Locus 3264

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	8,718,300 – 8,718,450
Length	150
Max. P	0.999100

overview

Window 1

Location	8,718,300 – 8,718,410
Length	110
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	83.77
Mean single sequence MFE	-29.62
Consensus MFE	-23.11
Energy contribution	-23.92
Covariance contribution	0.81
Combinations/Pair	1.11
Mean z-score	-2.98
Structure conservation index	0.78
SVM decision value	1.06
SVM RNA-class probability	0.907909
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 8718300 110 + 27905053
AUUUACCAACUU-C--AAGCCCUCAU----UCAA-UCU--GUUGCCCAAUUAGGACAUGGUCGAUUUUCUACUCCUCAAAUUUGAUGAAGACCAAGACGGCUACAUCUCAUUUGAGGAGU
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>DroSec_CAF1 144865 110 + 1
AUUAACCAACUU-C--AAGCCCUCAU----UCAA-UCU--GUUGCCCAUCUAGGACAUGGUCGAUUUUCUACUCCUCAAAUUUGAUGAAGACCAAGACGGCUACAUCUCAUUUGAGGAGU
((..((((....-.--..((...((.----....-..)--)..))((.....))...))))..)).....(((((((((((..((((.((.((.....)))).))))..))))))))))) ( -28.10)
>DroSim_CAF1 161797 110 + 1
AUUAACCGACUU-C--AAGCCCUCAU----UCAA-UCU--GUUGCCCAUCUAGGACAUGGUCGAUUUUCUACUCCUCAAAUUUGAUGAAGACCAAGACGGCUACAUCUCAUUUGAGGAGU
......(((((.-.--...((.....----.(((-...--.)))........))....))))).......(((((((((((..((((.((.((.....)))).))))..))))))))))) ( -29.54)
>DroEre_CAF1 161126 111 + 1
ACUGACCAACUU-C--AAGUGCACAU----UAAACUUU--GUUGUUCAUUUAGGACAUGGUCGAUUUUCUACUCCUCAAAUUUGAUGAAGACCAGGAUGGCUACAUCUCAUUUGAGGAGU
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>DroYak_CAF1 153233 113 + 1
AUUGAACAACUU-C--AAGUCCACAU----UCAAGUUUAUGUUCCCCAUUUAGGACAUGGUCGAUUUUCUACUCCUCAAAUUUGAUGAAGACCAGGAUGGCUACAUCUCAUUUGAGGAGU
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>DroAna_CAF1 137416 116 + 1
UUUUAGCAAAUUUCUCACUUCUAUAUACACAAAAGCAU--GUG--AAAUUUAGGAUAUGGUCGAUUUUCUACUCCUUAAAUUUGAUGAUGACCAGGAUGGCAUAAUCACAUAUGAGGAGU
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>consensus
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........................................((((.((((.......)))).)))).....(((((((((((..((((.((.((.....)))).))))..))))))))))) (-23.11 = -23.92 +   0.81)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	8,718,300 – 8,718,410
Length	110
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	83.77
Mean single sequence MFE	-34.17
Consensus MFE	-26.97
Energy contribution	-28.50
Covariance contribution	1.53
Combinations/Pair	1.18
Mean z-score	-3.40
Structure conservation index	0.79
SVM decision value	1.32
SVM RNA-class probability	0.941965
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 8718300 110 - 27905053
ACUCCUCAAAUGAGAUGUAGCCGUCUUGGUCUUCAUCAAAUUUGAGGAGUAGAAAAUCGACCAUGUCCUAAUUGGGCAAC--AGA-UUGA----AUGAGGGCUU--G-AAGUUGGUAAAU
(((((((((((..((((.((((.....)).)).))))..))))))))))).....((((((((.(((((((((.(....)--.))-))..----...))))).)--)-..)))))).... ( -36.10)
>DroSec_CAF1 144865 110 - 1
ACUCCUCAAAUGAGAUGUAGCCGUCUUGGUCUUCAUCAAAUUUGAGGAGUAGAAAAUCGACCAUGUCCUAGAUGGGCAAC--AGA-UUGA----AUGAGGGCUU--G-AAGUUGGUUAAU
(((((((((((..((((.((((.....)).)).))))..)))))))))))....(((((((((.(((((.(((.(....)--..)-))..----...))))).)--)-..)))))))... ( -37.40)
