Locus 342

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 1,312,714 – 1,312,856
Length 142
Max. P 0.993042
window567 window568

overview

Window 7

Location 1,312,714 – 1,312,816
Length 102
Sequences 6
Columns 119
Reading direction forward
Mean pairwise identity 83.92
Mean single sequence MFE -24.07
Consensus MFE -22.56
Energy contribution -21.92
Covariance contribution -0.64
Combinations/Pair 1.08
Mean z-score -2.67
Structure conservation index 0.94
SVM decision value 2.20
SVM RNA-class probability 0.990189
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 1312714 102 + 27905053
UCA---UUCAAUUUGU----------AUAGAACUUU---AAUCGU-UGAGCACGAUUUUAAAGCAAUUUAUGUAGUUUUUUCAGAAACGUGCAUACAAUUGCCAACGUGCUUAGAAAAC
...---..........----------..........---.....(-((((((((........(((((((((((((((((....))))).)))))).))))))...)))))))))..... ( -22.60)
>DroVir_CAF1 1492 104 + 1
UUAUU-UUCAUUUUAU----------AUA---UAUUACAAAUCGU-UGUGCACGAUUUUAAAGCAAUUUGUGUAGUUUUUUCAGAAACGUGCAUACAAUUGCCAACGUGCAUAGAAAAC
.....-..........----------...---............(-((((((((........(((((((((((((((((....))))).)))))).))))))...)))))))))..... ( -22.70)
>DroPse_CAF1 1456 116 + 1
UCG---UUUAAUUUAUUAUUACAUGAAAAAUAUUUUACGAAUCGUUUGAGCACGAUUUUAAAGCAAUUUAUGUAGUUUUUUCAGAAACGUGCAUACAAUUGCCAACGUGCUUAGAAAAC
(((---(.((((.....)))).))))..................((((((((((........(((((((((((((((((....))))).)))))).))))))...)))))))))).... ( -26.20)
>DroGri_CAF1 1583 106 + 1
-UAUUUUCCAUUUUAU----------AUAU-AUUUUACAAAUCGU-UGUGCACGAUUUUAAAGCAAUUUAUGUAGUUUUUUCAGAAACAUGCAUACAAUUGCCAACGUGCAUAGAAAAC
-...............----------....-.............(-((((((((........(((((((((((((((((....))))).)))))).))))))...)))))))))..... ( -22.70)
>DroMoj_CAF1 1463 104 + 1
UUAAU-UUCAUUUAAU----------AUA---UUUUAUGAAUCGU-UGUGCACGAUUUUAAAGCAAUUUAUGUAGUUUUUUCAGAAACAUGCAUACAAUUGCCAACGUGCAUAGAAAAC
.....-(((((..((.----------...---))..)))))...(-((((((((........(((((((((((((((((....))))).)))))).))))))...)))))))))..... ( -24.00)
>DroPer_CAF1 1463 116 + 1
UCG---UUUAAUUUAUUAUUACAUGAAAAAUAUUUUACGAAUCGUUUGAGCACGAUUUUAAAGCAAUUUAUGUAGUUUUUUCAGAAACGUGCAUACAAUUGCCAACGUGCUUAGAAAAC
(((---(.((((.....)))).))))..................((((((((((........(((((((((((((((((....))))).)))))).))))))...)))))))))).... ( -26.20)
>consensus
UCA___UUCAAUUUAU__________AUA__AUUUUACGAAUCGU_UGAGCACGAUUUUAAAGCAAUUUAUGUAGUUUUUUCAGAAACGUGCAUACAAUUGCCAACGUGCAUAGAAAAC
..............................................((((((((........(((((((((((((((((....))))).)))))).))))))...))))))))...... (-22.56 = -21.92 +  -0.64) 

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 8

Location 1,312,737 – 1,312,856
Length 119
Sequences 6
Columns 119
Reading direction forward
Mean pairwise identity 95.52
Mean single sequence MFE -30.32
Consensus MFE -27.70
Energy contribution -27.37
Covariance contribution -0.33
Combinations/Pair 1.14
Mean z-score -1.98
Structure conservation index 0.91
SVM decision value 2.37
SVM RNA-class probability 0.993042
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 1312737 119 + 27905053
AAUCGUUGAGCACGAUUUUAAAGCAAUUUAUGUAGUUUUUUCAGAAACGUGCAUACAAUUGCCAACGUGCUUAGAAAACCUAAUCGCACUGGUCGCGGAAAAUGGUGAAGAUUAUGAAG
((((.(((((((((........(((((((((((((((((....))))).)))))).))))))...)))))))))...(((...((((.......)))).....)))...))))...... ( -30.10)
>DroVir_CAF1 1517 119 + 1
AAUCGUUGUGCACGAUUUUAAAGCAAUUUGUGUAGUUUUUUCAGAAACGUGCAUACAAUUGCCAACGUGCAUAGAAAACCUUAUCGCACUGGUCGCCGAAAAUGGUGAAGAUUACGAAG
.....(((((((((........(((((((((((((((((....))))).)))))).))))))...))))))))).........(((......(((((......)))))......))).. ( -31.10)
>DroGri_CAF1 1610 119 + 1
AAUCGUUGUGCACGAUUUUAAAGCAAUUUAUGUAGUUUUUUCAGAAACAUGCAUACAAUUGCCAACGUGCAUAGAAAACCUAAUCGCACUGGUCGCUGAAAAUGGUGAAGAUUACGAAG
..((((((((((((........(((((((((((((((((....))))).)))))).))))))...)))))))))......(((((.......(((((......))))).)))))))).. ( -30.30)
>DroWil_CAF1 4420 119 + 1
AAUCGUUGAGCACGAUUUUAAAGCAAUUUAUGUAGUUUUUUCAGAAACAUGCAUACAAUUGCCAACGUGUAUAGAAAACCUUAUCGCACUGGUUGCCGAAAAUGGUGAAGAUUAUGAAG
..((((....(((.(((((...(((((((((((((((((....))))).)))))).))))))((((((((((((......)))).))))..))))...))))).)))......)))).. ( -26.80)
>DroMoj_CAF1 1488 119 + 1
AAUCGUUGUGCACGAUUUUAAAGCAAUUUAUGUAGUUUUUUCAGAAACAUGCAUACAAUUGCCAACGUGCAUAGAAAACCUUAUCGCACUGGUCGCCGAAAAUGGUGAAGAUUACGAAG
.....(((((((((........(((((((((((((((((....))))).)))))).))))))...))))))))).........(((......(((((......)))))......))).. ( -31.10)
>DroAna_CAF1 1367 119 + 1
AAUCGUUGAGCACGAUUUUAAAGCAAUUUAUGUAGUUUUUUCAGAAACGUGCAUACAAUUGCCAACGUGCUUAGAAAACCUAAUCGCACUGGUCGCGGAAAACGGUGAUGAUUAUGAAG
.....(((((((((........(((((((((((((((((....))))).)))))).))))))...)))))))))....(.(((((((((((...........))))).)))))).)... ( -32.50)
>consensus
AAUCGUUGAGCACGAUUUUAAAGCAAUUUAUGUAGUUUUUUCAGAAACAUGCAUACAAUUGCCAACGUGCAUAGAAAACCUAAUCGCACUGGUCGCCGAAAAUGGUGAAGAUUACGAAG
((((.(((((((((........(((((((((((((((((....))))).)))))).))))))...)))))))))..................(((((......))))).))))...... (-27.70 = -27.37 +  -0.33) 

alignment

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