Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 9,509,590 – 9,509,722 |
Length | 132 |
Max. P | 0.999337 |
Location | 9,509,590 – 9,509,708 |
---|---|
Length | 118 |
Sequences | 5 |
Columns | 118 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 94.92 |
Mean single sequence MFE | -40.14 |
Consensus MFE | -36.54 |
Energy contribution | -36.94 |
Covariance contribution | 0.40 |
Combinations/Pair | 1.06 |
Mean z-score | -2.29 |
Structure conservation index | 0.91 |
SVM decision value | 3.52 |
SVM RNA-class probability | 0.999337 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 9509590 118 - 27905053 AUUUUCCGCGGACCGACGCUAGAGCGUUGGUCUGACCACGACGAUAAUAUCUGCGUAUCGAUACUCGGCCAGAGAGUACAGCGAUAGUUGCAUAUGACGAGAAUGUGAGCUGUUAUCG ........(((((((((((....))))))))))).......((((((((.((((((.(((.(((((.......)))))((((....)))).......)))..)))).)).)))))))) ( -40.60) >DroSec_CAF1 139276 118 - 1 AUUUUCCGCGGACCGACGCUAGAGCGUUGGUCUGACCACGACGAUAAUAUCUGCGUAUCGAUACUCGGCCAGAGAGUACAGCGAUAGUUGCAUUUGACGAGAAUGUGAGCUGUUAUCG ........(((((((((((....))))))))))).......((((((((...((.(((((.(((((.......)))))...))))).(..(((((.....)))))..))))))))))) ( -42.20) >DroSim_CAF1 129414 118 - 1 AUUUUCCGCGGACCGACGCUAGAGCGUUGGUCUGACCACGACGAUAAUAUCUGCGUAUCGAUACUCGGCCAGAGAGUACAGCGAUAGUUGCAUUUGACGAGAAUGUGAGCUGUUAUCG ........(((((((((((....))))))))))).......((((((((...((.(((((.(((((.......)))))...))))).(..(((((.....)))))..))))))))))) ( -42.20) >DroEre_CAF1 147130 118 - 1 AUUUUCCGCGGACCGACGCUAGAGCGUUGGUCUGACCACGACGAUAAUAUCUGAGUAUCGAUACUUGGCAUUACAGUACAGCGAUAGUUGCAUAUGACGAAAAUAUGAGUUGUUAUCG ........(((((((((((....))))))))))).......((((((((.((((.(((((.((((.(......)))))...))))).)).(((((.......))))))).)))))))) ( -37.90) >DroYak_CAF1 140865 118 - 1 AUUUUCCGCGGACCGACGCUAGAGCGUUGGUCUGACCACGACGAUAAUAUCUGAGUAUCGAUACUUGGCAUUACAGUACAGCGAUAGUUGCAUAUGACGAGAAUAUGAGCUAUUAUCG ........(((((((((((....))))))))))).......((((((((.((((.(((((.((((.(......)))))...))))).)).(((((.......))))))).)))))))) ( -37.80) >consensus AUUUUCCGCGGACCGACGCUAGAGCGUUGGUCUGACCACGACGAUAAUAUCUGCGUAUCGAUACUCGGCCAGAGAGUACAGCGAUAGUUGCAUAUGACGAGAAUGUGAGCUGUUAUCG ........(((((((((((....))))))))))).......((((((((.((...(((((.(((((.......)))))...)))))....(((((.......))))))).)))))))) (-36.54 = -36.94 + 0.40)
Location | 9,509,630 – 9,509,722 |
---|---|
Length | 92 |
Sequences | 5 |
Columns | 92 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 95.00 |
Mean single sequence MFE | -25.10 |
Consensus MFE | -23.02 |
Energy contribution | -23.26 |
Covariance contribution | 0.24 |
Combinations/Pair | 1.04 |
Mean z-score | -1.47 |
Structure conservation index | 0.92 |
SVM decision value | 1.32 |