>DroSim_CAF1 161797 110 - 1
ACUCCUCAAAUGAGAUGUAGCCGUCUUGGUCUUCAUCAAAUUUGAGGAGUAGAAAAUCGACCAUGUCCUAGAUGGGCAAC--AGA-UUGA----AUGAGGGCUU--G-AAGUCGGUUAAU
(((((((((((..((((.((((.....)).)).))))..)))))))))))....(((((((((.(((((.(((.(....)--..)-))..----...))))).)--)-..)))))))... ( -39.50)
>DroEre_CAF1 161126 111 - 1
ACUCCUCAAAUGAGAUGUAGCCAUCCUGGUCUUCAUCAAAUUUGAGGAGUAGAAAAUCGACCAUGUCCUAAAUGAACAAC--AAAGUUUA----AUGUGCACUU--G-AAGUUGGUCAGU
(((((((((((..((((.((((.....)).)).))))..)))))))))))........(((((((..(....(((((...--...)))))----..)..))...--.-....)))))... ( -33.20)
>DroYak_CAF1 153233 113 - 1
ACUCCUCAAAUGAGAUGUAGCCAUCCUGGUCUUCAUCAAAUUUGAGGAGUAGAAAAUCGACCAUGUCCUAAAUGGGGAACAUAAACUUGA----AUGUGGACUU--G-AAGUUGUUCAAU
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>DroAna_CAF1 137416 116 - 1
ACUCCUCAUAUGUGAUUAUGCCAUCCUGGUCAUCAUCAAAUUUAAGGAGUAGAAAAUCGACCAUAUCCUAAAUUU--CAC--AUGCUUUUGUGUAUAUAGAAGUGAGAAAUUUGCUAAAA
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>consensus
ACUCCUCAAAUGAGAUGUAGCCAUCCUGGUCUUCAUCAAAUUUGAGGAGUAGAAAAUCGACCAUGUCCUAAAUGGGCAAC__AGA_UUGA____AUGAGGACUU__G_AAGUUGGUAAAU
(((((((((((..((((.((((.....)).)).))))..)))))))))))........((((.(((((.....))))).....................(((((....)))))))))... (-26.97 = -28.50 +   1.53)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	8,718,330 – 8,718,450
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	88.50
Mean single sequence MFE	-49.48
Consensus MFE	-44.75
Energy contribution	-45.75
Covariance contribution	1.00
Combinations/Pair	1.10
Mean z-score	-5.18
Structure conservation index	0.90
SVM decision value	3.37
SVM RNA-class probability	0.999100
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 8718330 120 + 27905053
GUUGCCCAAUUAGGACAUGGUCGAUUUUCUACUCCUCAAAUUUGAUGAAGACCAAGACGGCUACAUCUCAUUUGAGGAGUAUAGAUCGAUCGUGUUGCAGCAGCCGCGUCUGCUGGAGUU
.............((((((((((((((..((((((((((((..((((.((.((.....)))).))))..)))))))))))).)))))))))))))).((((((......))))))..... ( -52.30)
>DroSec_CAF1 144895 120 + 1
GUUGCCCAUCUAGGACAUGGUCGAUUUUCUACUCCUCAAAUUUGAUGAAGACCAAGACGGCUACAUCUCAUUUGAGGAGUAUAGAUCGAUCGUGUUGCAGCAGCCGCGUCUGCUGGAGUU
.............((((((((((((((..((((((((((((..((((.((.((.....)))).))))..)))))))))))).)))))))))))))).((((((......))))))..... ( -52.30)
>DroSim_CAF1 161827 120 + 1
GUUGCCCAUCUAGGACAUGGUCGAUUUUCUACUCCUCAAAUUUGAUGAAGACCAAGACGGCUACAUCUCAUUUGAGGAGUAUAGAUCGAUCGUGUUGCAGCAGCCGCGUCUGCUGGAGUU
.............((((((((((((((..((((((((((((..((((.((.((.....)))).))))..)))))))))))).)))))))))))))).((((((......))))))..... ( -52.30)
>DroEre_CAF1 161157 120 + 1
GUUGUUCAUUUAGGACAUGGUCGAUUUUCUACUCCUCAAAUUUGAUGAAGACCAGGAUGGCUACAUCUCAUUUGAGGAGUACAGAUCGAUCGUGUUGCAUCAGCCAAGUCUGCUGGAGUU
.............((((((((((((((..((((((((((((..((((.((.((.....)))).))))..)))))))))))).))))))))))))))((..((((.......))))..)). ( -49.30)
>DroYak_CAF1 153266 120 + 1
GUUCCCCAUUUAGGACAUGGUCGAUUUUCUACUCCUCAAAUUUGAUGAAGACCAGGAUGGCUACAUCUCAUUUGAGGAGUACAGAUCGAUCGUGUUGCAGCAGCCGAGUCUGCUGGAGUU
.............((((((((((((((..((((((((((((..((((.((.((.....)))).))))..)))))))))))).)))))))))))))).((((((......))))))..... ( -52.40)
