Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 8,829,901 – 8,830,017 |
Length | 116 |
Max. P | 0.842547 |
Location | 8,829,901 – 8,830,017 |
---|---|
Length | 116 |
Sequences | 6 |
Columns | 116 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 77.76 |
Mean single sequence MFE | -46.15 |
Consensus MFE | -29.38 |
Energy contribution | -29.02 |
Covariance contribution | -0.36 |
Combinations/Pair | 1.29 |
Mean z-score | -1.69 |
Structure conservation index | 0.64 |
SVM decision value | 0.76 |
SVM RNA-class probability | 0.842547 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 8829901 116 + 27905053 GCCUCAUCCGGGCGCCGAGCAGCAGGUGACUGUAGUGGCCAAAGGCAGUGCUCCGCACGAGGACAAACUGCUCUACACUUUUGUCAACGGGCAUAUGGUGGCUUCAGGUCCGAUAC ((((.....))))((.(((((((((....))))....(((...)))..))))).))....((((...(((.....((((..((((....))))...))))....)))))))..... ( -40.60) >DroVir_CAF1 4785 113 + 1 GCCGCACGCCGGCGGCGAGCAGCAGGUGACCGUUGUGGCGAAGGGCAGCUCGCCGGAUGAGGACAAGCUGCUCUAUACCUUUGUCAAUGGUCACAUGGUGGCCUCUGCU---GUCC (((((......)))))..(((((((((((((((..(((((((((((((((.(((......)).).))))))......)))))))))))))))))..((...)).)))))---)).. ( -55.30) >DroGri_CAF1 4507 110 + 1 GCCACACGCUGGCGGCGAGCAGCAGGUGACGGUUGUGGCCAAGGGCAGCUCGCCGGAUGAGGACAAGUUGCUCUACACAUUUGUCAACGGUCACAUGGUGGCCUCGGC------CC (((....(.(((((((..(((((.(....).))))).))).(((((((((.(((......)).).)))))))))........)))).)((((((...))))))..)))------.. ( -46.10) >DroWil_CAF1 4096 110 + 1 GCCGCAUUCAGGCGGGGAUCAACAGGUGACUGUGGUGGCCAAAGGAAGUUCUCCAAAUGAGGAUAAAUUGCUAUAUACAUUUGUCAAUGGCCAUAUGGUGGCUUCGGCUC------ .((((......))))..((((((((....)))).(((((((..(((.....))).......(((((((..........)))))))..))))))).))))(((....))).------ ( -37.10) >DroMoj_CAF1 4652 110 + 1 GCCGCACGCCAGCGGCGAACAGCAGGUGACCGUGGUGGCCAAGGGCAGCUCGCCGGACGAGGACAAGCUGCUCUACACGUUUGUCAAUGGUCAUAUGGUGGCCUCAGC------GC (((((......))))).....((((((.((((((.(((((((((((((((.(((......)).).)))))))))(((....)))...)))))))))))).))))..))------.. ( -51.60) >DroAna_CAF1 4301 114 + 1 UCCCCAUCCUGGUGCUGAGCAGCAGGUGACUGUGGUGGCCAAAGGCAGUGCUCCGCACGAGGACAAACUGCUAUACACUUUUGUGAACGGCCACAUGGUCGCCUCG--UUAGAGAC ........(((.(((...))).)))(((((((((.(((((...((((((..(((......)))...))))))...(((....)))...))))))))))))))(((.--...))).. ( -46.20) >consensus GCCGCACGCCGGCGGCGAGCAGCAGGUGACUGUGGUGGCCAAAGGCAGCUCGCCGGACGAGGACAAACUGCUCUACACAUUUGUCAACGGUCACAUGGUGGCCUCGGCU_____AC ((((.....))))..........((((.(((((.((((((...(((((((..((......))...)))))))..(((....)))....))))))))))).))))............ (-29.38 = -29.02 + -0.36)
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