Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 9,052,819 – 9,052,923 |
Length | 104 |
Max. P | 0.922760 |
Location | 9,052,819 – 9,052,923 |
---|---|
Length | 104 |
Sequences | 6 |
Columns | 106 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 86.82 |
Mean single sequence MFE | -47.82 |
Consensus MFE | -39.27 |
Energy contribution | -40.55 |
Covariance contribution | 1.28 |
Combinations/Pair | 1.14 |
Mean z-score | -2.83 |
Structure conservation index | 0.82 |
SVM decision value | 1.15 |
SVM RNA-class probability | 0.922760 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 9052819 104 - 27905053 AAAGCGAGUGCUGCCUGUGCCCCGACCACGCCCACUUGGCCGGCCUCCAAGGUCAGGUGGGAUCACGAGGUCAGAGG--UCAUCAGAGGCAGUAUUUACUGUGCGU ..((..((((((((((((((((.((((.(((((((((((((.........)))))))))))....)).)))).).))--.)))...))))))))))..))...... ( -48.40) >DroSec_CAF1 166521 104 - 1 AAAGCGAGUGCUGCCUGUGACCCGACCACGCCCACUUGGCCGGCCUCCAAGGUCAGGUGGGAUCACGAGGUCAGAGG--UCAUCAGGGGCAGUAUUUACUGUGCGU ..((..(((((((((((((((((((((.(((((((((((((.........)))))))))))....)).)))).).))--))))...))))))))))..))...... ( -52.40) >DroSim_CAF1 169912 104 - 1 AAAGCGAGUGCUGCCUGUGCCCCGACCACGCCCACUUGGCCGGCCUCCAAGGUCAGGUGGGAUCACGAGGUCAGAGG--UCAUCAGAGGCAGUAUUUACUGUGCGU ..((..((((((((((((((((.((((.(((((((((((((.........)))))))))))....)).)))).).))--.)))...))))))))))..))...... ( -48.40) >DroEre_CAF1 173262 104 - 1 UAAGCGAGUGCUGCCUGUGCCCCGACCACGCCCACCUGGCCGGCCUCCAAGGUCAGGGGGGUUCACGAGGUCAGAGG--UCACCAGAGGCAGUAUUUACUGUGCGU ..((..((((((((((((((((.((((.(((((.(((((((.........))))))).)))....)).)))).).))--.)))...))))))))))..))...... ( -47.70) >DroYak_CAF1 179666 104 - 1 AAAGCGAGUGCUGCCUGUGCCCCGACCACGCCCACUUGGCCGGCCUCCAAGGUCUGGUGGGAUUCCGAGGUCAGAGG--UCACCGGAGGCAGUAUUUACUGUGCGU ..((..((((((((((((((((.((((.((((((((.((((.........)))).))))))....)).)))).).))--.)))...))))))))))..))...... ( -45.90) >DroAna_CAF1 178272 98 - 1 AAAGCGAGUGCUGUCUGUGCCAGUGCCACGACCACUUGGCCGGCCUCCAUGGUCAGGUG--------AGGGCGGUGGCUUCAUACUGGACAGGAUUCACUUUGGCA ((((.((((.((((((((((((.((((.(...((((((((((.......))))))))))--------.))))).)))).....)).)))))).)))).)))).... ( -44.10) >consensus AAAGCGAGUGCUGCCUGUGCCCCGACCACGCCCACUUGGCCGGCCUCCAAGGUCAGGUGGGAUCACGAGGUCAGAGG__UCAUCAGAGGCAGUAUUUACUGUGCGU ..((.(((((((((((.(((((.((((.(((((((((((((.........)))))))))))....)).)))).).))......)).))))))))))).))...... (-39.27 = -40.55 + 1.28)
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