Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 1,287,042 – 1,287,159 |
Length | 117 |
Max. P | 0.851372 |
Location | 1,287,042 – 1,287,159 |
---|---|
Length | 117 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 78.36 |
Mean single sequence MFE | -38.98 |
Consensus MFE | -23.36 |
Energy contribution | -21.92 |
Covariance contribution | -1.44 |
Combinations/Pair | 1.48 |
Mean z-score | -1.92 |
Structure conservation index | 0.60 |
SVM decision value | 0.79 |
SVM RNA-class probability | 0.851372 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 1287042 117 - 27905053 GG---AACGGAAGCUACUGGAAACCAUAGCGUCAACGACGAUUUGGGCUUUAGUUUGGAUGACAUUGAUGCGCCUGUAAAGGUUGUGAUAUUGUCGUUGUGGUUCUGGUGGAAGGAAAUC ..---..(....)((((..(((.((((((((((...))).(((..(((....)))..)))((((.((.(((((((....))).)))).)).))))))))))))))..))))......... ( -36.80) >DroPse_CAF1 58767 117 - 1 GG---AGUCGAUGCCACCGGAAAUCACAGCAUCAAUGAUGAUCUGGGCUUCAGCUUAGACGAUAUCGAUGCUCCGGUGAAGGUUGUCAUCCUGUCGCUGUGGUUCUGGUGGAAGGAGAUU ..---((((....(((((((((.(((((((..((((((..((((..(((..(((...((.....))...)))..)))..))))..))))..))..)))))))))))))))).....)))) ( -46.60) >DroGri_CAF1 48633 115 - 1 -----GACUGCUGCUGGUGGCAAUCAUAGCCUGAACGAUGAUCUCGGCUUCAGUUUGGAUGAUAUCGAUGCACCCGUCAAGGUGGUCAUAUUAUCGUUGUGGUUCUGGUGGAAGGAGAUU -----..((.((.(((.(((.(((((((((((((.(((.....)))...))))....((((((((.(((.((((......))))))))))))))))))))))))))).))).)).))... ( -34.90) >DroMoj_CAF1 40972 120 - 1 AAAUCAAAUGCAGCUGGCGGAAAUCAGAGUAUCAAUGAUGAUCUGGGCUUCAGCUUGGACGAUAUUGAUGCACCUGUCAAGGUUAUCAUUCUCUCGCUGUGGUUCUGGUGGAAGGAGAUU .((((....(((((.((.((((......(((((((((.((.((..(((....)))..)))).)))))))))((((....)))).....)))))).)))))..((((......)))))))) ( -36.40) >DroAna_CAF1 54577 117 - 1 GA---AAGUGAACCGAAGGGAAACACCAGCAUUAAUGAUGAUCUUGGCUUUAGUCUGGACGACAUUGAUGCUCCUGUGAAGGUUGUGAUCCUCUCGUUGUGGUUCUGGUGGAAGGAAAUA ..---....((((((..((((..(((.((((((((((.((.(((.(((....))).))))).))))))))))(((....)))..)))....))))....))))))............... ( -31.80) >DroPer_CAF1 60474 117 - 1 GG---AGUCGAUGCCACCGGAAAUCACAGCAUCAAUGAUGAUCUGGGCUUCAGCUUAGACGAUAUCGAUGCUCCGGUGAAGGUUGUCAUCCUUUCGCUGUGGUUCUGGUGGAAGGAGAUU ..---((((....(((((((((.((((((((((.(((.((.(((((((....))))))))).))).))))))..((((((((........))))))))))))))))))))).....)))) ( -47.40) >consensus GG___AACUGAAGCUACCGGAAAUCACAGCAUCAAUGAUGAUCUGGGCUUCAGCUUGGACGAUAUCGAUGCUCCUGUGAAGGUUGUCAUCCUCUCGCUGUGGUUCUGGUGGAAGGAGAUU .............(((.(((.(((((((((.....(((((.(((((((....)))))))...))))).....((......)).............)))))))))))).)))......... (-23.36 = -21.92 + -1.44)
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