>DroAna_CAF1 137454 118 + 1
GUG--AAAUUUAGGAUAUGGUCGAUUUUCUACUCCUUAAAUUUGAUGAUGACCAGGAUGGCAUAAUCACAUAUGAGGAGUACAGCAGAGUCGUCCGUAACCAGCCGGGCCUGCUUGAAUU
...--.......((.(((((.(((((((((((((((((.((.((((.(((.((.....))))).)))).)).))))))))..)).))))))).))))).))...((((....)))).... ( -38.30)
>consensus
GUUGCCCAUUUAGGACAUGGUCGAUUUUCUACUCCUCAAAUUUGAUGAAGACCAAGACGGCUACAUCUCAUUUGAGGAGUACAGAUCGAUCGUGUUGCAGCAGCCGCGUCUGCUGGAGUU
.............((((((((((((((..((((((((((((..((((.((.((.....)))).))))..)))))))))))).)))))))))))))).((((((......))))))..... (-44.75 = -45.75 +   1.00)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	8,718,330 – 8,718,450
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	88.50
Mean single sequence MFE	-41.63
Consensus MFE	-34.90
Energy contribution	-36.77
Covariance contribution	1.86
Combinations/Pair	1.11
Mean z-score	-4.19
Structure conservation index	0.84
SVM decision value	2.54
SVM RNA-class probability	0.995113
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 8718330 120 - 27905053
AACUCCAGCAGACGCGGCUGCUGCAACACGAUCGAUCUAUACUCCUCAAAUGAGAUGUAGCCGUCUUGGUCUUCAUCAAAUUUGAGGAGUAGAAAAUCGACCAUGUCCUAAUUGGGCAAC
.....((((((......))))))......(.(((((...((((((((((((..((((.((((.....)).)).))))..))))))))))))....))))).).(((((.....))))).. ( -45.80)
>DroSec_CAF1 144895 120 - 1
AACUCCAGCAGACGCGGCUGCUGCAACACGAUCGAUCUAUACUCCUCAAAUGAGAUGUAGCCGUCUUGGUCUUCAUCAAAUUUGAGGAGUAGAAAAUCGACCAUGUCCUAGAUGGGCAAC
.....((((((......))))))......(.(((((...((((((((((((..((((.((((.....)).)).))))..))))))))))))....))))).).(((((.....))))).. ( -45.80)
>DroSim_CAF1 161827 120 - 1
AACUCCAGCAGACGCGGCUGCUGCAACACGAUCGAUCUAUACUCCUCAAAUGAGAUGUAGCCGUCUUGGUCUUCAUCAAAUUUGAGGAGUAGAAAAUCGACCAUGUCCUAGAUGGGCAAC
.....((((((......))))))......(.(((((...((((((((((((..((((.((((.....)).)).))))..))))))))))))....))))).).(((((.....))))).. ( -45.80)
>DroEre_CAF1 161157 120 - 1
AACUCCAGCAGACUUGGCUGAUGCAACACGAUCGAUCUGUACUCCUCAAAUGAGAUGUAGCCAUCCUGGUCUUCAUCAAAUUUGAGGAGUAGAAAAUCGACCAUGUCCUAAAUGAACAAC
.....((((.......)))).....(((.(.(((((.(.((((((((((((..((((.((((.....)).)).))))..)))))))))))).)..))))).).))).............. ( -36.90)
>DroYak_CAF1 153266 120 - 1
AACUCCAGCAGACUCGGCUGCUGCAACACGAUCGAUCUGUACUCCUCAAAUGAGAUGUAGCCAUCCUGGUCUUCAUCAAAUUUGAGGAGUAGAAAAUCGACCAUGUCCUAAAUGGGGAAC
..(((((((((.(......))))).(((.(.(((((.(.((((((((((((..((((.((((.....)).)).))))..)))))))))))).)..))))).).)))......)))))... ( -44.70)
>DroAna_CAF1 137454 118 - 1
AAUUCAAGCAGGCCCGGCUGGUUACGGACGACUCUGCUGUACUCCUCAUAUGUGAUUAUGCCAUCCUGGUCAUCAUCAAAUUUAAGGAGUAGAAAAUCGACCAUAUCCUAAAUUU--CAC
..(((.((((((..((.(((....))).))..)))))).(((((((......((((.(((((.....)).))).))))......)))))))))).....................--... ( -30.80)
>consensus
AACUCCAGCAGACGCGGCUGCUGCAACACGAUCGAUCUAUACUCCUCAAAUGAGAUGUAGCCAUCCUGGUCUUCAUCAAAUUUGAGGAGUAGAAAAUCGACCAUGUCCUAAAUGGGCAAC
.....((((((......))))))......(.(((((...((((((((((((..((((.((((.....)).)).))))..))))))))))))....))))).).(((((.....))))).. (-34.90 = -36.77 +   1.86)

alignment

secondary structure

dotplot

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