Locus 3313

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 8,897,767 – 8,897,888
Length 121
Max. P 0.970207
window5342 window5343 window5344

overview

Window 2

Location 8,897,767 – 8,897,862
Length 95
Sequences 6
Columns 102
Reading direction forward
Mean pairwise identity 71.86
Mean single sequence MFE -25.97
Consensus MFE -6.01
Energy contribution -6.65
Covariance contribution 0.64
Combinations/Pair 1.17
Mean z-score -3.02
Structure conservation index 0.23
SVM decision value 1.65
SVM RNA-class probability 0.970207
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 8897767 95 + 27905053
---UUUUGUUUGGCAGUGUGCGUGGGACAUCAUUUGGGUAUUA----UGUGCUCGCACAGACACCAGAAUAUUUGUGUGUGUGUCUGUGUGCAUAUAGAUAU
---...(((((.((.......)).)))))...........(((----(((((..((((((((((((.(.......).)).)))))))))))))))))).... ( -29.40)
>DroSec_CAF1 19545 81 + 1
---UUUUGUGUGGCAGUGUGCGUCGGACAUCAUUUGGUUAUUA----UGUGCUCACACA----------UAUAUG----UAUGUGUGUGUGUAUAUAGAUAU
---...(((.((((.......)))).)))...........(((----(((((.((((((----------(((...----.))))))))).)))))))).... ( -24.90)
>DroSim_CAF1 19596 81 + 1
---UUUGGUGUGGCAGUGUGCGUGGGACAUCAUUUGGUUAUUA----UGUGCUCACACA----------UAUAUG----UAUGUGUGUGUGUAUAUAGAUAU
---..((((((..(((....).))..))))))........(((----(((((.((((((----------(((...----.))))))))).)))))))).... ( -24.40)
>DroEre_CAF1 19895 91 + 1
---GUUUGUGUGGCAGUGUGCGUGGGACAUCAUUUGAGUAUUAUCUAUGUGCUCACACAGACACCGGAAUAUAUG----UAUAUGUGUAUA----UAGAUAU
---((((((((((....(..((((((((.((....))))....))))))..))))))))))).........((((----(((....)))))----))..... ( -23.70)
>DroYak_CAF1 20199 95 + 1
---UUUUGUGCGGCAGUGUGCGUGGGACAUCAUUUGUGUAUUAUGUAUGUGCUCGCACAGACACCGGAAUAUAUA----UAUGUGUGCAUAUACAUAGAUAU
---.(((((((((((.(((((((((.((((.....)))).)))))))))))).)))))))).........((((.----(((((((....))))))).)))) ( -29.40)
>DroAna_CAF1 19384 78 + 1
UGUGUAUCUGUGUGAGUGUGCGUGGGCCAUCAUUUGUCUAUUA----UGUACUCAUACAGACACAGAAAUAU--------------------AUACAGAUAA
((((..((((((((((((...((((((........))))))..----..)))))))))))))))).......--------------------.......... ( -24.00)
>consensus
___UUUUGUGUGGCAGUGUGCGUGGGACAUCAUUUGGGUAUUA____UGUGCUCACACAGACACCGGAAUAUAUG____UAUGUGUGUGUGUAUAUAGAUAU
...............((.((.((((((((..................))).))))).)).))........................................ ( -6.01 =  -6.65 +   0.64)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 3

Location 8,897,767 – 8,897,862
Length 95
Sequences 6
Columns 102
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 71.86
Mean single sequence MFE -15.87
Consensus MFE -3.97
Energy contribution -4.09
Covariance contribution 0.11
Combinations/Pair 1.10
Mean z-score -2.65
Structure conservation index 0.25
SVM decision value 1.14
SVM RNA-class probability 0.922010
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 8897767 95 - 27905053
AUAUCUAUAUGCACACAGACACACACACAAAUAUUCUGGUGUCUGUGCGAGCACA----UAAUACCCAAAUGAUGUCCCACGCACACUGCCAAACAAAA---
.........(((.(((((((((.((...........))))))))))).(..((((----(.........))).))..)...)))...............--- ( -17.60)
>DroSec_CAF1 19545 81 - 1
AUAUCUAUAUACACACACACAUA----CAUAUA----------UGUGUGAGCACA----UAAUAACCAAAUGAUGUCCGACGCACACUGCCACACAAAA---
...............((((((((----....))----------)))))).(.(((----(.((......)).)))).)...((.....)).........--- ( -10.60)
>DroSim_CAF1 19596 81 - 1
AUAUCUAUAUACACACACACAUA----CAUAUA----------UGUGUGAGCACA----UAAUAACCAAAUGAUGUCCCACGCACACUGCCACACCAAA---
...............((((((((----....))----------)))))).(((((----(.........))).))).....((.....)).........--- ( -10.10)
>DroEre_CAF1 19895 91 - 1
AUAUCUA----UAUACACAUAUA----CAUAUAUUCCGGUGUCUGUGUGAGCACAUAGAUAAUACUCAAAUGAUGUCCCACGCACACUGCCACACAAAC---
((((.((----(((....)))))----.))))....((((((.((((.(..(((((.((......))..))).))..))))).))))))..........--- ( -15.50)
>DroYak_CAF1 20199 95 - 1
AUAUCUAUGUAUAUGCACACAUA----UAUAUAUUCCGGUGUCUGUGCGAGCACAUACAUAAUACACAAAUGAUGUCCCACGCACACUGCCGCACAAAA---
.....((((((((((....))))----))))))...(((((..((((((.(.((((.(((.........))))))).)..)))))).))))).......--- ( -22.90)
>DroAna_CAF1 19384 78 - 1
UUAUCUGUAU--------------------AUAUUUCUGUGUCUGUAUGAGUACA----UAAUAGACAAAUGAUGGCCCACGCACACUCACACAGAUACACA
..........--------------------.......(((((((((.(((((.((----(.((......)).)))((....))..))))).))))))))).. ( -18.50)
>consensus
AUAUCUAUAUACACACACACAUA____CAUAUAUUCCGGUGUCUGUGUGAGCACA____UAAUACCCAAAUGAUGUCCCACGCACACUGCCACACAAAA___
...........................................((((((.(.(((..................))).)..))))))................ ( -3.97 =  -4.09 +   0.11)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 4

