Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 8,876,826 – 8,876,932 |
Length | 106 |
Max. P | 0.732871 |
Location | 8,876,826 – 8,876,932 |
---|---|
Length | 106 |
Sequences | 6 |
Columns | 113 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 77.97 |
Mean single sequence MFE | -35.03 |
Consensus MFE | -23.54 |
Energy contribution | -22.60 |
Covariance contribution | -0.94 |
Combinations/Pair | 1.26 |
Mean z-score | -1.37 |
Structure conservation index | 0.67 |
SVM decision value | 0.43 |
SVM RNA-class probability | 0.732871 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 8876826 106 + 27905053 A---CCUGA----UUUAUUUACCUGACAGUAGGUGGGGCUCUCGGGAUCCACGUCGACUGUGGACAGAUAAUCGCCGUGCGGCUCAUCCAAGUUGGGCUGAACGGUGACCGUG .---(((((----....((((((((....))))))))....))))).((((((.....)))))).......(((((((.(((((((.......))))))).)))))))..... ( -41.10) >DroVir_CAF1 11061 113 + 1 AAUAAUAAAAUUAUUUGAAUACCUGACAAUAUGUGGGACUAUCCGGGUCCACAUCGAUUGUGGACAGAUAAUCGCCAUGCGGCUCAUCCAAGUUGGGUUGAAUUGUCACCGUA .......................(((((((..((((((.((((...(((((((.....))))))).)))).)).)))).(((((((.......))))))).)))))))..... ( -33.80) >DroGri_CAF1 9996 108 + 1 -----UGGAUUUAUUUGGUUACCUGGCAAUAUGUGGGACUAUCUGGGUCCACAUCGAUUGUGGAUAGAUAAUCGCCAUGCGGCUCGUCCAAAUUUGGUUGAAUUGUGACCGUA -----...........((((((....((((.....(((((((((..(((((((.....))))))))))))...(((....)))..)))).......))))....))))))... ( -34.10) >DroYak_CAF1 12349 99 + 1 A--------------UAUUUACCUGGCAGUAGGUGGGGCUCUCGGGAUCCACGUCGACUGUGGACAGAUAAUCGCCAUGGGGCUCAUCCAAGUUGGGCUGAACGGUGACCGUG .--------------...(((((...((((..((((..((....))..)))).((((((.((((..(.....)(((....)))...))))))))))))))...)))))..... ( -30.20) >DroMoj_CAF1 10822 108 + 1 -----CAAGUAUAUUUGCUUACCUGGCUAUAAGUGGGACUAUCAGGGUCCACAUCGAUGGUUGAUAGAUAGUCGCCAUGCGGCUCAUCCAAGUUGGGUUGAAUUGUCACCGUG -----.(((((....)))))....((((((..((((((((.....))))).)))..))))))(((((...(((((...)))))((((((.....))).))).)))))...... ( -28.90) >DroAna_CAF1 44969 103 + 1 ------AAG----UCUAUUUACCUGGCAGUAGGUGGGGCUCUCUGGAUCCACAUCGACUGUGGACAGAUAGUCGCCGUGGGGCUCAUCCAGAUUGGGCUGAACGGUGACAGUG ------.((----(((...((((((....))))))))))).((((..((((((.....))))))))))..((((((((..((((((.......))))))..)))))))).... ( -42.10) >consensus ______AAA____UUUAUUUACCUGGCAAUAGGUGGGACUAUCGGGAUCCACAUCGACUGUGGACAGAUAAUCGCCAUGCGGCUCAUCCAAGUUGGGCUGAACGGUGACCGUG ......................((((((((..((((..((....))..))))....)))))...)))....((((.((.(((((((.......))))))).)).))))..... (-23.54 = -22.60 + -0.94)
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