Locus 3271

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 8,734,141 – 8,734,236
Length 95
Max. P 0.963397
window5282

overview

Window 2

Location 8,734,141 – 8,734,236
Length 95
Sequences 6
Columns 96
Reading direction forward
Mean pairwise identity 87.79
Mean single sequence MFE -36.13
Consensus MFE -31.38
Energy contribution -31.68
Covariance contribution 0.31
Combinations/Pair 1.14
Mean z-score -2.49
Structure conservation index 0.87
SVM decision value 1.55
SVM RNA-class probability 0.963397
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 8734141 95 + 27905053
GGGCGUGGCGCUUGUGCGGAUUAUGAAGCGGUGGCAAUGGCCAAAUCGCGAUGAUUAUAGUCACGUACUUGUCACUCCGCCC-ACAGCCCAUCCCC
((((((((.((..(((((((((((((.((((((((....))))..)))).....)))))))).)))))..(......)))))-)).))))...... ( -37.40)
>DroPse_CAF1 175753 86 + 1
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(((((((.((((((..((.....))..)))---)))...((((....(((.((((....)))))))..))))..)).))))).......------- ( -26.20)
>DroSec_CAF1 160829 88 + 1
GGGCGUGGCGCUUGUGCGGAUUAUGAAGCGGUGGCAAUGGCCAAAUCGCGAUGAUUAUAGUCACGUACUUGUCACCCCGCCC-ACAGCC-------
(((((.((.((..(((((((((((((.((((((((....))))..)))).....)))))))).)))))..).).)).)))))-......------- ( -38.50)
>DroSim_CAF1 177986 88 + 1
GGGCGUGGCGCUUGUGCGGAUUAUGAAGCGGUGGCAAUGGCCAAAUCGCGAUGAUUAUAGUCACGUACUUGUCACCCCGCCC-ACAGCC-------
(((((.((.((..(((((((((((((.((((((((....))))..)))).....)))))))).)))))..).).)).)))))-......------- ( -38.50)
>DroEre_CAF1 177075 88 + 1
GGGCGUGGCACUUGUGCGGAUUAUGAGGCGGUGGCAAUGGCCAAAUCGCGAUGAUUAUAGUCACGUACUUGUCACCCCGCCC-ACAGUC-------
(((((.((.((..(((((((((((((.((((((((....))))..)))).....)))))))).)))))..))..)).)))))-......------- ( -37.70)
>DroYak_CAF1 169353 88 + 1
GGGCGUGGCGCUUGUGCGGAUUAUGAGGCGGUGGCAAUGGCCAAAUCGCGAUGAUUAUAGUCACGUACUUGUCACCCCGCCC-ACAGCU-------
(((((.((.((..(((((((((((((.((((((((....))))..)))).....)))))))).)))))..).).)).)))))-......------- ( -38.50)
>consensus
GGGCGUGGCGCUUGUGCGGAUUAUGAAGCGGUGGCAAUGGCCAAAUCGCGAUGAUUAUAGUCACGUACUUGUCACCCCGCCC_ACAGCC_______
(((((.((.((..(((((((((((((.(((.((((....))))...))).....)))))))).)))))..))...))))))).............. (-31.38 = -31.68 +   0.31)

alignment

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secondary structure

Postscript

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