Locus 3196

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 8,487,259 – 8,487,351
Length 92
Max. P 0.597471
window5179

overview

Window 9

Location 8,487,259 – 8,487,351
Length 92
Sequences 6
Columns 94
Reading direction forward
Mean pairwise identity 84.10
Mean single sequence MFE -30.42
Consensus MFE -23.05
Energy contribution -23.42
Covariance contribution 0.37
Combinations/Pair 1.36
Mean z-score -1.82
Structure conservation index 0.76
SVM decision value 0.13
SVM RNA-class probability 0.597471
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 8487259 92 + 27905053
UGAGAUUGACUAAGUCCGAUCUCAAAUGGGUUAUGGCAUGCCAGGAGCCAGUCCGUUUACGGUAAAUGGUGCUCCAUGAGCUCAUCUAUCU--G
((((((((........)))))))).(((((((.(((....)))(((((....(((((((...))))))).)))))...)))))))......--. ( -31.10)
>DroSec_CAF1 22994 92 + 1
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((((((((........)))))))).(((((((.(((....)))(((((....(((((((...))))))).)))))...)))))))......--. ( -30.20)
>DroSim_CAF1 24392 92 + 1
UGGGAUUGACAAAGUCCGAUCUCAAAUGGGUUAUGGCACGCCAGGAGCCAGUCCGUUUACGGUAAAUGGUGCUCCAUGAGCUCAUCUAUCU--G
((((((((........)))))))).(((((((.(((....)))(((((....(((((((...))))))).)))))...)))))))......--. ( -30.20)
>DroEre_CAF1 21573 92 + 1
UGGGAUUGACAAAGUCCGAUCUUAAAUGGGUUAUGGUAUGCCAGGAGCCCGUCCGUUUACGGUAAAUGGUAUUCCACGGGCUCAUCCAUCU--G
((((((((........)))))))).((((((..(((....))).(((((((((((....))).....((....))))))))))))))))..--. ( -32.90)
>DroYak_CAF1 22926 92 + 1
UGGGAUUGACAAAGUCCGAUCUCAAAUGGGUUAUGGCACGCCAGGAGCCAGUCCGCUUACGGUAAAUGGUGUUCCAUGAGCUCAUCUAUCU--G
((((((((........)))))))).(((((((((((.((((((...(((.((......)))))...)))))).)))))).)))))......--. ( -31.30)
>DroAna_CAF1 31775 87 + 1
-------GACAGAGUCCAAUUGGAAAUGGGGCAUCGCCUGCAAGGAGCUAGGCCGUUUACGGUAAAUGGUAUUUUAUGCGCCCCGCCAUCCAGG
-------............(((((..((((((....((.....)).((((.((((....))))...)))).........))))))...))))). ( -26.80)
>consensus
UGGGAUUGACAAAGUCCGAUCUCAAAUGGGUUAUGGCACGCCAGGAGCCAGUCCGUUUACGGUAAAUGGUGCUCCAUGAGCUCAUCUAUCU__G
((((((((........)))))))).(((((((((((..(((((...(((.(........))))...)))))..)))))).)))))......... (-23.05 = -23.42 +   0.37)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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