Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 9,451,177 – 9,451,286 |
Length | 109 |
Max. P | 0.900430 |
Location | 9,451,177 – 9,451,286 |
---|---|
Length | 109 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 85.90 |
Mean single sequence MFE | -34.87 |
Consensus MFE | -28.53 |
Energy contribution | -29.28 |
Covariance contribution | 0.75 |
Combinations/Pair | 1.06 |
Mean z-score | -2.68 |
Structure conservation index | 0.82 |
SVM decision value | 1.01 |
SVM RNA-class probability | 0.900430 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 9451177 109 - 27905053 ---UGUGGC----ACUAGGCACAG---GCUACGGCAAGCAGCCAAAGACAAUUUUGU-UGGCACUAAUUGAAUGUAAAUACACUUUUGCUUUGCUGUCAAGUCUUGUGUCUAGGCGACGU ---.((.((----.((((((((((---((((((((((((((((((.((.....)).)-))))..........(((....)))....))).)))))))..)).))))))))))))).)).. ( -41.40) >DroPse_CAF1 81865 116 - 1 UUCUCUGGC---AACUAGGCACAGUGGUGUACGGCAAGCAGCCAAAGACAAUUUUGU-UGGCACUAAUUGAAUGUAAAUACAAUUUUGCUUUGCUGUCAAGUCUUGUGUCUAGUCGACGA .....((.(---.(((((((((((...((.(((((((((((((((.((.....)).)-))))...(((((.((....)).))))).))).)))))))))....))))))))))).).)). ( -34.90) >DroGri_CAF1 120722 108 - 1 ---CUG-GA----ACUAGGCGCAG---UCGACGACAGGCAGCCAAAGACAAUUUUGU-UGGCACUAAUUGAAUGUAAAUACAAUUUUGCUUUGCUGUCAAGUCUUGUGUCUAGUCAUCGU ---...-((----.((((((((((---..(((....((((((.((((.(((..((((-..(((.........)))....))))..)))))))))))))..)))))))))))))))..... ( -34.70) >DroWil_CAF1 88975 120 - 1 UACCCUUGCUUAGUCUAGGCCCACAAGUCUAGGGCAAGCAGCCAAAGACAAUUUUGUUUGGCACUAAUUGAAUGUAAAUACAAUUUUGCUUUGCUGUCAAGUCUUGUGUCUAGUCAACGG ............(.((((((..(((((.((..((((.(((((((((.(......).))))))...........(((((......)))))..))))))).)).))))))))))).)..... ( -32.20) >DroMoj_CAF1 135417 105 - 1 -------AU----GCUAGGCACAG---UCAACGACAAGCAGCCAAAGACAAUUUUGU-UGGCACUAAUUGAAUGUAAAUACAAUUUUGCUUUGCUGUCAAGUCUUGUGUCUAGUCGACGU -------..----(((((((((((---.....(((..(((((.((((.(((..((((-..(((.........)))....))))..))))))))))))...))))))))))))))...... ( -31.10) >DroPer_CAF1 83532 116 - 1 UUCUCUGGC---AACUAGGCACAGUGGUGUACGGCAAGCAGCCAAAGACAAUUUUGU-UGGCACUAAUUGAAUGUAAAUACAAUUUUGCUUUGCUGUCAAGUCUUGUGUCUAGUCGACGA .....((.(---.(((((((((((...((.(((((((((((((((.((.....)).)-))))...(((((.((....)).))))).))).)))))))))....))))))))))).).)). ( -34.90) >consensus ___UCUGGC____ACUAGGCACAG___UCUACGGCAAGCAGCCAAAGACAAUUUUGU_UGGCACUAAUUGAAUGUAAAUACAAUUUUGCUUUGCUGUCAAGUCUUGUGUCUAGUCGACGU ..............((((((((((......((((((((((((((...(((....))).))))...(((((.((....)).))))).))).)))))))......))))))))))....... (-28.53 = -29.28 + 0.75)
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