Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 8,466,820 – 8,466,980 |
Length | 160 |
Max. P | 0.812146 |
Location | 8,466,820 – 8,466,940 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 83.44 |
Mean single sequence MFE | -47.72 |
Consensus MFE | -32.57 |
Energy contribution | -33.08 |
Covariance contribution | 0.50 |
Combinations/Pair | 1.25 |
Mean z-score | -2.97 |
Structure conservation index | 0.68 |
SVM decision value | 0.65 |
SVM RNA-class probability | 0.812146 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 8466820 120 - 27905053 GGCUGGGAAACAACAGAGGCAACAUCUACUGCCGGAAGAACAUGUGGCGGAACACCACAGAACGGGAGUUCUGGGACUUCAGCUGGCACGAGAUGGGCGUCUACGAUUUGCCAGCCCAGG ((((((.(((....(((.((..(((((..((((((..(((..(((......)))((.((((((....))))))))..)))..))))))..))))).)).)))....))).)))))).... ( -50.10) >DroVir_CAF1 4003 120 - 1 GGCUGGGCAAUAAUCGUGGCAACAUCUAUUGCCGCCGGAAUCUCUGGCUAAAUACGACGGAGCGUGAGUUCUGGAACUUCAGCUGGCACGAGAUGAGCGUCUACGAUAUGCCCGCCCAGA (((.(((((...((((((((..(((((..(((((((((.....))))).........((((((....))))))...........))))..)))))...).))))))).)))))))).... ( -52.40) >DroGri_CAF1 4299 120 - 1 GGCUGGGCAACAAUCGCGGCAAUAUCUAUUGCCGCCACAAUCUCUGGCUAAAUACAACGGAGCGCGAGUUCUGGAACUUUAGCUGGCAUGAGAUGAGCGUUUACGAUAUGCCCGCCCAAA (((.(((((...(((((((((((....))))))))....(((((.(((((((.....((((((....))))))....))))))).....)))))..........))).)))))))).... ( -48.40) >DroWil_CAF1 5888 120 - 1 GGCUGGGAAACAACAGGGGCAAUAUUUACUGCCGUCACAAUCUCUGGAUGAACACCACGGAGCGUGAGUUCUGGAAUUUCAGUUGGCACGAAAUGAGUGUCUACGACAUGCCUGCCCAGA ..(((((......((((((((........))))(((............((((.....((((((....))))))....))))((.(((((.......))))).)))))...))))))))). ( -41.20) >DroMoj_CAF1 3977 120 - 1 GGCUGGGCAAUAAUCGCGGCAACAUCUAUUGCCGCCACAAUCUGUGGCUCAACACGACAGAUCGCGAGUUCUGGAACUUUAGCUGGCACGAGAUGAGCGUCUACGAUAUGCCCGCCCAGA (((.(((((...((((.(((..(((((..(((((((((.....))))).........((((.(....).))))...........))))..)))))...)))..)))).)))))))).... ( -45.60) >DroAna_CAF1 9175 120 - 1 GGCUGGGAAACAAUCGGGGCAACAUCUAUUGCCGCAAGAACCUGUGGCACAAUGCCACCGAACGCGAGUUCUGGGACUUUAGCUGGCACGAGAUGGGCGUCUACGAUCUGCCCGCCCAAG (((.(((.....((((((((..(((((..(((((((((..((.(((((.....))))).((((....)))).))..)))..)).))))..)))))...)))).))))...)))))).... ( -48.60) >consensus GGCUGGGAAACAAUCGCGGCAACAUCUAUUGCCGCCACAAUCUCUGGCUAAACACCACGGAGCGCGAGUUCUGGAACUUCAGCUGGCACGAGAUGAGCGUCUACGAUAUGCCCGCCCAGA ..(((((.......((.((((.(((((..((((((((.......)))).........((((((....))))))...........))))..)))))..((....))...))))))))))). (-32.57 = -33.08 + 0.50)
Location | 8,466,860 – 8,466,980 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 80.50 |
Mean single sequence MFE | -42.59 |
Consensus MFE | -30.08 |
Energy contribution | -32.14 |
Covariance contribution | 2.06 |
Combinations/Pair | 1.33 |
Mean z-score | -1.32 |
Structure conservation index | 0.71 |
SVM decision value | 0.18 |
SVM RNA-class probability | 0.619478 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 8466860 120 - 27905053 UCCUUAGCCUACCUCCUUUGGCGAGCAGGAUACGAUGUGUGGCUGGGAAACAACAGAGGCAACAUCUACUGCCGGAAGAACAUGUGGCGGAACACCACAGAACGGGAGUUCUGGGACUUC ((((..(((..........)))....))))...(((((((..((((....)..)))..)).)))))..((((((.(......).))))))....((.((((((....))))))))..... ( -39.40) >DroVir_CAF1 4043 120 - 1 UCGCUGGCGUAUUUGCUGUGGCGCGCCGGCUACGAUGUGUGGCUGGGCAAUAAUCGUGGCAACAUCUAUUGCCGCCGGAAUCUCUGGCUAAAUACGACGGAGCGUGAGUUCUGGAACUUC ..(((((((....))))..)))((.((((((((.....)))))))))).....(((((((((......)))))(((((.....))))).....))))((((((....))))))....... ( -49.80) >DroGri_CAF1 4339 120 - 1 UCGUUGGCGUAUCUGCUGUGGCGCGCCGGCUAUGAUGUGUGGCUGGGCAACAAUCGCGGCAAUAUCUAUUGCCGCCACAAUCUCUGGCUAAAUACAACGGAGCGCGAGUUCUGGAACUUU ...(((((((....))((((((((.((((((((.....)))))))))).........((((((....)))))))))))).......)))))......((((((....))))))....... ( -47.10) >DroWil_CAF1 5928 120 - 1 UCGCUAGCUUAUCUAUUAUGGCGCGCCGGCUAUGACGUUUGGCUGGGAAACAACAGGGGCAAUAUUUACUGCCGUCACAAUCUCUGGAUGAACACCACGGAGCGUGAGUUCUGGAAUUUC ((.((((((......(((((((......))))))).....)))))))).......((((((........))))(((.((.....))))).....)).((((((....))))))....... ( -34.20) >DroMoj_CAF1 4017 120 - 1 UCACUGGCCUAUUUACUGUGGCGCGCUGGCUACGAUGUGUGGCUGGGCAAUAAUCGCGGCAACAUCUAUUGCCGCCACAAUCUGUGGCUCAACACGACAGAUCGCGAGUUCUGGAACUUU ....(((((.......((((((((.(..(((((.....)))))..))).........(((((......)))))))))))......))).))......((((.(....).))))....... ( -42.12) >DroAna_CAF1 9215 120 - 1 UCCUUGGCCUACCUCCUUUGGCGCGCCGGCUAUGAUGUCUGGCUGGGAAACAAUCGGGGCAACAUCUAUUGCCGCAAGAACCUGUGGCACAAUGCCACCGAACGCGAGUUCUGGGACUUU ((((.(..((.((......))(((((((((((.(....)))))))).......((((((((........(((((((......)))))))...)))).)))).))))))..).)))).... ( -42.90) >consensus UCGCUGGCCUAUCUACUGUGGCGCGCCGGCUACGAUGUGUGGCUGGGAAACAAUCGCGGCAACAUCUAUUGCCGCCACAAUCUCUGGCUAAACACCACGGAGCGCGAGUUCUGGAACUUC ....(((((.......((((((...((((((((.....))))))))...........(((((......)))))))))))......))))).......((((((....))))))....... (-30.08 = -32.14 + 2.06)
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