Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 9,314,168 – 9,314,300 |
Length | 132 |
Max. P | 0.760993 |
Location | 9,314,168 – 9,314,279 |
---|---|
Length | 111 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 81.00 |
Mean single sequence MFE | -29.77 |
Consensus MFE | -21.73 |
Energy contribution | -21.82 |
Covariance contribution | 0.09 |
Combinations/Pair | 1.18 |
Mean z-score | -1.38 |
Structure conservation index | 0.73 |
SVM decision value | 0.23 |
SVM RNA-class probability | 0.645032 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 9314168 111 - 27905053 GACUGGCAUUCAUAAUUGUGGUUGCCAUUAUAAUUGUCAUUAUGUACAAUACACGGAUGGUGGAUGGAUAGUGGUGCCCUGUCAAAACGUCACUCGCUGUCUUACCGGCGG--------- (((.(((((.(((.(((....(..(((((...((((((.....).))))).....)))))..)...))).))))))))..)))...........(((((......))))).--------- ( -29.60) >DroPse_CAF1 81790 102 - 1 GACUGGCAUCCAUAAUUGUGGUUGCCAUUAUAAUUGUCAUUAUGUACAAUACA--------GGAUAGAUAGUAGUGC-CUGUCAAAAUGUCACUUGCCGUCUUACCGGCGG--------- ((((((((.((((....)))).))))).......((((....((((...))))--------.))))(((((......-))))).....)))...(((((......))))).--------- ( -28.20) >DroEre_CAF1 86400 111 - 1 GACUGGCAUUCAUAAUUGUGGUUGCCAUUAUAAUUGUCAUUAUGUACAAUACAGGCAUGGUGGAUGGAUAGUGGUGCCCUGUCAAAACGUCACUCGCUGUCUUACCGGCGG--------- (((.(((..((((....))))..((((((((.....(((((((((.........)))))))))....)))))))))))..)))...........(((((......))))).--------- ( -32.30) >DroWil_CAF1 84139 93 - 1 GACUGGCAUCCAUAAUUGUGGUUGCCAUUAUAAUUGUCAUUAUGUACAAUACAUGGAUAG---AU-GACAGUAGUGUCUUGUCGAAAUGUCGUUCGC----------------------- ((((((((.((((....)))).))))).(((.((((((((((((((...))))).....)---))-)))))).)))....)))(((......)))..----------------------- ( -24.60) >DroAna_CAF1 83265 112 - 1 GACUGGCAUCCAUAAUUGUGGAUGCCAUUAUAAUUGUCAUUAUGUACAAUACACGG-------AUGGAUAGUAGUGG-CUGUCAAAACGUCACUCGGUAUCGUACCGGCGGGCCGCAAUG ...((((((((((....)))))))))).....(((((......((((.((((...(-------(((((((((....)-)))))....)))).....)))).)))).((....))))))). ( -35.70) >DroPer_CAF1 85167 102 - 1 GACUGGCAUCCAUAAUUGUGGUUGCCAUUAUAAUUGUCAUUAUGUACAAUACA--------GGAUAGAUAGUAGUGC-CUGUCAAAAUGUCACUUGCCGUCUUACCGGCGG--------- ((((((((.((((....)))).))))).......((((....((((...))))--------.))))(((((......-))))).....)))...(((((......))))).--------- ( -28.20) >consensus GACUGGCAUCCAUAAUUGUGGUUGCCAUUAUAAUUGUCAUUAUGUACAAUACA_GG_____GGAUGGAUAGUAGUGC_CUGUCAAAACGUCACUCGCUGUCUUACCGGCGG_________ ((((((((.((((....)))).))))).....((((((.....).)))))................(((((.......))))).....)))...(((((......))))).......... (-21.73 = -21.82 + 0.09)
Location | 9,314,199 – 9,314,300 |
---|---|
Length | 101 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 79.08 |
Mean single sequence MFE | -29.17 |
Consensus MFE | -17.27 |
Energy contribution | -17.05 |
Covariance contribution | -0.22 |
Combinations/Pair | 1.12 |
Mean z-score | -1.85 |
Structure conservation index | 0.59 |
SVM decision value | 0.50 |
SVM RNA-class probability | 0.760993 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 9314199 101 - 27905053 -------------------GUUGAGCUGGCGUUAUUAAUCGACUGGCAUUCAUAAUUGUGGUUGCCAUUAUAAUUGUCAUUAUGUACAAUACACGGAUGGUGGAUGGAUAGUGGUGCCCU -------------------........((((..((((.(((..(((((..(((....)))..)))))......(..(((((.((((...))))..)))))..).))).))))..)))).. ( -25.40) >DroPse_CAF1 81821 111 - 1 GCGCUGGCAGCGCGGCUGGCUCCAGUCGGCGUUAUUAAUCGACUGGCAUCCAUAAUUGUGGUUGCCAUUAUAAUUGUCAUUAUGUACAAUACA--------GGAUAGAUAGUAGUGC-CU ((((.....))))(((((....)))))((((((((((.((...(((((.((((....)))).))))).......((((....((((...))))--------.)))))))))))))))-). ( -39.70) >DroWil_CAF1 84156 99 - 1 -----------------UGGUUGACUUGGCGUUAUUAAUCGACUGGCAUCCAUAAUUGUGGUUGCCAUUAUAAUUGUCAUUAUGUACAAUACAUGGAUAG---AU-GACAGUAGUGUCUU -----------------.....(((...((((((((.(((((((((((.((((....)))).)))))........)))..((((((...))))))))).)---))-))).))...))).. ( -26.80) >DroYak_CAF1 86386 104 - 1 ----------AAC------GCCGGGCUGGCGUUAUUAAUCGACUGGCAUUCAUAAUUGUGGUUGCCAUUAUAAUUGUCAUUAUGUACAAUACAGGGAUGGUGGAUGGAUAGUGGUGCCCU ----------...------...((((.(.(((((((.(((.(((((((..(((....)))..)))))..........((((.((((...))))..)))))).))).))))))).))))). ( -28.90) >DroAna_CAF1 83305 93 - 1 -------------------GUCAAGUUGGCGUUAUUAAUCGACUGGCAUCCAUAAUUGUGGAUGCCAUUAUAAUUGUCAUUAUGUACAAUACACGG-------AUGGAUAGUAGUGG-CU -------------------(((.....)))((((((.......((((((((((....)))))))))).....((((((.(..((((...))))..)-------...)))))))))))-). ( -26.20) >DroPer_CAF1 85198 101 - 1 ----------CACGGCUUGCUCCAGUCGGCGUUAUUAAUCGACUGGCAUCCAUAAUUGUGGUUGCCAUUAUAAUUGUCAUUAUGUACAAUACA--------GGAUAGAUAGUAGUGC-CU ----------...((((......))))((((((((((.((...(((((.((((....)))).))))).......((((....((((...))))--------.)))))))))))))))-). ( -28.00) >consensus ___________________GUCGAGUUGGCGUUAUUAAUCGACUGGCAUCCAUAAUUGUGGUUGCCAUUAUAAUUGUCAUUAUGUACAAUACA_GG_____GGAUGGAUAGUAGUGC_CU ............................(((((((((.((...(((((.((((....)))).))))).....((((((.....).)))))................)))))))))))... (-17.27 = -17.05 + -0.22)
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