Locus 3475

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 9,394,617 – 9,394,713
Length 96
Max. P 0.928975
window5590

overview

Window 0

Location 9,394,617 – 9,394,713
Length 96
Sequences 5
Columns 115
Reading direction forward
Mean pairwise identity 78.14
Mean single sequence MFE -33.80
Consensus MFE -21.16
Energy contribution -22.64
Covariance contribution 1.48
Combinations/Pair 1.19
Mean z-score -2.08
Structure conservation index 0.63
SVM decision value 1.19
SVM RNA-class probability 0.928975
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 9394617 96 + 27905053
--------------GGCUAUACGGCCGUACAACUGGUACGUUUGUGUGGCAAAU----ACGGGGCGGUAGACGG-AAUCGUGAGUGGAGUCAUUGUGUGAGCCGUUAUUAUGGCC
--------------.((((((((..(((((.....)))))..))))))))....----...(.(((((.(((..-...(....)....)))))))).)..(((((....))))). ( -31.50)
>DroSec_CAF1 24221 85 + 1
--------------GGCUAUACG----------------GUUUGUGGGGCAAAUAUGUACGGUGCGGUAGUCGGGAAUCGUGAGUGGAGUCAUUGUGUGAGCCAUUAUUAUGGCC
--------------(((((((((----------------((((.(((.((..((.......))...))..))).))))))))(((((..((((...)))).)))))....))))) ( -21.80)
>DroSim_CAF1 25776 97 + 1
--------------GGCUAUACGGCCGUACAACUGGUAGGUUUGUGGGGCAAAU----GCUGUGCGGUAGUCGGCAAUCGUGAGUGGAGUCAUUGUGUGAGCCAUUAUUAUGGCC
--------------((((((((((((.(((((((....)).))))).)))...(----((((.((....)))))))..))))(((((..((((...)))).)))))....))))) ( -32.40)
>DroEre_CAF1 25167 93 + 1
--------------AGCUAUACGGCCGUACAGCUG-UACGGUUGUGCGGCU-AU----ACGGUACGGUAUACG--AAUCGUGAGUGGAGUCAUUGUGUGAGCCAUUAUUAUGGCC
--------------.((((((.((((((((((((.-...))))))))))))-.(----(((((.((.....))--.))))))(((((..((((...)))).)))))..)))))). ( -38.70)
>DroYak_CAF1 26279 107 + 1
UGCACGGGUAUAUGGACUAUACGGCCGUACAGCUG-UACGGUUGUGCGGCU-AU----ACGGGGCGGUAUACG--AAUCGUGAGUGGAGUCAUUGUGUGAGCCAUUAUUAUGGCC
.((((((.......((((.(((((((((((((((.-...))))))))))))-.(----((((..((.....))--..))))).))).)))).))))))..(((((....))))). ( -44.60)
>consensus
______________GGCUAUACGGCCGUACAACUG_UACGUUUGUGCGGCAAAU____ACGGUGCGGUAGACGG_AAUCGUGAGUGGAGUCAUUGUGUGAGCCAUUAUUAUGGCC
..............((((.(((.(((((((((.........))))))))).............(((((........)))))..))).)))).........(((((....))))). (-21.16 = -22.64 +   1.48)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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