Location 8,897,787 – 8,897,888
Length 101
Sequences 6
Columns 105
Reading direction forward
Mean pairwise identity 75.00
Mean single sequence MFE -27.42
Consensus MFE -8.18
Energy contribution -10.43
Covariance contribution 2.25
Combinations/Pair 1.14
Mean z-score -2.88
Structure conservation index 0.30
SVM decision value 1.34
SVM RNA-class probability 0.943731
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 8897787 101 + 27905053
GGGACAUCAUUUGGGUAUUA----UGUGCUCGCACAGACACCAGAAUAUUUGUGUGUGUGUCUGUGUGCAUAUAGAUAUAAGUGAAACUCCUGCGGUCGGCAAAA
((((..(((((((.((.(((----(((((..((((((((((((.(.......).)).)))))))))))))))))))).)))))))...))))((.....)).... ( -34.90)
>DroSec_CAF1 19565 87 + 1
CGGACAUCAUUUGGUUAUUA----UGUGCUCACACA----------UAUAUG----UAUGUGUGUGUGUAUAUAGAUAUAAGUGAAACUCCUGCGGUCGGCAUAA
.(((..(((((((....(((----(((((.((((((----------(((...----.))))))))).))))))))...)))))))...)))(((.....)))... ( -28.90)
>DroSim_CAF1 19616 87 + 1
GGGACAUCAUUUGGUUAUUA----UGUGCUCACACA----------UAUAUG----UAUGUGUGUGUGUAUAUAGAUAUAAGUGAAACUCCUGCGGUCGGCAAAA
((((..(((((((....(((----(((((.((((((----------(((...----.))))))))).))))))))...)))))))...))))((.....)).... ( -29.10)
>DroEre_CAF1 19915 97 + 1
GGGACAUCAUUUGAGUAUUAUCUAUGUGCUCACACAGACACCGGAAUAUAUG----UAUAUGUGUAUA----UAGAUAUAAGUGAAACUCCUGCGGUCGGCAAAG
((((..(((((((.....(((((((((((.((.(((..............))----)...)).)))))----)))))))))))))...))))((.....)).... ( -20.84)
>DroYak_CAF1 20219 101 + 1
GGGACAUCAUUUGUGUAUUAUGUAUGUGCUCGCACAGACACCGGAAUAUAUA----UAUGUGUGCAUAUACAUAGAUAUAAGUGAAACUCCUGCGGUCGGCAAAA
((((..((((((((((.((((((((((((..(((((................----..)))))))))))))))))))))))))))...))))((.....)).... ( -32.27)
>DroPer_CAF1 23762 76 + 1
GGGCCAUCAUUUGUCUAUUA----UGUUUA----------------UAUACA----UAUGUAUGCGUGUAU----AUAAAAGUCAGACUCCUGCGGUUGGCAA-A
..((((.((...((((....----..((((----------------((((((----(........))))))----)))))....))))...))....))))..-. ( -18.50)
>consensus
GGGACAUCAUUUGGGUAUUA____UGUGCUCACACA__________UAUAUG____UAUGUGUGUGUGUAUAUAGAUAUAAGUGAAACUCCUGCGGUCGGCAAAA
.(((..(((((((..((((.....(((((.((((((......................)))))).)))))....)))))))))))...)))(((.....)))... ( -8.18 = -10.43 +   2.25)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:58:12 2006