Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 1,285,167 – 1,285,287 |
Length | 120 |
Max. P | 0.528519 |
Location | 1,285,167 – 1,285,287 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 72.06 |
Mean single sequence MFE | -51.10 |
Consensus MFE | -21.43 |
Energy contribution | -22.85 |
Covariance contribution | 1.42 |
Combinations/Pair | 1.63 |
Mean z-score | -1.76 |
Structure conservation index | 0.42 |
SVM decision value | -0.01 |
SVM RNA-class probability | 0.528519 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 1285167 120 + 27905053 GGCCCGCUCCGCCAGCUCCGCCUGCUCGCUUUGUCCUUCCGAGAGGAGAUGAGGUAGCUGCAGAAUGUUGCGCAGCUGGCUUUUCAACUGCUUGGUCUGCGGGCGUUGCUCUGGCUGGGC .(((((....((((((..(((((((..(((..((...(((....)))((.(((.(((((((..........))))))).))).))....))..)))..)))))))..))..))))))))) ( -53.80) >DroVir_CAF1 26713 120 + 1 CGUGGCCGCCGCAAUUGCUGCCUGGUCGUUCUGCCCAUUCACCAGUUGUUCAGGGAGUUUCAGAAUUUCAUGCAGCUGCUGUUUCAACUGCUUUGUUUGCGGUCGCUGCGCUGGCUGCGA ((..((((.((((...(((((.(((..((((((...((((.((.........))))))..)))))).))).)))))..........(((((.......)))))...)))).))))..)). ( -43.40) >DroPse_CAF1 56880 120 + 1 GGCUGCCUCAGCCAGAGCCGCCUGCUCGCUGCGUCCGUCUGCCAGGUGGACGGGCAAUUUCAGAAUAUCAUGCAGCUGAUUCUUCAGCUGCUUCGUCUGUGGCCGCUGUUCGGGAUCGGC (((((...)))))...((((((((..(((.(((((((((..(...)..))))))).....((((.......((((((((....))))))))....))))..)).)).)..))))..)))) ( -54.40) >DroEre_CAF1 55399 120 + 1 GGCCCGCUCCGCCAGUUCCGCCUGCUCGCUGCGUCCUUCCGACAGGAAAUGAGGUAGCUGCAGGAUGUUGCACAGCUGGCUUUUCAGUUGCUUGGUCUGCGGGCGCUGCUCUGGUUGGGC .((((((...((((((..(((((((..(((((.((.((((....))))..)).))))).))))).))..)).(((((((....)))))))..))))..))))))...((((.....)))) ( -55.10) >DroAna_CAF1 52705 120 + 1 GGCACGCUCCGCCAGCACUGCAUGCUCACCACGCCCCUCCAUCAAGUGCUGGGGCAGCUGGAGAAUCUCAUGCAGUUGACUCUUCAGCUGCUUGGUCUGCGGACGUUGUUCCGGGUCGGC .((.((..(((.((((.(((((.((((.(((((((((..(((...)))..))))).).))).))....((.((((((((....)))))))).)))).)))))..))))...)))..)))) ( -45.50) >DroPer_CAF1 58587 120 + 1 GGCUGCCUCAGCCAGAGCCGCCUGCUCGCUGCGUCCGUCUGCCAGGUGGACGGGCAAUUUCAGAAUAUCAUGCAGCUGAUUCUUCAGCUGCUUCGUCUGUGGCCGCUGUUCGGGAUCGGC (((((...)))))...((((((((..(((.(((((((((..(...)..))))))).....((((.......((((((((....))))))))....))))..)).)).)..))))..)))) ( -54.40) >consensus GGCCCCCUCCGCCAGAGCCGCCUGCUCGCUGCGUCCGUCCGCCAGGUGAUCAGGCAGCUGCAGAAUAUCAUGCAGCUGACUCUUCAGCUGCUUGGUCUGCGGCCGCUGCUCUGGAUCGGC .((((...(((.(((((((((((((...((((.(....((....)).....).))))..))))........((((((((....)))))))).......))))).))))...)))..)))) (-21.43 = -22.85 + 1.42)
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