SVM RNA-class probability | 0.941946 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 9509630 92 + 27905053 UACUCUCUGGCCGAGUAUCGAUACGCAGAUAUUAUCGUCGUGGUCAGACCAACGCUCUAGCGUCGGUCCGCGGAAAAUAGCGAAAAUUACAA .......((((((.....(((((.........)))))...))))))((((.((((....)))).))))(((........))).......... ( -25.70) >DroSec_CAF1 139316 92 + 1 UACUCUCUGGCCGAGUAUCGAUACGCAGAUAUUAUCGUCGUGGUCAGACCAACGCUCUAGCGUCGGUCCGCGGAAAAUAGCGAAAAUCACAA ........(((..((((((........))))))...)))(((((..((((.((((....)))).))))(((........)))...))))).. ( -27.40) >DroSim_CAF1 129454 92 + 1 UACUCUCUGGCCGAGUAUCGAUACGCAGAUAUUAUCGUCGUGGUCAGACCAACGCUCUAGCGUCGGUCCGCGGAAAAUAGCGAAAAUCACAA ........(((..((((((........))))))...)))(((((..((((.((((....)))).))))(((........)))...))))).. ( -27.40) >DroEre_CAF1 147170 92 + 1 UACUGUAAUGCCAAGUAUCGAUACUCAGAUAUUAUCGUCGUGGUCAGACCAACGCUCUAGCGUCGGUCCGCGGAAAAUAGCAAAAAUCACAA .((.(((((((..((((....))))..).)))))).)).(((((..((((.((((....)))).)))).((........))....))))).. ( -22.50) >DroYak_CAF1 140905 92 + 1 UACUGUAAUGCCAAGUAUCGAUACUCAGAUAUUAUCGUCGUGGUCAGACCAACGCUCUAGCGUCGGUCCGCGGAAAAUAGCAAAAAUCACAA .((.(((((((..((((....))))..).)))))).)).(((((..((((.((((....)))).)))).((........))....))))).. ( -22.50) >consensus UACUCUCUGGCCGAGUAUCGAUACGCAGAUAUUAUCGUCGUGGUCAGACCAACGCUCUAGCGUCGGUCCGCGGAAAAUAGCGAAAAUCACAA ........(((..((((((........))))))...)))(((((..((((.((((....)))).)))).((........))....))))).. (-23.02 = -23.26 + 0.24)
Location | 9,509,630 – 9,509,722 |
---|---|
Length | 92 |
Sequences | 5 |
Columns | 92 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 95.00 |
Mean single sequence MFE | -29.00 |
Consensus MFE | -25.74 |
Energy contribution | -26.34 |
Covariance contribution | 0.60 |
Combinations/Pair | 1.00 |
Mean z-score | -1.88 |
Structure conservation index | 0.89 |
SVM decision value | 2.16 |
SVM RNA-class probability | 0.989279 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 9509630 92 - 27905053 UUGUAAUUUUCGCUAUUUUCCGCGGACCGACGCUAGAGCGUUGGUCUGACCACGACGAUAAUAUCUGCGUAUCGAUACUCGGCCAGAGAGUA .....(((((((((........(((((((((((....))))))))))).......(((((.........)))))......)))..)))))). ( -27.60) >DroSec_CAF1 139316 92 - 1 UUGUGAUUUUCGCUAUUUUCCGCGGACCGACGCUAGAGCGUUGGUCUGACCACGACGAUAAUAUCUGCGUAUCGAUACUCGGCCAGAGAGUA (((((.....(((........)))(((((((((....)))))))))....)))))(((((.........))))).(((((.......))))) ( -29.50) >DroSim_CAF1 129454 92 - 1 UUGUGAUUUUCGCUAUUUUCCGCGGACCGACGCUAGAGCGUUGGUCUGACCACGACGAUAAUAUCUGCGUAUCGAUACUCGGCCAGAGAGUA (((((.....(((........)))(((((((((....)))))))))....)))))(((((.........))))).(((((.......))))) ( -29.50) >DroEre_CAF1 147170 92 - 1 UUGUGAUUUUUGCUAUUUUCCGCGGACCGACGCUAGAGCGUUGGUCUGACCACGACGAUAAUAUCUGAGUAUCGAUACUUGGCAUUACAGUA ((((((....(((((.......(((((((((((....))))))))))).......(((((.........))))).....))))))))))).. ( -29.20) >DroYak_CAF1 140905 92 - 1 UUGUGAUUUUUGCUAUUUUCCGCGGACCGACGCUAGAGCGUUGGUCUGACCACGACGAUAAUAUCUGAGUAUCGAUACUUGGCAUUACAGUA ((((((....(((((.......(((((((((((....))))))))))).......(((((.........))))).....))))))))))).. ( -29.20) >consensus UUGUGAUUUUCGCUAUUUUCCGCGGACCGACGCUAGAGCGUUGGUCUGACCACGACGAUAAUAUCUGCGUAUCGAUACUCGGCCAGAGAGUA (((((......((........))((((((((((....))))))))))...)))))(((((.........))))).(((((.......))))) (-25.74 = -26.34 + 0.60)
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