Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 1,312,714 – 1,312,856 |
Length | 142 |
Max. P | 0.993042 |
Location | 1,312,714 – 1,312,816 |
---|---|
Length | 102 |
Sequences | 6 |
Columns | 119 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 83.92 |
Mean single sequence MFE | -24.07 |
Consensus MFE | -22.56 |
Energy contribution | -21.92 |
Covariance contribution | -0.64 |
Combinations/Pair | 1.08 |
Mean z-score | -2.67 |
Structure conservation index | 0.94 |
SVM decision value | 2.20 |
SVM RNA-class probability | 0.990189 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 1312714 102 + 27905053 UCA---UUCAAUUUGU----------AUAGAACUUU---AAUCGU-UGAGCACGAUUUUAAAGCAAUUUAUGUAGUUUUUUCAGAAACGUGCAUACAAUUGCCAACGUGCUUAGAAAAC ...---..........----------..........---.....(-((((((((........(((((((((((((((((....))))).)))))).))))))...)))))))))..... ( -22.60) >DroVir_CAF1 1492 104 + 1 UUAUU-UUCAUUUUAU----------AUA---UAUUACAAAUCGU-UGUGCACGAUUUUAAAGCAAUUUGUGUAGUUUUUUCAGAAACGUGCAUACAAUUGCCAACGUGCAUAGAAAAC .....-..........----------...---............(-((((((((........(((((((((((((((((....))))).)))))).))))))...)))))))))..... ( -22.70) >DroPse_CAF1 1456 116 + 1 UCG---UUUAAUUUAUUAUUACAUGAAAAAUAUUUUACGAAUCGUUUGAGCACGAUUUUAAAGCAAUUUAUGUAGUUUUUUCAGAAACGUGCAUACAAUUGCCAACGUGCUUAGAAAAC (((---(.((((.....)))).))))..................((((((((((........(((((((((((((((((....))))).)))))).))))))...)))))))))).... ( -26.20) >DroGri_CAF1 1583 106 + 1 -UAUUUUCCAUUUUAU----------AUAU-AUUUUACAAAUCGU-UGUGCACGAUUUUAAAGCAAUUUAUGUAGUUUUUUCAGAAACAUGCAUACAAUUGCCAACGUGCAUAGAAAAC -...............----------....-.............(-((((((((........(((((((((((((((((....))))).)))))).))))))...)))))))))..... ( -22.70) >DroMoj_CAF1 1463 104 + 1 UUAAU-UUCAUUUAAU----------AUA---UUUUAUGAAUCGU-UGUGCACGAUUUUAAAGCAAUUUAUGUAGUUUUUUCAGAAACAUGCAUACAAUUGCCAACGUGCAUAGAAAAC .....-(((((..((.----------...---))..)))))...(-((((((((........(((((((((((((((((....))))).)))))).))))))...)))))))))..... ( -24.00) >DroPer_CAF1 1463 116 + 1 UCG---UUUAAUUUAUUAUUACAUGAAAAAUAUUUUACGAAUCGUUUGAGCACGAUUUUAAAGCAAUUUAUGUAGUUUUUUCAGAAACGUGCAUACAAUUGCCAACGUGCUUAGAAAAC (((---(.((((.....)))).))))..................((((((((((........(((((((((((((((((....))))).)))))).))))))...)))))))))).... ( -26.20) >consensus UCA___UUCAAUUUAU__________AUA__AUUUUACGAAUCGU_UGAGCACGAUUUUAAAGCAAUUUAUGUAGUUUUUUCAGAAACGUGCAUACAAUUGCCAACGUGCAUAGAAAAC ..............................................((((((((........(((((((((((((((((....))))).)))))).))))))...))))))))...... (-22.56 = -21.92 + -0.64)
Location | 1,312,737 – 1,312,856 |
---|---|
Length | 119 |
Sequences | 6 |
Columns | 119 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 95.52 |
Mean single sequence MFE | -30.32 |
Consensus MFE | -27.70 |
Energy contribution | -27.37 |
Covariance contribution | -0.33 |
Combinations/Pair | 1.14 |
Mean z-score | -1.98 |
Structure conservation index | 0.91 |
SVM decision value | 2.37 |
SVM RNA-class probability | 0.993042 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 1312737 119 + 27905053 AAUCGUUGAGCACGAUUUUAAAGCAAUUUAUGUAGUUUUUUCAGAAACGUGCAUACAAUUGCCAACGUGCUUAGAAAACCUAAUCGCACUGGUCGCGGAAAAUGGUGAAGAUUAUGAAG ((((.(((((((((........(((((((((((((((((....))))).)))))).))))))...)))))))))...(((...((((.......)))).....)))...))))...... ( -30.10) >DroVir_CAF1 1517 119 + 1 AAUCGUUGUGCACGAUUUUAAAGCAAUUUGUGUAGUUUUUUCAGAAACGUGCAUACAAUUGCCAACGUGCAUAGAAAACCUUAUCGCACUGGUCGCCGAAAAUGGUGAAGAUUACGAAG .....(((((((((........(((((((((((((((((....))))).)))))).))))))...))))))))).........(((......(((((......)))))......))).. ( -31.10) >DroGri_CAF1 1610 119 + 1 AAUCGUUGUGCACGAUUUUAAAGCAAUUUAUGUAGUUUUUUCAGAAACAUGCAUACAAUUGCCAACGUGCAUAGAAAACCUAAUCGCACUGGUCGCUGAAAAUGGUGAAGAUUACGAAG ..((((((((((((........(((((((((((((((((....))))).)))))).))))))...)))))))))......(((((.......(((((......))))).)))))))).. ( -30.30) >DroWil_CAF1 4420 119 + 1 AAUCGUUGAGCACGAUUUUAAAGCAAUUUAUGUAGUUUUUUCAGAAACAUGCAUACAAUUGCCAACGUGUAUAGAAAACCUUAUCGCACUGGUUGCCGAAAAUGGUGAAGAUUAUGAAG ..((((....(((.(((((...(((((((((((((((((....))))).)))))).))))))((((((((((((......)))).))))..))))...))))).)))......)))).. ( -26.80) >DroMoj_CAF1 1488 119 + 1 AAUCGUUGUGCACGAUUUUAAAGCAAUUUAUGUAGUUUUUUCAGAAACAUGCAUACAAUUGCCAACGUGCAUAGAAAACCUUAUCGCACUGGUCGCCGAAAAUGGUGAAGAUUACGAAG .....(((((((((........(((((((((((((((((....))))).)))))).))))))...))))))))).........(((......(((((......)))))......))).. ( -31.10) >DroAna_CAF1 1367 119 + 1 AAUCGUUGAGCACGAUUUUAAAGCAAUUUAUGUAGUUUUUUCAGAAACGUGCAUACAAUUGCCAACGUGCUUAGAAAACCUAAUCGCACUGGUCGCGGAAAACGGUGAUGAUUAUGAAG .....(((((((((........(((((((((((((((((....))))).)))))).))))))...)))))))))....(.(((((((((((...........))))).)))))).)... ( -32.50) >consensus AAUCGUUGAGCACGAUUUUAAAGCAAUUUAUGUAGUUUUUUCAGAAACAUGCAUACAAUUGCCAACGUGCAUAGAAAACCUAAUCGCACUGGUCGCCGAAAAUGGUGAAGAUUACGAAG ((((.(((((((((........(((((((((((((((((....))))).)))))).))))))...)))))))))..................(((((......))))).))))...... (-27.70 = -27.37 + -0.33)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 09:40:49 2006