67 +   0.17)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 7

Location 9,523,622 – 9,523,742
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 79.56
Mean single sequence MFE -52.05
Consensus MFE -33.90
Energy contribution -35.19
Covariance contribution 1.28
Combinations/Pair 1.32
Mean z-score -3.65
Structure conservation index 0.65
SVM decision value 1.94
SVM RNA-class probability 0.983432
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 9523622 120 - 27905053
GUGGAGUUACCACCGGAGAUCGGCAAGCUGGAAAAGCUAGUGCGCCUUAAUGUGAGCCACAACAAACUCAGCCAGCUGCCGCGUGCGAUGUACAGUCUACCGGAGCUGCGGCACCUCAAC
...(((......(((((((((((((.(((((....((....)).........((((..........)))).)))))))))).((((...)))).)))).)))).((....))..)))... ( -37.40)
>DroPse_CAF1 569 120 - 1
GUUGCUCUGCCGGCGGAGAUCGGUAAGCUGGAGAAGCUUAUGCGCCUGAAUGUGAGUCGCAACAAGCUCAGCGAUUUGCCGCGAGAGCUGUACAGCCUGCCGGAGCUGCGGCAUCUGAAU
.......(((((.(((...((((((.((((....(((((.((((.......(..((((((..........))))))..))))).)))))...)))).))))))..))))))))....... ( -47.51)
>DroWil_CAF1 592 120 - 1
GUUGAGUUGCCACCCCAGAUCGGCAAACUAGAGAAGCUCACGCGGCUGAAUCUUAGCCACAAUAAGCUAAGUCAAUUGCCGCGUGAGCUCUUCAGUUUGCCGGUCCUGAGGCAUCUCAAU
((((((.((((....((((((((((((((..(((.(((((((((((.....((((((........))))))......))))))))))))))..))))))))))).))).)))).)))))) ( -69.30)
>DroMoj_CAF1 557 120 - 1
GUCGAGCUGCCGCCGCAGAUUGGCAAGCUGGAGAAGCUGGUGCGCCUGAAUCUUAGCCACAAUAAGCUAAAGGAAUUACCGCCCGACCUCUACAGCUUGCCAGAGCUGCGGCAUCUGAAC
.((.((.((((((.((...(((((((((((.(((.(.(((.(((..(((.(((((((........))))..))).))).)))))).).))).))))))))))).)).)))))).)))).. ( -49.90)
>DroAna_CAF1 549 120 - 1
GUGGAGCUGCCGCCAGAGAUCGGCAAACUGGAGAAGCUCAUGCGCCUGAAUGUGAGCCACAAUAAGCUCAGUCACCUGCCGCGUGAGAUCUACAGUUUGCCGGACCUGCGGCAUCUCAAC
...(((.((((((.((.(.(((((((((((.(((..(((((((((.(((...(((((........))))).)))...).)))))))).))).))))))))))).))))))))).)))... ( -58.70)
>DroPer_CAF1 568 120 - 1
GUUGAUCUGCCGGCGGAGAUCGGUAAGCUGGAGAAGCUUAUGCGUCUGAAUGUGAGUCGCAACAAGCUCUGCGAUUUGCCGCGAGAGCUGUACAGCCUGCCGGAGCUGCGGCAUCUGAAU
.......(((((.(((...((((((.((((....(((((.((((.......(..(((((((........)))))))..))))).)))))...)))).))))))..))))))))....... ( -49.51)
>consensus
GUUGAGCUGCCGCCGGAGAUCGGCAAGCUGGAGAAGCUCAUGCGCCUGAAUGUGAGCCACAACAAGCUCAGCCAAUUGCCGCGUGAGCUCUACAGCCUGCCGGAGCUGCGGCAUCUCAAC
.......(((((.(((...((((((.((((....((((((((((.(......(((((........))))).......).))))))))))...)))).))))))..))))))))....... (-33.90 = -35.19 +   1.28)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 8

Location 9,523,702 – 9,523,803
Length 101
Sequences 6
Columns 106
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 81.69
Mean single sequence MFE -24.48
Consensus MFE -17.15
Energy contribution -18.23
Covariance contribution 1.08
Combinations/Pair 1.05
Mean z-score -1.61
Structure conservation index 0.70
SVM decision value 0.26
SVM RNA-class probability 0.658931
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 9523702 101 - 27905053
-UACAAU-UACUAUUAGGCUUUUUAAUUUAAAAUCCA---CAUAUUAGCUGCACGAUAAUGCUUUGGUGGAGUUACCACCGGAGAUCGGCAAGCUGGAAAAGCUAG
-......-........((((((((.............---.....(((((((.((((....(((((((((.....))))))))))))))).))))))))))))).. ( -28.86)
>DroSec_CAF1 683 101 - 1
-UACAAU-UACUAUUAGUCUUUUUAAUUUAAAAUCCA---CAUAUUAGCUGCACGAUAAUGCUUUGGUGGAGUUACCACCGGAGAUCGGCAAGCUGGAAAAGCUAA
-......-.....((((.((((((.............---.....(((((((.((((....(((((((((.....))))))))))))))).))))))))))))))) ( -26.56)
>DroSim_CAF1 690 101 - 1
-UACAAU-UACUAUUAGUCUUUUUAAUUUAAACUCCA---UAUAUUAGCUGCACGAUAAUGCUUUGGUGGAGUUACCACCGGAGAUCGGCAAGCUGGAAAAGCUAA
-......-.....((((.((((((.............---.....(((((((.((((....(((((((((.....))))))))))))))).))))))))))))))) ( -26.56)
>DroEre_CAF1 743 101 - 1
-UAUUAU-CCCUUUGAAUCCUUUUAAUGCAAAAUCCA---AAUAUUAGCUGCAUGAUAAUGCGUUGGUGGAGUUGCCACCGGAGAUCGGAAAGCUGGAAAAGCUAA
-.....(-((..(((((....))))).......(((.---......(((.((((....)))))))(((((.....))))))))....))).((((.....)))).. ( -23.10)
>DroWil_CAF1 672 102 - 1
CUACUAUAGACCAUUGGAC----UACAUUAAAUUCCUUUCCCUUUCAGCUGCAUGACAAUGCGUUGGUUGAGUUGCCACCCCAGAUCGGCAAACUAGAGAAGCUCA
...((.(((......(((.----..........))).......(((((((((((....))))...)))))))(((((..........))))).))).))....... ( -17.00)
>DroYak_CAF1 755 101 - 1
-GAUUAU-UACCAUGAAACCCUUUAAUGUAAAAUCAA---CAUAUUAGCUGCAUGAUAAUGCUUUGGUGGAGUUGCCACCGGAGAUCGGGAAGCUGGAAAAGCUAA
-((((.(-(((..((((....))))..))))))))..---....((((((((((....))))((((((((.....))))))))..((((....))))...)))))) ( -24.80)
>consensus
_UACAAU_UACUAUUAGUCUUUUUAAUUUAAAAUCCA___CAUAUUAGCUGCACGAUAAUGCUUUGGUGGAGUUACCACCGGAGAUCGGCAAGCUGGAAAAGCUAA
............................................((((((...((((....(((((((((.....)))))))))))))...))))))......... (-17.15 = -18.23 +   1.08)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:03:23 2006