Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 8,656,078 – 8,656,173 |
Length | 95 |
Max. P | 0.874348 |
Location | 8,656,078 – 8,656,173 |
---|---|
Length | 95 |
Sequences | 5 |
Columns | 105 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 90.62 |
Mean single sequence MFE | -30.28 |
Consensus MFE | -24.88 |
Energy contribution | -25.48 |
Covariance contribution | 0.60 |
Combinations/Pair | 1.00 |
Mean z-score | -1.70 |
Structure conservation index | 0.82 |
SVM decision value | 0.89 |
SVM RNA-class probability | 0.874348 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 8656078 95 - 27905053 GUUGUCAUCGG----------UGCCACAGUGCCAGCUCAUAAUUUAAUAUUGAUUGGGUUAACAGCUGAGCAUUCGUUUGGGAAGGGGACUCCCACACGGAAUCC .........((----------..((..((((((((((..(((((((((....)))))))))..))))).))))).((.(((((.(....)))))).))))...)) ( -31.30) >DroSec_CAF1 82906 95 - 1 GUUGUCAUCGG----------UGCCACAGUGCCAGCUCAUAAUUUAAUAUUGAUUGGGUUAACAGCUGAGCAUUCGUUUGGGAAUGGGACUCCCACACGCAAUCC ...........----------(((...((((((((((..(((((((((....)))))))))..))))).))))).((.(((((.......))))).))))).... ( -26.50) >DroSim_CAF1 99187 95 - 1 GUUGUCAUCGG----------UGCCACAGUGCCAGCUCAUAAUUUAAUAUUGAUUGGGUUAACAGCUGAGCAUUCGUUUGGGAAGGGGACUCCCACACGCAAUCC ...........----------(((...((((((((((..(((((((((....)))))))))..))))).))))).((.(((((.(....)))))).))))).... ( -30.00) >DroEre_CAF1 96185 99 - 1 GUUGUCAUCGGUAG------UUGCUAUAGUGCCUGCUCAUAAUUUAAUAUUGAUUGGGUUAACAGCUGAGCAUUCGUUUGGGAAGGGGACUCCCACACGGAAUCC .........((((.------(......).))))(((((((((((((((....))))))))).....))))))(((((.(((((.(....)))))).))))).... ( -29.50) >DroYak_CAF1 88466 105 - 1 GUUGUCACCGCUAUGCCAUAGUGCCAUAGUGCCAGCUCAUAAUUUAAUAUUGAUUGGGUUAACAGCUCAGCAUUCGUUUGGGAAGGGGACUCCCAAACGGUAUCC ((((....(((((((.(.....).)))))))..((((..(((((((((....)))))))))..))))))))..((((((((((.(....)))))))))))..... ( -34.10) >consensus GUUGUCAUCGG__________UGCCACAGUGCCAGCUCAUAAUUUAAUAUUGAUUGGGUUAACAGCUGAGCAUUCGUUUGGGAAGGGGACUCCCACACGGAAUCC ...........................((((((((((..(((((((((....)))))))))..))))).)))))(((.(((((.(....)))))).)))...... (-24.88 = -25.48 + 0.60)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:56:29 2006